国家民用爆破器材质量检验检测中心暨南京理工大学化学材料测试中心、国家安全生产南京民用爆破器材检测检验中心、南京理工化工材料检测服务有限公司，设在南京理工大学内， 是国内民用爆破器材和化学品检测的权威检测机构。
瞬态物理国家重点实验室依托南京理工大学，座落在紫金山麓脚下，占地面积20亩，总建筑面积4036平方米，科研基础条件较好，设施较齐全，是基于“兵器发射理论与技术”国家重点学科上的从事理论与实验研究的应用基础研究平台，是国内该领域唯一的国防科技重点实验室。通过十多年的建设和发展，逐渐形成了包括超高速发射动力学、飞行动力学、化学动力学以及流体力学、爆炸力学、现代损伤力学、制导与控制、等离子物理、工程热物理、高仿真技术、瞬态测试技术等基础理论、应用基础研究和信息技术交叉的新型学科和研究体系。
实验室依托南京理工大学、江苏省公安厅、江苏清大维森科技有限责任公司建设。2012年获批建设，2017年通过验收。实验室主任为杨健教授，学术委员会主任为李鸿志院士。实验室位于南京理工大学计算机学院四楼，面积约3100 m2。
“先进金属与金属间化合物材料技术工信部重点实验室”起源于2000年成立的“新型金属与先进复合材料技术”研究方向和团队，并于同年开始招收博士研究生；2001年，在此基础上与中科院金属所共同成立了金属纳米材料与技术联合实验室，国家最高科技奖获得者、两院院士师昌绪先生出任管指委主任，聘任陈光教授为实验室主任；2006年10月，“材料评价与设计教育部工程研究中心”获得教育部批准立项建设，傅恒志院士出任技术委员会主任；2010年12月，工程研究中心通过教育部验收正式运行，是南京理工大学首个立项建设并通过验收的教育部
光电成像与信息处理实验室，依托于“光学工程”国家一级重点学科、“高维信息智能感知与系统”教育部重点实验室、教育部“长江学者和创新团队发展计划”创新团队、“近程高速目标探测”国防重点学科实验室和“光谱成像与智能感知”江苏省重点实验室等研究平台。
社会安全信息感知与系统工业和信息化部重点实验室于2017年09月由工业和信息化部批准立项建设。 社会安全信息感知与系统工业和信息化部重点实验室依托南京理工大学，建筑面积为5650平方米，科研基础条件较好，设施较齐全。
赫伯特GeITER纳米科学研究所（HGI）成立于2012年10月，是南京理工大学的第一个“特殊学科区”。
南京理工大学紫金战略研究院 地址： 江苏省南京市孝陵卫街200号
南京理工大学是全国首批“全国创新创业典型经验高校”、“全国创新创业教育改革示范高校”、首批教育部“中美青年创客交流中心”与“全国高校实践育人创新创业基地”落户高校，也是全国18所获批国家“大众创业 万众创新”示范基地的高校之一，具有良好的创新创业教育软硬件基础，营造出浓郁的双创文化氛围，取得了阶段性可喜的双创育人成果。
南京理工大学体育部前身为中国人民解放军炮兵工程学院时期的训练部军事教研室体育组，1972年成立体育教研室，1989年升为处级单位，1990年2月更名为体育部，直属主管校长领导，1992年与人武部合并为军体部，1999年又恢复为体育部。
南京理工大学经济管理学院前身是1980年2月9日由原第五机械工业部在华东工程学院（南京理工大学前身）组建的企业领导干部进修系，翌年更名为管理工程系，1991年7月组建成立了经济管理学院。
南京理工大学紫金学院成立于1999年，2004年经国家教育部批准改制为本科层次的独立学院，由南京理工大学联合社会力量举办。
南京理工大学继续教育学院作为南京理工大学的二级学院创办于1980年，是全国首批成人高等教育重点院校之一，全面行使学校成人教育管理职能；南京理工大学自学考试办公室是学校唯一的自学考试主管部门，与继续教育学院合署办公；30多年来，学院积极开拓、锐意进取，以优越的师资、规范的管理、严谨的 教学为社会培养了大批应用型、技能型人才，已形成了具规模、显特色、严管理、高质量的良性循环体系，取得了显著的成绩，受到主管部门的充分肯定和社会各界 的普遍赞誉。
南京理工大学化工学院成立于1988年7月，2021年4月更名为化学与化工学院。学院依托鲜明的学科特色，将学术立院与文化育人有机融合起来，弘扬以国家最高科技奖获得者、“工信楷模”、江苏“时代楷模”王泽山院士为代表的“一辈子只做一件事”的精神，将一代代建设者身上充分体现出的浓厚的家国情怀、强烈的社会责任感以及重道义、勇担当的优秀品格，凝塑成学院特有的“国之所需、吾志所向”的优秀红色文化。
南京理工大学计算机科学与工程学院始建于1953年创办的哈尔滨军事工程学院模拟计算机研究组，先后经历了炮兵工程学院计算机教研室(1960年)、华东工程学院计算机科学与工程系（1979年）等发展阶段，是我国高等学校中较早建立的计算机系之一。2005年12月更名为计算机科学与技术学院，2012年5月改为现名。2018年6月学校批准成立人工智能学院，与计算机科学与工程学院合署运行。学院下设智能科学与技术系、计算机科学与技术系、软件工程系、数据科学与工程系、网络与通信技术系、教育部重点实验室、智能机器人研究所等二级
