蚌埠医学院护理学专业于1985年筹建， 1987年开设全日制普通护理专科教育，1996年开设护理学专业五年制本科教育，2006年获批护理学硕士学位授权点，2007年开始招收护理学硕士研究生，是安徽省最早开办护理专科、本科、硕士的院系。2011年获批国家首批护理学一级学科硕士学位授权点，2016年更名为护理学院，2018年获批专业学位硕士授权类别。

全科医学是一个面向社区与家庭，整合临床医学、预防医学、康复医学以及人文社会学科相关内容于一体的综合性医学专业学科。其主旨是强调以人为中心、以家庭为单位、以社区为范围、以整体健康的维护与促进为方向的长期综合性、负责式照顾，并将个体与群体健康融为一体。全科医学毕业后主要就业方向是面向基层医疗卫生单位。蚌埠医学院全科医学系于2014年7月正式成立，下设全科医学基础教研室、系办公室和学生年级办公室。

安徽省蚌埠医学院口腔医学院现有口腔医学本科专业1个，于2012年开始招生，目前在校本科生共计384名。2014年获批口腔医学一级学科硕士学位授予权，获批建立蚌埠医学院附属口腔医院（三级），2016年获批本科第一批次招生，2018年顺利通过教育部专业硕士学位授权点评估。设有口腔外科学教研室、口腔内科学教研室、口腔修复正畸学教研室、口腔基础医学教研室4个教研室和1个口腔医学实验实训中心。

卫生管理系成立于2009年，2019年1月更名为卫生管理学院。下设有学院办公室、学生年级办公室，信息技术、卫生管理、计算机网络、医学信息学四个教研室和1个实验中心。全系有专职教职工19 人，专业课教师队伍近40人，包括医学、信息学、管理学、计算机科学与技术等学科，专业课教师全部具有硕士以上学位。

医学影像学系2001建立，2019年初成立医学影像学院，现设有医学影像学与医学影像技术二个专业。医学影像学专业专科教育始于1993年，1999年起招收医学影像学专业本科生(五年制，医学士)，2014年招生医学影像技术专业本科（四年制，理学士）。医学影像系下设电子学、医学影像设备学、放射学、介入放射学、超声医学、放射治疗学、医学影像技术学七个教研室和医学影像学实验中心。

蚌埠医学院药学院始建于2000年，2001年开始招收药学专业本科生，2002年获批药理学专业硕士学位授权点，2008年被评为省级药学特色专业建设点，2017年获批药学一级学科硕士学位授权点和药学专业学位授权点。现有药学、药物分析、临床药学3个专业，是安徽省药学专业技术人员继续教育基地和卓越药学专业人才教育培养计划建设项目单位。拥有国家药物临床试验机构I期临床研究室、安徽省生化药物工程技术研究中心、药学博士后岗位，2013年获批安徽省生化药物产业技术创新战略联盟理事长单位。

蚌埠医学院公共卫生学院是由成立于2001年的预防医学系更名而来，现设有预防医学专业（五年制）、食品卫生与营养学专业（四年制）和应用统计学专业（四年制）3个本科专业和公共卫生硕士专业授权点。预防医学专业2001年秋季开始招生，食品卫生与营养学专业2007年秋季开始招生，应用统计学专业2017年开始招生，目前在校生规模达1000余人。

生命科学学院前身为生物科学系，始建于2005年，现有生物科学、生物技术与生物医学科学三个本科专业。生物科学专业于2003年开始设置，也是安徽省第一个在医学院校创办的生物科学专业，是安徽省特色专业与安徽省专业综合改革试点专业，2014年获批生物科学省级教学团队，2015年获批省级实验示范实训中心，2017获批生物技术省级教学团队。2018年位列本专业全国296所高校的百强。2017年获批生物学一级学科硕士点。2019年成为首批设置生物医学科学专业5所高校之一，真正实现了生物学与医学融合发展。

我院在全国较早招生精神医学本科专业。2005年开始招生，2006年11月通过教育部本科教学质量评估 。2017年开始招生应用心理学专业本科生。我系是全国高等医药教材建设研究会和全国精神医学专业教材评审委员会委员单位；主编和参编多部国家“十三五”精神医学专业规划教材和应用心理学专业规划教材；曾主编和参编多部国家级、省级“十一五”“十二五”高等学校规划教材；2011年被批准为精神病与精神卫生学硕士学位授权点。

蚌埠医学院成人教育工作始于1960年，“文革”中断后，于1985年恢复，1993年设立成人教育学院，2016年更名为继续教育学院，负责学校成人学历教育和非学历继续教育工作。

蚌埠医学院于1958年7月建校，经过60年筚路蓝缕、砥砺前行，学校现为安徽省省属普通高等医学院校，是国家首批具有学士和硕士学位授予权单位、国家首批卓越医师教育培养计划试点高校、国家首批大学生创新创业训练计划试点高校、国家首批临床医学硕士专业学位研究生培养模式改革试点高校、教育部硕士研究生推免高校、安徽省高校综合改革首批试点单位、安徽省院士工作站和博士后岗位设置单位，是山东大学、暨南大学、第三军医大学博士研究生联合培养单位。

体育艺术部成立于2009年7月，设有体育教研一室，体育教研二室，艺术与军事3个教研室和场馆器材管理中心，大学生体质健康、体适能测试中心，淮河流域传统体育文化研究与发展中心。现有教职工34人，其中，专任教师30人，教授4人，副教授13人，讲师18人，助教2人，具有博士学位教师1人，硕士26人），另有兼职教师15人。

蚌埠医学院医学检验系自1982年着手筹建，1984年经国家教委和卫生部批准开始招收四年制医学检验专业本科生，是全国首批批准建立医学检验专业（本科）的六所高等医学院校之一，1985年学制改为五年；2013年学制又改为四年，现每年招收270名左右本科生。医学检验系现有“临床检验诊断学”和“免疫学”两个硕士学位点，每年招收15～20名硕士研究生。

公共基础学院前身为公共课程部，于2016年12月更名为公共基础学院。学院承担全校公共课程教学任务和工科专业建设任务。现有制药工程、食品质量与安全、物联网工程三个工科专业和外文、计算机、物联网、化学、分析检验、药物合成、食品安全、制药工程、数理9个教研室，1个工程实验中心，1个应用化学研究所。现有教职工106人，专任教师92人，实验教师11人，工勤2人。博士19人，在读博士4人，硕士49人；教授7人，副教授22人，高级实验师2人，副研究员1人。讲师46人，实验师7人。工学学位教师18人，占专任教师比例19.

临床医学院（原临床医学系）是学校最早成立的二级教学机构, 主要负责临床医学、麻醉学、康复治疗学专业三个专业的医学人才培养。拥有18个临床教研室（含4个实验中心）、1个国家级临床技能培训中心、1个国家级临床教学示范培训中心，业务指导17所临床学院。学院1958年开始招生临床医学专业、2011年开始麻醉学方向人才培养、2016年开始招收康复治疗学专业。1979年开始招收硕士研究生，2004年开始招收专业学位硕士研究生，2018年与暨南大学研究生院联合开展临床医学博士研究生培养工作。