哈尔滨工程大学科技处（科学技术研究院、知识产权中心、海洋科技发展战略研究院） 地址：黑龙江省哈尔滨市南岗区南通大街145号
审计处是由校长分管并授权纪委书记协助校长分工负责的独立内部审计机构。依照国家法律、法规和政策以及学校的规章制度，对学校及所属部门、单位财务收支及其有关经济活动的真实、合法及效益情况，依法独立实施内部审计监督的专门机构。
哈尔滨工程大学发展计划处(高等教育研究所)、学科专业建设办公室 地址：黑龙江省哈尔滨市南岗区南通大街145号
哈尔滨工程大学后勤基建处 地址：黑龙江省哈尔滨市南岗区南通大街145号
哈尔滨工程大学安全保卫处是在学校党委、行政的领导和上级公安机关业务指导下，开展学校安全保卫工作的职能部门。安全保卫处下设综合科、防火科、技术安全科、交通科、安全委员会办公室、治安科和校卫队。
哈尔滨工程大学网络信息中心成立于2001年3月，为了加速推进实施五大转型升级工程的新战略，强化体制机制创新，进一步提升管理水平和工作效率，2012年9月，经学校党委研究决定，成立信息化处，与网络信息中心合署办公。信息化处、网络信息中心下设综合部、网络部、信息部、校园一卡通部、运维与服务部和IT安全部六个部门。 负责校园信息化整体规划、信息化标准规范与相关制度建设，信息化应用系统规划与建设，学校数据中心建设与管理，校园一卡通建设与运维，校园网络建设与运行管理，校园通信技术保障及运行管理等工作。
学院坚持“整合优质教育资源，借鉴先进教育理念，吸收优秀教学内容，实现规范科学管理，培养德业双修人才”的办学理念，注重教学管理、语言训练、教材遴选、师资培养。目前已拥有一支实力雄厚、高水平的教师队伍和一支合作教育办学经验丰富、工作严谨务实、锐意开拓创新的管理队伍。
哈尔滨工程大学继续教育学院前身系1989年9月经中国船舶工业总公司批准成立的哈尔滨船舶工程学院成人教育学院；2003年与国际合作教育学院合署办公；2006年9月更名为哈尔滨工程大学继续教育学院；2015年7月独立建制运行。学院始终继承和发扬“哈军工”优良办学传统，80年代起就面向国防工业、船舶行业、核工业以及省内地市，举办各类中短期培训班、高级专业技术人员研修班、中层干部培训班、岗前培训班和技能提高班。
1998年，教育部金工教学指导委员会引导金工实习改革，国内9所985高校率先在世界银行贷款的支持下，建设并成立了工程训练中心。2000年10月，哈尔滨工程大学承担了教育部世行贷款高等理工科教育教学改革项目——《工程训练中心的建设与实践》，该项目的研究与完成直接推动了工程训练中心的建立。学校投入建设经费1100万元。2003年5月成立工程训练中心。
哈尔滨工程大学图书馆坐落于校园东部，紧邻教学、科研和实验区，建筑面积5万平方米，地上六层、地下一层。整个建筑以方形中部主体为中心、两侧圆弧形配楼为辅，形成东西两翼对称式布局；其建筑风格既秉承了建成于“哈军工”时期的校园主体建筑群所独有的沉稳厚重的风格，又融入了具有现代感的建筑元素。
哈尔滨工程大学档案工作始于1978年哈尔滨船舶工程学院时期开始设立的文书档案岗位。1982年，学院成立了科技档案室，成为学校第一个档案工作常设机构。1991年3月，学院正式成立档案馆，是学校直属的处级单位。哈尔滨工程大学档案馆既是学校档案工作的行政管理部门，又是提供档案利用服务的业务部门, 同时，也是哈军工历史文化展示、传承、研究的部门。
《哈尔滨工程大学学报》编辑部 地址:黑龙江省哈尔滨市南岗区南通大街145-1号楼
哈尔滨工程大学期刊社隶属于国家“211工程”、“985”工程优势学科创新平台项目重点建设高校——哈尔滨工程大学。多年来，在工业和信息化部、教育部的指导下，在学校的大力支持下，期刊社始终坚持“提供优质科技信息交流平台，打造一流学术期刊品牌”的办刊目标。目前，下设《哈尔滨工程大学学报》、《Journal of Marine Science and Application》、《智能系统学报》、《应用科技》4个期刊编辑部，各刊突出特色，准确定位，高质量的发展获多方好评。
哈尔滨工程大学后勤集团成立于2001年，是为了适应哈尔滨工程大学的发展与需要，组建起来的一个融管理、服务、经营为一体的现代高校后勤服务保障部门。集团设有综合办办公室、人力资源办公室、财务资产办公室、质量安全办公室、饮食中心、公寓中心、物业中心、动力及维修中心、经营服务中心、招待所、助学超市、幼教中心、运输服务中心。现有员工1200多人。
为了充分发挥校园网站信息发布与沟通交流的重要作用，更好地展示部门形象、服务广大师生，信息化处为各部门提供统一网站建设平台和建站服务。经过版面设计、数据迁移、网站调试，信息化处对哈尔滨工程大学资产经营有限公司主页进行了全方位、高品质的改版升级。2018年4月27日，哈尔滨工程大学资产经营有限公司新版主页上线运行。
