首都医科大学附属北京友谊医院始建于1952年,原名为北京苏联红十字医院,是新中国成立后,在苏联政府和苏联红十字会援助下,由党和政府建立的第一所大型医院。1954年新院址落成,毛泽东、周恩来、刘少奇、朱德等老一辈革命家为医院亲笔题词。毛泽东主席特别题词“减少人民的疾病,提高人民的健康水平”。1957年3月,苏联政府将医院正式移交我国政府,周恩来总理亲自来院参加了移交仪式。1970年,周总理亲自为医院命名为“北京友谊医院”。
首都医科大学附属北京同仁医院始建于1886年,是一所以眼科学、耳鼻咽喉科学为国家重点学科的大型综合三甲医院。今天的医院分为崇文门院区和亦庄院区,现有职工3600余人。医院设有64个临床和医技科室,编制床位1759张,2019年年门急诊量290.2万人次,出院人数10.9万人次,手术人数8.1万人次。首都医科大学附属北京同仁医院始建于1886年，是一所以眼科学、耳鼻咽喉科学为国家重点学科的大型综合三甲医院。今天的医院分为崇文门院区和亦庄院区，现有职工3600余人。医院设有64个临床和医技科室，编制床位175
首都医科大学附属复兴医院始建于1950年，是一所集医疗、教学、科研、预防和社区卫生服务为一体的三级综合医院。1997年成为首都医科大学附属医院（第八临床医学院）；2000年北京市卫计委确定本院为区域医疗中心；2016年北京市卫健委确定本院紧密型医联体试点单位。
国家儿童医学中心、首都医科大学附属北京儿童医院是集医疗、科研、教学、保健于一体的三级甲等综合性儿科医院，前身是我国现代儿科学奠基人诸福棠院士于1942年创办的北平私立儿童医院。医院总占地面积7万平方米，建筑面积12万平方米，编制病床970张，年均门诊量约300万人次，住院病人8万余人次，手术逾2.6万例。
首都医科大学附属北京口腔医院建立于1945年，是集医疗、教学、科研、预防为一体的三级甲等口腔专科医院。医院的医疗设备先进，精湛的医疗技术，全心全意为广大患者解除各种口腔疾病的困扰。
首都医科大学附属北京安定医院是市属精神卫生医疗机构暨三级甲等专科医院，承担着医疗、教学、科研、预防、社会服务和对外交流等任务。医院前身为清政府设立的“疯人院”，创建于1908年。截止2020年底，目前在岗1214人，其中专业技术人员966人，高级职称135人。医院编制床位800张。新门诊病房楼及附属用房工程于2014年竣工并投入使用。北京市精神卫生保健所为我院挂靠单位。
北京市医院管理中心（简称市医管中心）是市卫生健康委归口管理的事业单位。根据市政府授权，负责履行市属医院的举办职责。
北京中医医院始建于1956年，是北京市唯一的一所市属综合性、现代化三级甲等中医医院。承担着北京市中医医疗、教学、科研、预防等任务。医院下设北京市中医研究所、北京市中医国际交流培训中心、北京市赵炳南皮肤病研究中心等，是首都医科大学中医药临床医学院、北京中医药大学教学医院、北京市中医住院医师（全科医生）规范化培训基地。
主办： 北京市疾病预防控制中心（北京市化学物质毒性鉴定检测中心、北京市健康教育所、北京市性病防治所） ；地址：北京市东城区和平里中街16号
主办：中共国家电网有限公司党组宣传部（ 对外联络部 ）；地址：北京市西城区西长安街86号
中国医学科学院阜外医院（以下简称阜外医院），是国家级三级甲等心血管病专科医院，也是国家心血管病中心、心血管疾病国家重点实验室、国家心血管疾病临床医学研究中心所在地，以诊治各种复杂、疑难和重症心血管疾病而享誉国内外，已成为世界上最大的心血管疾病诊治中心和集医疗、科研、预防和人才培养于一体的国家级医学研究与教育中心。
中国医学科学院药物研究所（以下简称“药物所”）成立于1958年8月，隶属于中国医学科学院北京协和医学院。
中国医学科学院北京协和医学院医药生物技术研究所（以下简称药生所）创建于1958年，原名抗菌素研究所，前身可追溯到北洋政府时期的北平天坛中央防疫处，是中国抗生素的发源地和摇篮。自成功研发第一支青霉素以来，迄今已完成了临床各大类几十种抗生素的研发，占国产抗生素50%以上，为我国抗生素的研发、人才培养及产业发展起到了奠基作用，在国家感染性疾病控制中做出了突出贡献。
中国医学科学院基础医学研究所、北京协和医学院基础学院（以下简称所院）成立于1978年，其前身为1958年成立的中国医学科学院实验医学研究所和1921年建立的北京协和医学院基础医学系。目前所（院）在职职工374人，其中中国科学院院士3 人，中国工程院院士3 人，国家杰出青年基金获得者11人，高级职称专业技术人员126人。所（院）以学科建设为基础，重视科研发展与人才培养，现有15个学系和一个对国内外开放的医学分子生物学国家重点实验室，一个国家级基础医学实验教学示范中心。承担着科研和教学两大任务。
中国医学科学院北京协和医学院微循环研究所位于北京市中心的中国医学科学院东单园区，是中国医学科学院微血管医学研究中心的依托单位，是亚洲微循环联盟总部单位和中国微循环学会创始理事长单位。
