教务处是在学校党委的领导下，校长、主管副校长的指导下负责本专科教育教学的职能部门。

首都医科大学科技处是在主管校长领导下的科研管理职能机构。

首都医科大学党委组织部(党委巡察工作办公室) 地址： 北京市丰台区右安门外西头条10号

财务处是学校负责经济运行、财务管理、会计核算、资金安全及多渠道筹措学校建设发展资金的职能部门，是学校一级财务管理核算机构，在校长的领导下，统一管理学校的各项财务工作。学校实行“统一领导，集中管理”的财务管理体制。负责财经政策和财务规章制度的贯彻落实、负责组织制订财务收支计划、资源调配，以及财会人员的业务培训；负责内部财务规章制度的建设。

首都医科大学党委宣传部(党委教师工作部、校新闻中心) 地址： 北京市丰台区右安门外西头条10号

首都医科大学国有资产与实验室管理处 地址： 北京市丰台区右安门外西头条10号

中共首都医科大学纪律检查委员会在学校党委和上级纪委的领导下开展工作，纪委办公室是学校纪委日常办事机构。北京市监委驻首都医科大学监察专员办公室与学校纪委合署办公，监察综合室是学校监察专员办公室日常办事机构。纪委办公室和监察综合室合署办公，以下简称为校纪检监察部门。

首都医科大学研究生院 地址： 北京市丰台区右安门外西头条10号

首都医科大学学生思想工作部、学生处是学校党委和行政的职能部门，简称学生部（处），是学校学生本专科学生德育工作的中心力量。武装部与学生部（处）合署办公，学生勤工助学与贷款管理中心、学生就业管理、学生心理健康教育中心隶属于学生部（处）。部门现在岗位16个，其中部（处）长1人，副部（处）长3人。

医院事务管理处是学校的医院事务管理职能部门，在学校党委领导和主管校长指导下行使对医院事务的管理职能。

保卫部（处）是党委的保卫部门和学校的行政职能部门，在党委、校长的领导和国家安全机关、公安机关的指导下，贯彻执行党的方针、政策和国家的各项安全保卫法规，结合学校实际制定有关规章制度，落实和完善各项安全防范措施，确保学校安全稳定。

首都医科大学国际交流与合作处、港澳台事务办公室 地址： 北京市丰台区右安门外西头条10号

首都医科大学离退休事务办公室（中共首都医科大学离退休委员会）、离退休事务工作委员会、关心下一代工作委员会、老教育工作者协会 地址： 北京市丰台区右安门外西头条10号

人事处是学校负责内设机构和人力资源规划、建设、配置、激励、管理，以及学校内部管理制度改革的职能部门；工作任务包括人员调配、工资与福利、专业技术职务评聘、人员培训与师资培养、社会保险以及其他日常管理工作，同时负责学校博士后流动站建设及博士后人员日常管理工作。

首都医科大学信息中心 地址： 北京市丰台区右安门外西头条10号