南京中医药大学中医药文献研究所是以开展中医药文献整理研究、培养中医药文献高级专门人才为主要目标的科研单位。研究所是在学校成立之初的《中医学概论》编写组和1958年成立的《中药大辞典》编写组基础上发展而来，曾改名为文献研究室，因学科发展需要，1986年学校正式成立处级机构中医药文献研究所至今。目前研究所下设本草文献研究室、方剂文献研究室、临床文献研究室、中医流派与文献信息研究室四个正式机构，另有中医国学研究所、中医流派与民间医药研究中心两个研究平台。现有教职工21人。
南京中医药大学图书馆创建于1954年,历经江苏省中医进修学校图书室、江苏新医学院图书馆分馆、南京中医学院图书馆、南京中医药大学敬文图书馆等不同发展阶段,是全国中医院校中首批唯一被中华人民共和国国务院及文化部命名的“全国古籍重点保护单位”,也是江苏省政府命名的“江苏省古籍重点保护单位”、国家中医药管理局中国中医药文献检索中心南京分中心、国家科技基础条件平台、医药卫生科学数据共享科研工程重点建设单位、江苏省高等教育文献保障系统及中国高等教育文献保障系统的成员单位。
南京中医药大学招投标管理服务中心 地址：江苏省南京市秦淮区汉中路282号（汉中门校区）、江苏省南京市栖霞区仙林大道138号（仙林校区）
南京中医药大学资产经营公司 地址：江苏省南京市秦淮区汉中路282号（汉中门校区）、江苏省南京市栖霞区仙林大道138号（仙林校区）
南京中医药大学汉中门校区管理办公室 地址：江苏省南京市秦淮区汉中路282号（汉中门校区）、江苏省南京市栖霞区仙林大道138号（仙林校区）
南京中医药大学网络管理与信息化办公室 地址：江苏省南京市秦淮区汉中路282号（汉中门校区）、江苏省南京市栖霞区仙林大道138号（仙林校区）
南京中医药大学档案馆是全国最早成立的中医院校档案馆之一。其前身为学校综合档案室，2006年3月升格为副处级机构，并更名档案馆，挂靠校长办公室。现为江苏省一级档案馆，曾先后被评为省级机关档案工作先进集体、省高校档案工作先进集体，连续五年被评为省级机关（单位）档案工作年检优秀单位，2015年经江苏省档案局测评，档案工作达到《江苏省机关团体企业事业单位档案工作规范》四星级标准。
南京中医药大学双一流建设处、质量评估处 地址：江苏省南京市秦淮区汉中路282号（汉中门校区）、江苏省南京市栖霞区仙林大道138号（仙林校区）
南京中医药大学人力资源处 地址：江苏省南京市秦淮区汉中路282号（汉中门校区）、江苏省南京市栖霞区仙林大道138号（仙林校区）
南京中医药大学教师教学发展中心（以下简称“中心”）成立于2011年，现设主任1名，副主任1名，专兼职工作人员15余名。
南京中医药大学招生工作办公室 地址：江苏省南京市秦淮区汉中路282号（汉中门校区）、江苏省南京市栖霞区仙林大道138号（仙林校区）
《南京中医药大学学报》编辑部 地址：江苏省南京市秦淮区汉中路282号（汉中门校区）、江苏省南京市栖霞区仙林大道138号（仙林校区）
南京中医药大学科技园初创于2005年，位于南京市鼓楼区汉中路282号——南京中医药大学的汉中门老校区内。园区秉承南京中医药大学“团结奋进、继承创新”的优良校风，以传承和创新中医药传统文化为引领；以健康科技产业和中医药文化产业为核心；以总部经济为发展模式，建立融健康科技研发、健康项目体验、健康文化传播、健康产业积聚四大板块为主的健康科技特色产业园。
南京中医药大学技术转移中心 地址：江苏省南京市秦淮区汉中路282号（汉中门校区）、江苏省南京市栖霞区仙林大道138号（仙林校区）
南京中医药大学财务处是在校党委、行政领导下，负责本校贯彻落实国家财经政策、法规和会计制度，制定、执行学校财务管理规章制度，维护学校经济稳步运行的学校职能管理处室。
