目前，电光学院现有5个本科专业，分别为：电子信息科学与技术、通信工程、电子科学与技术、微电子科学与工程、光电信息科学与工程专业。其中，微电子科学与工程专业为教育部特色专业，光电信息科学与工程专业是南开大学与天津大学强强联合共建专业。电光学院拥有首批国家重点一级学科1个、天津市重点学科2个、博士学位授权点3个、博士后流动站2个、科学硕士学位一级学科授权点4个、专业硕士（工程硕士）授权点3个。
重点实验室于 1989 年经国家计委批准立项，由 世界银行贷款资助 ，在南开大学高分子化学与物理国家重点学科的基础上创建的。 1995年9月 实验室通过国家验收并向国内外 开放 。
我校津南校区实验动物中心建筑面积5500平方米，自2014年9月主体结构封顶以来，经过屏障设施建设、实验室硬件建设及专业技术人员队伍建设，截至2019年初获批天津市实验动物生产许可证、实验动物使用许可证。现已基本能够满足承接全校各学院的实验动物饲养需求。
核心数学与组合数学教育部重点实验室（英文名称：The Key Laboratory of Pure Mathematics and Combinatorics，Ministry of Education）是2000年8月被教育部批准的重点开放实验室，它所依托的南开大学数学学科现有基础数学、概率统计、应用数学三个国家重点学科。其主要研究方向为基础数学、组合数学、概率与统计。近年来在非线性分析、组合数学、整体微分几何、概率与统计等领域有了很大的发展。
2017年首届世界智能大会期间，中国工程院和天津市人民政府举行了签约和揭牌仪式，中国新一代人工智能发展战略研究院（以下简称“人工智能战略院”）正式成立。时任中国工程院院长周济，时任中国工程院党组书记李晓红，市委书记李鸿忠，时任市委副书记、市长王东峰出席签约仪式并为人工智能战略院揭牌。
21世纪马克思主义研究院，于2019年9月正式成立，是由南开大学与中国社会科学院大学联合成立并共同建设的马克思主义理论研究高端平台，坚持马克思列宁主义在高校的指导地位，高举中国特色社会主义伟大旗帜，以习近平新时代中国特色社会主义思想为指导，以南开大学和中国社会科学院大学为依托，充分发挥双方学科门类齐全、科研水平领先。
主办：南开大学津南校区马克思主义学院 全国高校思想政治理论课马克思主义基本原理概论教材研究基地（马克思主义基本原理概论国家教材建设重点研究基地）； 地址：天津市津南区海河教育园区同砚路38号（津南校区）
南开大学艺术与美学研究院是在南开大学书画艺术与美学研究中心基础上于2019年正式组建成立的。艺术与美学研究院的成立有利于进一步推动高等学校艺术学科发展，促进艺术教学科研工作整体水平提升，繁荣校园文化，结合南开面向新百年的战略部署及一流大学建设方案，艺术与美学研究院进一步整合了学术资源，提高艺术教学、科研和创作水平，推动艺术学科整体发展，并以此为契机，全面加强和改进学校美育，理顺艺术教育发展的体制机制，建立完善南开艺术教育体系，使南开师生涵育人文素养、陶冶道德情操、增强文化自信，弘扬和传承中华文化与中华美学
南开大学中国哲学社会科学管理创新研究中心（下简称中心）于2008年成立，主要承担教育部全国高校人文社会科学重点研究基地建设的评估工作。
为进一步贯彻落实党的十六大精神和科教兴国的方针，推动南开大学物理学科的发展，南开大学泰达学院与物理科学学院合作，于2003年建立南开大学泰达应用物理学院，隶属于南开大学，2013年更名为泰达应用物理研究院。
主办： 南开大学国家经济战略研究院； 地址：天津市南开区卫津路94号（八里台校区）、天津海河教育园区同砚路38号（津南校区）、天津经济开发区宏达（泰达校区）
南开大学金融发展研究院，是一所以海外归国学者为主体、从事金融前沿问题研究以及培养高端金融人才的学术机构。其目标是聚集海内外优秀的金融学和经济学高级科研人才，努力打造一个国际认可、国内领先的金融发展研究中心和人才培养基地，推动中国金融研究和实践的规范化、现代化和国际化。
南开大学APEC研究中心是为落实“APEC领导人教育倡议”，由中国外交部、商务部、教育部和南开大学共建的国家级智库机构，于1995年正式成立。1999年，南开大学APEC研究中心被列为教育部首批人文社会科学重点研究基地之一。
经济与社会发展研究院成立于1998年，是南开大学顺应经济和社会发展对高等教育的需求，积极谋求高等教育体制改革的重要成果。经过二十年的快速发展，已建成国内领先的应用经济研究平台，颇具影响力的人才培养基地，是南开大学科研、教学、管理体制机制创新的试验区及高水平国际学术交流窗口。
南开大学日本研究院是现今全国高等院校中唯一的院级综合日本研究和高层次人才培养实体机构，被称为中国日本研究的重镇。日本研究院是在1964年吴廷璆先生创建的历史系日本史研究室、1988年成立的日本研究中心的基础上发展起来的。研究院现有专职研究人员14人。其中教授6人、副教授6人、讲师2人，全员具有博士学位。另有图书资料和管理人员5人。研究院采取以专职研究人员为主、以校内外兼职研究人员为辅，两者有机结合的科研及教学体制。行政上为直属学校的中层科研机构。现任院长刘岳兵教授。
