教务处（招生办、教师能力发展中心）下设教务科（教学常规、考务、教材、档案、综合）、招生办公室、学籍管理科、实习实训科（实验室建设、校内实训、校外生产实习）、质量工程办公室、教师能力发展中心、教学设备科（教学设备管理与日常维护）七个科室。

发展规划处是负责学校教育事业发展规划、高职教育教学研究的学校职能部门，内设综合管理科、规划管理科、学报编辑部、职教研究所等，在学校校长直接领导下，主要开展学校政策研究、决策参谋等工作。

科技处下设综合科、项目管理科、服务地方办公室三个科室。

计划财务处是学院唯一的一级财务机构，在学院党委和学院院长的领导下，按照国家有关法规制度的规定和赋予的职责，统一组织和管理学院的各项经济活动，为学院科学决策提供依据。

合肥职业技术学院总务处成立于2016年10月，是由原后勤集团、资产科和实训中心设备科合并而成。下设资产管理科、采购科、饮食服务管理科、综合（物业）办公室、一卡通中心、社会化服务管理科、公共事务管理科等内设机构。目前在职职工共有19人，其中副高级职称3人，中级职称5人。

合肥职业技术学院保卫处（武装部）是学校党委和行政领导下的职能部门，下设治安管理科、综合科、国防教育科（征兵办公室）

国有资产管理处是学校国有资产管理工作的主要职能部门，在校长和分管校长的领导下，负责对全校国有资产（含房产）、设备、家具、耗材供应等进行全方位全过程的管理、服务与监督。

审计处是学校负责审计工作的职能部门。依照《中华人民共和国审计法》《审计署关于内部审计工作规定》和《教育系统内部审计工作规定》等法律法规以及学校党委和行政的要求开展审计工作。

中共合肥职业技术学院纪律检查委员会、安徽省监察委员会驻合肥职业技术学院监察专员办公室 地址： 安徽省合肥市新站区烈山路（汇心湖校区）、安徽省合肥市巢湖市凤凰山路（鼓山校区）

直属分党委共有在职党员一百多人、14个党支部，党委班子健全，分党委委员有7人，设书记1人，副书记2人、专职副书记1人，组织纪检、宣传统战、青年武装委员3人。各党支部设委员3人，各个部门负责人担任支部书记，部门业务骨干担任支部委员。

鼓山校区现占地面积549 亩,总建筑面积约 25 万平方米，总投资超 7.5 亿元。依据学校“一校两区一园”（“一校”是合肥职业技术学院，“两区”是合肥汇心湖校区、巢湖鼓山校区，“一园”是合肥金寨路大学生创新创业孵化园）发展战略，鼓山校区结合地方区域发展定位，以发展传统优势医学相关类专业为目标，保留生物、建筑、汽车等专业，进一步拓展医学相关类的专业领域，打造健康产业人才培养基地，现有医学院、建筑工程学院、生物工程学院、汽车工程学院、基础教育学院、马克思主义学院、继续教育学院等7个二级学院，共24个专业；校

合肥职业技术学院关工委 地址： 安徽省合肥市新站区烈山路（汇心湖校区）、安徽省合肥市巢湖市凤凰山路（鼓山校区）

合肥职业技术学院党委办公室、院长办公室 地址： 安徽省合肥市新站区烈山路（汇心湖校区）、安徽省合肥市巢湖市凤凰山路（鼓山校区）

合肥职业技术学院组织部（人事处）属学院内设机构，副处建制，设有人事科、师资科、组织（老干部）科等三个副科机构，主要负责办理人事、工资、专业技术职称（职务）评聘、师资培训、基层党组织建设和组织发展、服务老干部等相关工作。

合肥职业技术学院党委宣传（统战）部 地址： 安徽省合肥市新站区烈山路（汇心湖校区）、安徽省合肥市巢湖市凤凰山路（鼓山校区）