生物医学工程学院隶属于生命科学与医学部，依托苏州高等研究院为主体，围绕“潜心立德树人、执着攻关创新”的两大核心任务和“育人才、励精英，驱动医工未来；探未知、求新识，了解生命本质；转成果、塑创新，提升医疗服务”三大使命，在生物医学工程的人才培养、科学研究、师资构建、学科建设等方面开展工作。
中国科学技术大学管理学院于1995年6月成立，管理学院的使命是创造管理思想与工具，培养管理英才与领袖。管理学院遵循交流、开放和国际联合的原则办学，与北美、澳大利亚、日本、新加坡及香港、台湾地区的大学与研究机构建立了紧密的合作关系和培养计划。管理学院聘有数十名国内外知名专家和学者作为顾问和兼职教授，他们的参与使管理学院的教学和研究与社会需要密切结合。广泛的社会联系为高年级和研究生提供了大量的社会实践机会。
统计学专业是数学学科中应用最广泛、最直接、联系实际最密切的专业之一。统计学是研究怎样有效地收集、分析和解释数据，为寻求事物发展规律和做出正确的决策提供定量依据的一门学科。
中国科学技术大学公共事务学院成立于2010年，是学校为实施“双一流”建设发展战略，完善高校服务社会功能，促进社会经济发展和公共事务管理创新而成立的新型学院，致力于培养具有扎实基础、创新思维和国际视野的复合型高层次人才。
人文与社会科学学院的成立是中国科学技术大学在创建世界一流研究型大学的进程中迈出的重要一步，它标志着中国科学技术大学致力于培养具有全面素质的高层次的科学技术人才，是与当代世界高等教育体制接轨的重要举措，也是全面贯彻党的教育方针、推进全面素质教育的重大步骤。
科技史与科技考古系成立于1999年3月，是在原中国科学技术大学自然科学史研究室和科技考古研究室基础上，联合中国科学院自然科学史所和中国社会科学院考古所而建立的。原中国科学技术大学校长朱清时院士兼任第一届系主任，著名科学史家席泽宗院士兼任系名誉主任，著名历史学家李学勤教授兼任系学术委员会主任。2005年11月著名科技史专家、国际科技史学会第一副会长、中国科技史学会理事长刘钝教授兼任第二届系主任。
面对国家和社会巨大的紧缺人才需求，科技传播系（25系）致力于培养“科技媒体和科技传播”英才，致力于培养具有卓越的内容创意设计能力、优秀的平台运营管理能力以及出众的传播技能的优秀人才。基于在网络传播、数字媒体、科学普及、媒体艺术、科技传播、科技新闻等新兴的学科领域的锐气和潜力，本系已是中国科学技术大学富有朝气的、极具发展潜力的学科建设方向之一。
科技哲学系前身是中国科学技术大学人文与社会科学学院的独立教学研究单位——科技哲学教研部，承担全校本科生与研究生科技哲学类基础通修课教学任务，同时拥有科技哲学专业硕士点和博士点授权，培养科技哲学专业硕士研究生和博士研究生。国家科技部中国科技发展战略研究院是教学科研合作单位。
心理学是现代生活中人们最广泛涉及的主题。 2020年12月6日中国科学技术大学校字〔2020〕213 号文件发布，人文与社会科学学院系部设置调整，心理学系正式运行。
中国科学技术大学马克思主义学院成立于2016年3月10日，由中国科学技术大学与中共安徽省委党校（安徽行政学院）共建。共建马克思主义学院，既是贯彻中央精神、进一步加强和改进新形势下高校思想政治工作、持续提高思想政治理论课有效性的重要举措，也是创新办学思路，实现优质教育资源共享、两校合作共赢的务实之举。2016年4月26日，习近平总书记来我校考察时，对我校与安徽省委党校共建马克思主义学院的做法给予肯定。
中科大环境科学与工程系于2019年正式成立，由之前的化学与材料科学学院的环境工程专业与地球和空间科学学院的环境科学专业组合而成，既继承了前身两专业的深厚底蕴与优良传统，又以崭新的面貌破土而出，恰如向阳花木、雨后春笋，踏足磐石、庇于桑苞，欲纳新鲜活力之血液，更创欣欣向荣之新景。
中国科学技术大学核科学技术学院由加速器科学与工程物理系、等离子体物理与聚变工程系、核科学与工程系等单位组成，是国内唯一同时依托国家实验室（同步辐射国家实验室）和国家级大科学装置（中科院合肥物质研究院等单位）组建的具有鲜明的大科学工程特色的学院。现任院长为李建刚院士，执行院长为封东来教授，学院分党委书记为李良彬教授。
中国科技大学环境科学与光电技术学院是中国科学院领导在践行科教结合、教育创新的基础上，进一步推进“寓教于研”的重要举措。学院经中国科学院批准，由中科院合肥物质科学研究院和中国科学技术大学共同筹建，由中科院安徽光学精密机械研究所为主，负责落实中国科大环境科学与光电技术学院的合作事宜。以培养环境科学与光电技术交叉学科方面具有实际科研能力的高层次精英人才和领军人才为目标。
同步辐射是一种强度大、亮度高、频谱连续、方向性及偏振性好、有脉冲时间结构和洁净真空环境的优异的新型光源，可应用于物理、化学、材料科学、生命科学、信息科学、力学、地学、医学、药学、农学、环境保护、计量科学、光刻和超微细加工等众多基础研究和应用研究领域。
合肥微尺度物质科学国家研究中心（以下简称微尺度国家研究中心）是科技部2017年11月批准组建的六个国家研究中心之一，依托于中国科学技术大学，是在合肥微尺度物质科学国家实验室筹建十余年的基础上组建。2018年3月，微尺度国家研究中心建设运行实施方案通过专家论证。
