工程研究院是安徽工业大学直属单位。2011年3月，根据校党委会议决定以及人〔2011〕9号文件要求，学校撤销原工程研究中心，成立工程研究院。

煤清洁转化与高值化利用安徽省重点实验室（以下简称实验室）隶属于安徽省科技厅，依托于安徽工业大学。实验室以煤的洁净转化与高值化利用为特色，专门从事煤清洁转化与高效利用领域的研究。以该领域应用基础研究、技术研发与创新及高层次专业人才的培养为目标，立足华东、面向全国，服务于煤炭的绿色、高效、低碳、高值化利用，为煤炭行业产业转型升级、实现环境和资源可持续发展提供理论、技术和人才支持。

先进金属材料绿色制备与表面技术教育部重点实验室（安徽工业大学）于2019年5月获教育部批准筹建。实验室紧密围绕国家创新驱动发展的重大战略和安徽省“四个一”创新主平台建设需求，依托安徽工业大学材料科学与工程优势学科（其中“材料科学与工程”一级专业获批国家双万专业建设计划，2019年入选安徽省首批“高峰学科”）。

冶金工程与资源综合利用安徽省重点实验室依托安徽工业大学，于2002年12月经省科技厅批准建设，2005年3月通过科技厅验收。

冶金减排与资源综合利用教育部重点实验室依托于安徽工业大学，专注于冶金减排与冶金一、二次资源清洁高效利用的基础与应用技术研究。实验室的主要研究方向为特色资源冶金理论和技术、复合矿冶金固废中低品位有价元素清洁分离与全组分利用、冶金二次资源高附加值精细化利用、冶金固废有价元素功能材料化利用。

工程实践与创新教育中心（创新教育学院）成立于2008年，起源于学校的工程实践中心和创新教育中心，2015年成立创新教育学院。中心是学校创新创业教育实践基地和工程训练教育校内实践基地，是全国首批深化创新创业教育改革示范高校，全国创新创业典型经验50强高校。“三步法”一般工科院校应用型创新创业人才培养之路获国家级教学成果二等奖。

安徽工业大学公司治理与运营研究中心成立于2002年4月，是由经济学院、管理学院、文法学院、管工学院联合组建而成。多年来，四大学院的科研工作紧紧依靠工科院校厚实的工程技术基础，坚持以企业改革和企业管理创新为鲜明的研究特色，开展科研活动及学术活动。研究中心的成立，标志着安徽工业大学经济、管理、文法三大学科多年来的学科建设与科研学术水平进入新一轮的发展阶段。

安徽工业大学现代分析测试中心创建于2008年，是学校科研测试和仪器实验教学的公共服务平台。它促进了校内仪器资源共享以及集约化管理，为相关学科提供了良好的科研、教学环境，同时也面向社会开放，为地方经济建设提供科技服务。

安徽工业大学大学生思想政治教育与管理研究中心成立于2007年3月。其基本研究职能由安徽工业大学思想政治工作研究会、思想政治理论课教学部门、高教研究所的部分业务内容整合而成。研究中心的成立，标志着安徽工业大学马克思主义、管理学、教育学三大学科多年来的学科建设与科研学术水平进入新一轮的发展阶段。

生物膜法水质净化及利用技术教育部工程研究中心于2009年12月21日批准建设（教技函[2009]91号）。工程中心建设依托单位是安徽省重点建设高校安徽工业大学，共建单位是国家高新技术企业安徽华骐环保科技股份有限公司。

安徽工业大学分子工程与应用化学研究所创建于2008年1月，其建立宗旨：从分子水平上研究化学合成反应的特性，并由此而形成以分子工程为基础的应用化学新技术与新工艺，以及各类化学新材料的制备和应用。

安徽工业大学现代表界面工程研究中心成立于2016年3月，依托材料科学与工程和机械学科等优势学科，引进涂层领域知名专家和国内外优秀青年学者组建而成。

根据国家2011计划“推动协同创新”的理念与精神、坚持“需求导向、全面开放、深度融合”的原则，安徽工业大学联合马鞍山钢铁股份有限公司、宝山钢铁股份公司、莱芜钢铁集团有限公司、铜陵有色金属集团股份有限公司、上海梅山钢铁股份有限公司、中钢集团马鞍山矿山研究院，在前期良好合作基础上，共同发起建设面向冶金行业的冶金资源洁净高效利用省级协同创新中心。

安徽工业大学生物化工研究中心（Biochemical Engineering Research Center, BERC-AHUT）成立于2017年6月，是一个交叉学科的综合研究中心。

液压振动与控制教育部工程研究中心（简称工程中心）2007年10月获批立项建设， 2014年7月通过教育部专家组验收，并正式开放运行。工程中心现有3个研发基地（含合作企业）和2个产业化基地（惊天智能装备股份有限公司和安徽海思达机器人有限公司），研发用房面积共计5503平方米。