首都医科大学附属北京世纪坛医院（北京铁路总医院），毗邻北京中华世纪坛，原为铁道部北京铁路总医院，创建于1915年，1989年通过全国首批三级甲等医院评审，为北京市属综合医院，是首都医科大学附属医院、首都医科大学肿瘤医学院、北京大学第九临床医学院、北京市中西医结合肿瘤研究所及北京世纪坛医院医联体理事单位。
主办：中国医学科学院 中国协和医科大学 药用植物研究所 ；地址：北京市海淀区马连洼北路151号
生理学教研室是一个具有悠久历史的教研团队，创建于1918年，其创始人周颂声教授当年从日本归国，筹建了中国的第一个生理学专业教学研究室--“生理教室”，后逐渐发展为五十年代初的北京医学院生理教研组（室），曾拥有一批卓有建树的生理学家，其中有我国第一代“代谢生理学家”沈隽琪教授；“消化内分泌生理学家”王志均院士和“神经生理学家”韩济生院士等等。
1986年，原北京医科大学微生物学与免疫学教研室分离，各自成为一个独立的教研室。次年，免疫学科获得博士学位授予权。1993年，免疫学教研室进一步扩展为免疫学系，1996年成为卫生部医学免疫学重点实验室，2001年被评为国家重点学科。免疫学系各实验室主要分布在医学部中心实验楼第4-7层，总面积约2100平方米。
北京大学基础医学院微生物与寄生虫学系由医学微生物学系与寄生虫学系合并组建而成。原医学微生物学系的前身是成立于1946年7月的北京大学医学院细菌学系。
细胞生物学系成立于2000年4月――北京医科大学和北京大学合并之时，由当时的细胞生物学和生物遗传学两个教研室合并而成。2001年10月和北京大学干细胞研究中心共同组建成今天的细胞生物学学系。
生物化学与分子生物学系成立于1946年，即北京大学医学院成立之时，创始人是我国著名生物化学家刘思职学部委员和张昌颖教授。当时被称为北京大学医学院生化教研室。
医学遗传学是医学院校中的一门基础学科，也是急待发展的重要学科。目前临床医学对遗传病的诊疗要求已提高到细胞和分子水平，而我国在遗传病的诊治和研究方面与国际先进水平还存在相当大的差距。随着对遗传性疾病认识的不断深入，国内众多高校和临床医院对医学遗传学这门学科越来越重视。
天然药物及仿生药物国家重点实验室筹建于1985年,是我国首批建立的国家重点实验室，也是中国高校建立最早的药物研究国家重点实验室。实验室充分利用北京大学多学科、自由探索及特色化发展的综合优势，围绕天然产物复杂成分成药性的基础科学问题和内源性物质发挥治疗功能的仿生关键技术瓶颈开展基础与应用基础研究，旨在探索未来可能成为治疗药物的源头发现以及药物发展的新趋势和新方向。
化学生物学系建立于2000年，由原来的生物无机系和生物有机系组成，岳宝珍教授任系主任。2003年药物分析研究室并入化学生物学系组成新的化学生物学系，由李润涛教授任主任。现任系主任为李中军教授，系副主任为杨晓改教授和凌笑梅教授。
药物化学系建立于1996年12月，由原药物化学教研室和抗肿瘤药物研究室合并而成。药物化学学科2001年被评为国家重点学科，该学科主要由药物化学系及药学院其它从事药物设计与合成的课题组所组成，药学化学硕士和博士学位授权点以及博士后流动站主要依托在药物化学系。
天然药物学系组建于1996年12月，现由生药学研究室、天然药物化学研究室、生药学生物技术研究室、药用植物研究室、海洋药物与生物合成研究室、中药代谢研究室和中药研究室组成。其最早的前身是成立于1941年的中药研究所生药学部，当时由著名生药学家赵燏黄先生任生药学部主任；后来在生药学部和化学部组成的中药研究所的基础上，于1943年成立北平大学医学院药学系。1951年以后生药学领域的著名学者楼之岑先生、诚静容先生、林启寿先生等相继来我系任教，并长期担任学科带头人。楼之岑教授于1994年当选中国工程院院士。
药剂学教学课程开设于1952年，于二十世纪五十年代后期，成立了药剂学教研室；1996年建立药剂学系，由原来的药剂学、物理化学、药物分析教研室组成，魏树礼教授任系主任；1999年由张强教授任系主任；2003年系室调整后，药剂学系由药剂学和物理化学两个教研室组成，由卢炜教授担任系主任；2017年由吕万良教授代理系主任，齐宪荣教授担任系党支部书记。
根植于多学科综合优势的北京大学，分子与细胞药理学系发挥其自由探索和特色化发展的学术传统，以药学学科为龙头，整合化学、生物学、基础医学和临床等相关学科的优势力量，吸引、凝聚、培养了一批科学前沿德领军人物和青年学术骨干，通过承担国家重大科学项目，创立国际公认的、具有原创性和前瞻性的药物发现新理论、新方法、新策略以及具有示范意义的先导药物，培养引领未来药物科学的人才，使北京大学成为药学学科建设和学术发展的创造中心、培育中心和引领中心。
北京大学药学院药事管理与临床药学系成立于2000年，致力于为国家培养合理用药与药物政策研究领军人才，深入探索药品合理使用与药物政策国内外前沿科学问题，为百姓放心合理使用药品和国家药物政策治理提供科学依据。我系现有专职教职工7名，其中教授1名、副教授4名、中级教师2名；附属和教学医院9家，实践教学基地20余家，兼职教师近100名；博士研究生导师10名，硕士研究生导师21名。
