学院历史肇始于1956年，至今已有60余年的办学历史。一个甲子的砥砺前行，文学院具备了较强的办学实力，获得了良好的社会声誉：1994年率先开办本科教育，2013年率先开办研究生教育，是目前学校唯一拥有学术型和专业型两类研究生招生办学的二级单位；2018年，学院开始面向海外招收本科层次和研究生层次留学生。
重庆三峡学院外国语学院创建于1982年，1997年开始本科教育，2008年顺利通过教育部英语专业本科教学工作水平评估，2014年获批学科教学（英语）专业硕士学位授权。目前是全校最大的教学院系之一，形成了以研究生教育（专业学位）、英语翻译本科、英语师范本科、商务英语本科和商务日语本科为主的办学体系。
重庆三峡学院美术学院创建于1987年，现有教职工71人，其中教授、副教授12人，硕士导师8人,有校教学名师、学科带头人、学术带头人、学术骨干15人。有美术学、环境设计、视觉传达设计、动画、服装与服饰设计五个本科专业，在校全日制本科生1600余人，2015年学科教育（美术）领域招收专业硕士研究生。
马克思主义学院，由原政治与法律学院于2014年4月更名而来。现有专任教师53人，其中教授6人、副教授8人、讲师13人、硕士生导师10人、博士（含在读）12人。2015年我院已取得教育硕士学科教学（思政）研究生招录、培养和硕士学位授予资格，目前已经招收了5届学科教学（思政）硕士研究生。
土木工程学院始建于1996年，其前身为建筑工程系，2011年更名为土木工程学院，为我校重庆市新增博士学位授予单位立项建设高校重点支撑学院，是土木水利类别工程硕士依托学院，是学校重点发展的工科学院之一。学院现为教育部协同育人项目试点单位，重庆市土木建筑学会、重庆市力学学会、重庆市安全科学与工程学会、重庆岩石力学与工程学会常务理事单位，万州区安全生产协会常务理事单位。
环境与化学工程学院是我校办学历史最悠久、师资力量最雄厚、也是最早招收本科、硕士研究生的学院之一。学院建有重庆绿色生态工程学院，拥有环境科学与工程重庆市“十三五”重点学科1个，环境科学与工程学术型硕士学位授权点1个，化学（教育）专业型硕士学位授权领域1个，省部级一流专业1个，市级特色专业2个。
计算机科学与工程学院与三峡人工智能学院实行两块牌子、一套班子运行模式，是学校目前办学规模最大的二级学院，也是适应未来大数据、人工智能、软件开发等人才需求和发展潜力巨大的新工科学院。现有全日制在校普通本科生1950余人、在读研究生80余人（截止2022年9月）。
电子与信息工程学院前身先后是物理系、电子工程系、物理与电子工程学院。学院拥有“电子科学与技术”一级学科学术型硕士学位授权点，该学科也是重庆市 “十三五”市级重点学科。开设电子信息工程、电气工程及其自动化、通信工程、智能科学与技术4个本科专业，其中电子信息工程专业是重庆市一流专业、重庆市本科高校大数据智能化类特色专业。目前，有在校硕士研究生、本科生1500余人。
生物与食品工程学院成立于1985年，是学校重要骨干教学和科研单位。三十多年来，为国家输送了大批优秀毕业生，同时也造就了一支优秀的教师队伍。现有教授6人、副教授13人、博士17人、在读博士7人、博士后3人；教育部新世纪优秀人才、重庆市中青年骨干教师和区级学术与技术带头人等各类人才7人，并从东南大学等高校聘请了多名校外客座教授。
机械工程学院是适应学校转型发展，加强应用技术型人才培养，增强服务地方经济社会发展能力而成立的二级学院。机械工程学院秉承“立德树人”之志，以人才培养为专业之本，紧密结合“智能制造”和“成渝地区双城经济圈”发展中智能装备的实际需求，培养基础扎实、综合素质高、创新意识浓、实践技能强、富有浓厚“智造”情怀的本科和硕士研究生两个层次的应用人才。
1993年开办体育专业，先后为国家输送了5000多名合格毕业生。目前，开设有体育教育、运动人体科学（运动康复与健康方向）2个本科专业和学科教学（体育）研究生教育【教育硕士专业学位教育】。本院拥有一支专业素质高、结构合理、实力雄厚的师资队伍，现有教授9人，副教授8人，博士3人（在读3人），讲师23人，具有研究生学历教师37人，在校学生800余人。
重庆三峡学院数学与统计学院（三峡大数据学院） 地址：重庆市万州区沙龙路二段780号 重庆市万州区天星路666号
重庆三峡学院公共管理学院师资力量雄厚，专任教师40余人，其中教授12名，副教授9名；博士16名，硕士20多名，另引进厦门大学、四川大学等知名院校专家团队支持学院的发展。
学院于1996年招收经济学本科专业学生，目前设有经济学、国际经济与贸易、经济统计学、会计学等4个本科专业，在校本科生1700余人。现有农林经济管理一级学科硕士授权点1个，农业硕士授权点1个（农业管理、农村发展领域），现有研究生100余人。
工商管理学院是重庆三峡学院办学历史最悠久、规模最大的教学单位之一，其前身可追溯到1994年成立的经济贸易系，秉承学校“自强、创新、厚德、博学”的校训，致力于培养胜任现代工商企事业单位经营管理的高层次、复合型、应用型专门人才，服务地方经济社会发展。学院现有市场营销、工商管理、旅游管理和酒店管理4个本科专业和1个硕士学位授权点：旅游管理专业硕士（MTA）。现有教职工55人，其中高级职称30人；博士11人；双师双能型教师22人，半数以上的专任教师具有企业经营管理实战经验。
