南京财经大学应用数学学院成立于2002年，其前身是1981年成立的原南京粮食经济学院基础部数学教研室，2002年原南京经济学院（南京财经大学〈筹〉）设立应用数学系，2008年更为现名。
为了培养国内紧缺的经济新闻与传媒经营管理人才，依托学校经济管理学科优势，2006年3月，南京财经大学成立新闻学系。2008年12月，学校党委研究决定，新闻学系更名为新闻学院。南京财经大学新闻学院与中央财经大学、上海财经大学等兄弟院校在专业设置上保持同步发展，目前是国内财经院校中唯一的一级新闻学院。
京财经大学体育部正式成立于2000年。在校党委、行政领导下，体育部全体教职工通力协作，努力拼搏，坚持贯彻党的教育方针、认真实施《学校体育工作条例》、《全国普通高等学校体育课程教学指导纲要》、《学生体质健康标准》等文件要求，积极进取，锐意改革，规范管理，提高质量，推进学校体育工作持续而稳步的发展，取得了显著成绩。
南京财经大学MBA教育中心是学校建制的MBA教育机构，秉承“自谦、自信、务实、超越”的校训精神，努力整合全校优质师资和学科资源，依托完备的经管类学科专业教育体系和深厚的商科教育背景，坚持“专业导向、能力导向、素质导向、职业导向、市场导向”，致力于培养精管理、善经营、通财务的职场中坚，和具有领袖气质、商业素养、创业激情的商界精英，全力打造MBA教育高端品牌。
南京财经大学艺术教育中心负责学校公共艺术选修课的开设，统筹校内各类大型文艺演出和比赛，代表学校参加对外的文艺演出、交流和艺术竞赛，管理和指导学校大学生艺术团和校级大学生艺术类社团，指导全校各学院艺术活动，参与校园文化建设。
南京财经大学梅西学院是经教育部批准，由南京财经大学与新西兰梅西大学联合举办的非独立法人中外合作办学机构，纳入国家普通高等学校招生计划，学生参加全国普通高等学校统一入学考试，并按照国家普通高校招生录取政策规定执行。梅西学院是南京财经大学获教育部批准的首个中外合作办学机构，也是梅西大学在中国获教育部批准的首个中外合作办学机构。
南京财经大学江苏产业发展研究院 地址：江苏省南京市仙林大学城文苑路3号（仙林校区）、江苏省南京市鼓楼区铁路北街128号（福建路校区）、江苏省镇江市桥头（桥头校区）
江苏现代服务业研究院由江苏省发展和改革委员会与南京财经大学于2010年12月联合成立，以适应江苏省创新型经济发展战略要求，充分发挥现代服务业对发展方式转变、经济结构调整的促进作用，通过强化服务业领域的政、产、学、研联合，提高全省现代服务业科学研究和实际应用能力，全面提高江苏省服务业整体发展水平和国际竞争力，着力推进经济转型升级。
营销与物流管理学院是一个历史悠久的学院，学院创始于1993年，2003年正式命名为营销与物流管理学院。学院现有市场营销系、物流管理系和广告学系，以及市场营销专业、物流管理专业和广告学专业3个专业，其中，物流管理专业为江苏省一流专业、国家一流专业建设点，市场营销专业为省级品牌专业，广告学专业为校级品牌专业；江苏省现代物流重点实验室（南京财经大学）为省级重点实验室，广告实验室为校级实验室。
中心成立于2009年7月，于2010年7月被遴选为江苏省高校哲学社会科学重点研究基地，是江苏省教育厅和南京财经大学共同设立、共同建设的省级重点研究基地。
南京财经大学资产经营有限公司是依据《中华人民共和国公司法》组建的具有独立法人资格的经济实体。是南京财经大学设立的全资公司。公司负责对学校的经营性资产进行监督和管理，依法行使股东的所有权利，并承担经营性资产保值增值责任。公司下设综合办公室、财务部、经营部、超市部。
南京财经大学档案馆位于仙林校区图书馆西侧，成立于2019年1月，为学校正处级直属单位建制。既是学校档案工作职能管理部门，又是永久保存和提供利用学校档案的机构。前身为南京财经大学档案室。现有专职档案管理人员6人，其中，馆长1人、副馆长1人，档案业务人员4人。
《产业经济研究》（Industrial Economics Research）（以下简称本刊）创刊于2002年，由南京财经大学主办，是我国第一本专门研究产业组织、产业结构、产业政策与产业规制问题的专业学术刊物。《南京财经大学学报》（原《南京经济学院学报》）（双月刊），原名《粮食经济研究》，是1983年创办的专业性学术刊物；经国家新闻出版署批准，1987年第5期起公开发行；1995年经国家新闻出版署批准更名为《南京经济学院学报》。
“南京财经大学粮食和物资学院”是国内普通高校中唯一一个面向我国粮食和物资行业开展人才培养、科学研究和社会服务的粮食和物资学院。2020年8月30日，国家发展和改革委员会党组成员、国家粮食和物资储备局党组书记、局长张务锋，江苏省委常委、常务副省长樊金龙共同为学院揭牌。学院的前身是1988年国内贸易部批准设立的“南京粮食经济学院粮食经济研究所”（ 2008年更名为“南京财经大学粮食经济研究院”）。
粮食经济研究院成立于1988年，下设粮食流通、粮食安全、世界粮食三个研究室，以粮食经济理论、政策与实践研究为主要任务，坚持理论研究与应用研究相结合，本着外引人才、内聚资源、纵向提升、横向拓展、保持优势、发扬特色、创新机制、服务社会的发展思路，服务于国家粮食安全战略、服务于现代粮食流通产业发展、服务于江苏“两个率先”和创新型省份建设，是粮食经济领域的科学研究高地、人才培养高地和政策咨询智库。
