中医临床学院是甘肃中医药大学历史最悠久,教学、科研、临床实力最雄厚的主干教学院部之一,它见证了甘肃中医药大学的发展历程和辉煌成就。
甘肃中医药大学药学院始建于1985年,在历任带头人席与民、黄正良、朱肇和、崔祝梅、李成义、郭玫、晋玲等教授的带领下,经过三十五年的建设发展,师资队伍不断壮大,人才培养规模和层次不断提升,科研实力和社会服务能力不断增强,已成为西部地区中药学类专业与药学专业人才的重要培养基地,也是甘肃省现在唯一一所具有本科、硕士、博士三个层次中药学人才培养资质的高校。
甘肃中医药大学敦煌医学研究在学校历届领导的高度重视下，历经几代学者的不断努力，自20世纪80年代初至今，成绩斐然，成果颇丰，特色甚浓，包括了在研项目在内的20余项成果，既有国家级项目，又有省部级项目。
丝绸之路中医药发展研究院成立于2016年12月。主要职责为立足丝绸之路沿线省份及国家开展中医药创新机制及平台建设，开展中医药科学研究、中药新药研发、中医临床诊疗技术研究与推广、中医药科技成果转化和产业发展；发挥中医医疗特色优势，做好中医药社会服务；开展与国内高校、研究所、企业等合作与交流，提高中医药科技创新水平；引进院士、长江学者等各类高层次中医药人才，推动学科建设和发展；加强中医药对外合作交流，提升中医药学术水平和国际影响。
马克思主义学院成立于2016年3月，其前身是1986年成立的社会科学部。是对大学生进行马克思主义理论与思想政治教育教学、研究的重要基地。学院具有坚定正确的政治方向，认真贯彻党的教育方针，与党中央保持高度一致，树牢“四个意识”、坚定“四个自信”，坚决做到“两个维护”，学院教职员工秉持“仁术勤和，玉汝于成”的育人理念，爱岗敬业，争做新时代“四有”教师。
甘肃中医药大学国际教育学院成立于2014年1月,与国际合作与交流处合署办公。2016年12月,外语教学部整体并入国际教育学院,并实行独立建制,是集行政、教学和科研于一体的二级学院,内设有综合办公室、教学科研办公室、留学生招生办公室、留学生培养科、大学英语教研室、医学英语教研室、小语种教研室、中医翻译研究所、语言培训中心。
针灸推拿学院（原针灸推拿系）创建于1985年，由“西北针王”、著名针灸学家郑魁山教授领衔创立，同年招收专科学生。1990年获批针灸推拿学本科、硕士研究生招生资格，2013年获批博士生招生资格，2016年依托中医学博士后流动站开始招收针灸推拿学方向博士后；2012年获批康复治疗学本科招生资格，2015年获批康复医学与理疗学硕士研究生招生资格。
甘肃中医药大学是全国创办中西医结合专业较早的高校，1999年中西医临床医学专科开始招生，2001年中西医临床医学本科开始招生。2008年，中西医临床医学专业被国家教育部确定为特色专业，成立中西医结合系。2011年，中西医结合学科被国务院学位委员会批准为一级学科硕士学位授予权点。2013年，中西医结合学科获批国家教育部博士学位授予资格，学科开始自主招生并培养博士研究生。
学校于2002年成立甘肃中医学院临床医疗系，2015年更名为甘肃中医学院临床医学院，2020年甘肃中医药大学与甘肃省人民医院共建第一临床医学院。学院现设有临床医学（含免费医学定向、全科医学、杰出医生实验班）、医学影像学、医学影像技术三个本科专业。学院为临床医学一级学科硕士学位授权点，并获批省级重点学科和省级一流本科专业建设点。
兰州市第一人民医院始建于1951年,前身为甘肃省工人医院,1973年归兰州市卫生局管理,1979年更名为兰州市第一人民医院。2008年创建为“三级甲等医院”,是市级综合性三甲医院,2020年挂牌成立甘肃中医药大学第二临床医学院。
甘肃中医药大学护理学院作为甘肃省成立最早的护理学院，在西北地区护理界有着良好的声誉。护理学科是甘肃省唯一一家既具有护理硕士专业学位授予权，又具有护理硕士学术学位授予权的硕士学位授权点。
甘肃中医药大学基础医学院 地址：甘肃省兰州市城关区定西东路35号（五里铺校区）、甘肃省兰州市和平开发区中医大道1号（和平校区）
甘肃中医药大学公共卫生学院成立于2013年，现有预防医学、卫生检验与检疫、医学检验技术3个本科专业。2015年公共卫生硕士（MPH）专业学位授权点获批并招生，2021年开始招收公共卫生硕士（MPH）留学生。学院还有临床检验诊断学二级学科专业硕士学位授权点。学院现有学生963人，其中本科生770人，硕士生195人（留学生2名）。设有营养与食品卫生学、环境与职业医学、数学与医学统计学、流行病与循证医学、卫生检验与检疫、临床检验诊断学6个教研室；拥有“中医预防医学研究所”、“中医药循证医学研究所”，“公共卫生技
经贸与管理学院前身为学校公共课部；2004年，独立设置管理系；2006年成立经贸与管理学系；2013年，更名为经贸与管理学院。
甘肃中医药大学人文与外国语学院成立于2019年5月。现有专兼职教师36人，其中教授1人，副教授14人，讲师21人，硕士研究生26人。
