2001年3月，中国农业科学院蚕业研究所与江苏科技大学（原华东船舶工业学院）正式合并。2001年9月，生物技术学院在中国农业科学院蚕业研究所的学术力量基础上正式建立。2006年9月，环境工程专业并入，学院更名为生物与环境工程学院。2011年3月，化学化工相关专业并入，学院更名为生物与化学工程学院。2014年1月，为了进一步强化我校三大办学特色之一“蚕桑及相关生物技术”的发展，将学校生物学科教学培养工作与蚕业研究工作合并整合，重新成立生物技术学院，实行蚕业研究所与生物技术学院两个牌子一套班子的组织管理模式。

海洋装备研究院是江苏科技大学的专职科研机构，专门从事海洋装备的研究、设计和开发，是经江苏省科技厅认定的新型研发机构（联合重大创新载体）、江苏省海洋工程装备优势产业链的智库单位，也是江苏高校（高技术船舶）协同创新中心、江苏省船舶工业协会、中国船舶与海洋工程产业知识产权联盟的实体运行管理机构，荣获首届江苏省科技创新发展奖先进单位（集体）。

江苏科技大学党委统战部作为负责全校统一战线工作的职能部门，多年来，在学校党委正确领导下，做好党委和党外人士的桥梁、纽带，加强与统战成员的联系，沟通思想、掌握政策、协调关系、举荐人才，为学校的改革发展发挥了不可替代的作用。

主办：江苏科技大学基建处、新校区建设指挥部 ；地址： 江苏省镇江市丹徒区长晖路666号(长山校区)、江苏省镇江市京口区梦溪路2号(梦溪校区)

主办：江苏科技大学科技处、科学技术研究院 ；地址： 江苏省镇江市丹徒区长晖路666号(长山校区)、江苏省镇江市京口区梦溪路2号(梦溪校区)

实验室管理处是负责全校各类实验场所规划建设及管理、实验室安全和大型仪器设备共享管理的职能部门，目前有处长1人，副处长2人，各科室工作人员7人。

主办：江苏科技大学国际合作与交流处、港澳台事务办公室、海外教育学院 ；地址：江苏省镇江市京口区梦溪路2号(梦溪校区)

江苏科技大学保卫部(安全保卫处)是在校党委、校长领导下，依据国家有关法律法规和学校规章制度，维护学校政治稳定、治安安定，并为广大师生员工的教学、科研、生活、学习提供安全服务的职能部门。

主办：江苏科技大学党委学生工作部、学生工作处 ；地址： 江苏省镇江市丹徒区长晖路666号(长山校区)、江苏省镇江市京口区梦溪路2号(梦溪校区)

主办：江苏科技大学党委教师工作部、人事处、教师发展中心 ；地址： 江苏省镇江市丹徒区长晖路666号(长山校区)、江苏省镇江市京口区梦溪路2号(梦溪校区)

主办：江苏科技大学党委组织部、机关党委 ；地址： 江苏省镇江市丹徒区长晖路666号(长山校区)、江苏省镇江市京口区梦溪路2号(梦溪校区)

主办：江苏科技大学党委宣传部 ；地址： 江苏省镇江市丹徒区长晖路666号(长山校区)、江苏省镇江市京口区梦溪路2号(梦溪校区)

主办：中共江苏科技大学纪律检查委员会、江苏省监察委员会驻江苏科技大学监察专员办公室 ；地址： 江苏省镇江市丹徒区长晖路666号(长山校区)、江苏省镇江市京口区梦溪路2号(梦溪校区)

江苏科技大学工会是学校党委领导下，教职工自愿结合的群众组织，是学校党委联系广大教职工的桥梁和纽带。江苏科技大学现有工会会员两千余人，下设23个部门工会，成立了16个教职工协会（俱乐部）。第八届教代会执委会由25人组成，第十届工会委员会由25人组成，设主席1人、常务副主席1人、兼职副主席2人。

主办：共青团江苏科技大学委员会 ；地址： 江苏省镇江市丹徒区长晖路666号(长山校区)、江苏省镇江市京口区梦溪路2号(梦溪校区)