党政办公室是学校党委和行政的综合办事机构，主要围绕中心工作发挥参谋助手、综合协调、督查督办和服务保障等作用，设秘书科、综合一科、综合二科3个科级机构。

组织部是校党委领导下负责全校党的组织建设、干部队伍建设和人才管理工作的职能部门。

主办：四川农业大学党委宣传部 ；地址： 雅安市雨城区新康路46号（雅安校区）第一行政楼一楼、成都市温江区惠民路211号（成都校区）、成都市都江堰市建设路288号（都江堰校区）

主办：四川农业大学党委统战部 ；地址： 雅安市雨城区新康路46号（雅安校区）、成都市温江区惠民路211号（成都校区）、成都市都江堰市建设路288号（都江堰校区）

主办：四川农业大学纪委办公室、 纪检监察室；地址：四川省雅安市雨城区新康路46号 四川省成都市温江区惠民路211号

党委教师工作部在学校党委领导下，负责牵头贯彻中央和国家有关决策，落实学校有关工作部署，谋划和实施全校教师思想政治、师德师风和素质能力提升工作，不断提升学校管理服务教师工作水平。

主办：四川农业大学教务处 ；地址： 雅安市雨城区新康路46号（雅安校区）综合行政楼406室、成都市温江区惠民路211号（成都校区）第一教学楼215室、成都市都江堰市建设路288号（都江堰校区）综合大楼

学生工作部（学生处）设学生资助中心（副处级）、学生一科、学生二科、学生三科、心理健康教育办公室等5个副处级（正科级）办公室。

四川农业大学招生就业处是学校行政二级机构，下设招生办公室、就业与创业一科、就业与创业二科，负责全校普通本科生招生、就业、创新创业工作。

校研会、研团委由主席团成员和（学生兼职）团委副书记集体负责。校研究生会下设四个职能部门，研究生院团委下设三个职能部门，每部门主要负责人一名。

发展规划与学科建设处是负责学校事业规划、学科建设、学科平台建设工作的管理部门，为学校学术委员会办公室挂靠单位。

科技管理处是学校主管科技工作的业务管理部门，下设项目管理科、社科科、成果管理科、学报编辑室。转基因安全管理领导小组、“学科建设”双支计划执行办公室和学报编辑委员会办公室均设在科技管理处。

主办：四川农业大学乡村振兴学院（新农村发展研究院） ；地址：四川省成都市温江区惠民路211号

主办：四川农业大学人事处 ；地址： 雅安市雨城区新康路46号（雅安校区）、成都市温江区惠民路211号（成都校区）、成都市都江堰市建设路288号（都江堰校区）

学校按照机构健全、职责清晰的原则，为减少部门职能交叉，更好地履行学校内部监督职能，2015年学校机构改革，将原监察审计处分成了监察处和审计处两个独立单位。审计处下设财务审计科和工程审计科两个科室。