马克思主义学院是学校直属的独立建制二级单位，是全校思想政治理论课教学部门和马克思主义理论研究机构。学院前身为马列主义教研室，1988年12月成立了社会科学部，2017年7月更名为马克思主义学院。
山东第一医科大学外国语学院始建于是2001年,其前身为山东第一医科大学外语教研室。山东第一医科大学外语专业的准备工作起始于上个世纪1999年。1999年学校论证了六年制临床医学与英语专业获得通过，并于2000年正式招生。
为适应社会经济发展的需要，学校充分挖掘潜力，发挥专业优势，实行多渠道、多层次、多形式办学，大力发展成人教育，1984年经原国家教委批准设立夜大学。1985年设立成人教育科，统一管理全校成人教育工作。1993年，为适应成人教育发展规模，完善成人教育管理体制，设立了成人教育部。2001年，经主管部门批准，成立了成人教育学院。2009年底，更名为继续教育学院。
预防医学科学学院（放射医学研究所）是在山东省医学科学院放射医学研究所基础上，2020年成立的科教融合学院。1998年获批放射医学硕士点。2022年获批放射医学本科专业。目前主要从事放射医学教学，辐射防护、辐射监测和辐射效应的科研和技术服务工作以及《中国辐射卫生》杂志的出版工作。
科教融合学院，前身为山东省医学科学院药物研究所，有药学、制药工程、药物化学3个本科专业，1个药学学术学位一级学科硕士点、1个药学硕士专业学位授权类别。现有在校本科生874人，研究生97人，另有7名博士后在站工作。在编职工48人，高层次人才19人，其中国家级人才1人。
生物医学科学学院（省医药生物技术研究中心）成立于2020年，是山东第一医科大学的科教融合学院之一，前身为成立于1997年4月的山东省医药生物技术研究中心。学院设有生物技术全日制本科专业，下设四个教研室，另主要承担本学院的专业基础和专业课程的教学任务。目前在校学生近400人。
实验动物学院（省实验动物中心）成立于2020年6月，是由始建于1990年的山东省实验动物中心为适应校（院）科教融合改革发展而成立的。主要从事全省实验动物行政许可业务承办及技术支持、实验动物研究与开发、实验动物及相关产品质量监测、从业人员培训及校（院）医学实验动物学相关专业教学等工作，为校内教学、科研提供动物实验服务。
山东第一医科大学医学人工智能与大数据学院（SDFMU College of Artificial Intelligence and Big Data for Medical Sciences , AIMS）成立于2020年10月，是山东第一医科大学（山东省医学科学院）深化科教融合改革、创新体制机制的示范单位，在全校（院）率先实行理事会治理下的院长负责制。
山东第一医科大学医疗保障学院成立于2020年3月。医疗保障学院、山东省医疗保障研究院是经省编办正式批复备案，由省医保局、山东第一医科大学共同建设。双方共建学院、研究院是深入学习贯彻习近平总书记关于建立中国特色医疗保障制度重要指示精神和《中共中央、国务院关于深化医疗保障制度改革的意见》的实际行动，是贯彻落实刘家义书记对校（院）发展提出的“四个一流”工作目标的具体举措，是政府部门与高校合作的创新探索。
2020年6月和2022年3月，校（院）党委先后决定将基础医学院、临床医学院和省医科院基础医学研究所进行实质性融合，组建临床与基础医学院（基础医学研究所），是特色鲜明的医、教、研协同融合学院。学院现有教职员工258人。
放射学院是山东第一医科大学（山东省医学科学院）具有典型医工交叉学科特色的二级学院，主要开展医学和医工交叉学科的教学科研工作。现开设医学影像学、医学影像技术、生物医学工程、应用物理学（医学物理学方向）四个本科专业。现有医学技术和生物医学工程硕士学位授权一级学科点，影像医学与核医学硕士学位授权二级学科点。
护理学院成立于2001年，前身是1997年成立的护理系。学校1985年开始成人护理专科教育，1995年开始全日制护理专科教育。1999年开始护理学本科教育（五年制），2006年改为四年制本科教育，同年增设护理学·麻醉护理方向本科，2015年增设护理学·助产方向。
山东第一医科大学药学院的前身是泰山医学院药学院，始建于2001年。学院以“为人类健康，创一流药学”为使命，创新办学理念，整合资源，汇聚人才，实现了又好又快的和谐发展。
学院设有口腔基础医学、口腔临床医学、口腔医学技术等教研室和口腔医学综合实验室，实验设备总价值2000余万元。专业教学主要在口腔医学院、山东省立口腔医院、聊城市人民医院口腔医学中心完成，有山东省立医院、山东省千佛山医院、济南市中心医院、山东第一医科大学第二附属医院、北京航空航天总医院、泰安市中心医院、现代牙科集团、深圳康泰健牙科集团、上海时代天使生物科技有限公司、广州瑞通生物科技有限公司等20余家实习教学基地。
运动医学与康复学院源于运动医学研究所。2003年10月，成立泰山医学院运动医学研究所，次年招收运动医学专业硕士研究生；2004年7月在研究所基础上成立运动人体科学系，同年招收运动人体科学本科专业学生；2011年5月，原基础医学院体育教研室整合至运动人体科学系；2012年1月，教育部批准开设康复治疗学本科专业，2013年教育部批准开设运动康本科专业及康复治疗技术专科。2012年5月更名为运动医学与康复学院。
