外国留学生工作处是学校外国留学生的归口管理机构，主要承担全校外国留学生教育的管理、协调的职能和对全校外国留学生提供留学生活的指导服务的职能。

主办：复旦大学退休教职工工作处 ；地址： 上海市杨浦区邯郸路220号(邯郸校区)1号楼127室、上海市徐汇区东安路130号(枫林校区)东三号楼113室

主办：复旦大学财务与国有资产管理处 ；地址： 上海市杨浦区邯郸路220号(邯郸校区)第一教学楼

1986年审计室成立。1991年审计处成立。2000年复旦大学和上海医科大学合并后成立新的审计处。审计处作为学校治理结构中重要的组成部分，在坚持党对审计工作的集中统一领导下，紧紧围绕内部审计工作目标和职能定位，积极贯彻“防未病、治既病、强体系”的工作思路，践行“勾稽审比善谏助行”的处训内涵，坚持寓监督于服务之中，低调而务实地发挥“免疫系统”功能，力争为学校提供多角度、多层次的增值服务，为学校“双一流”建设保驾护航。

资产与实验室安全管理处是学校材料、仪器设备、房产、实验室安全管理的行政管理部门

为进一步规范学校采购行为,加强学校采购管理,切实提高采购管理效率和资金使用效益,维护学校利益,促进廉政建设,2017年7月学校成立复旦大学采购与招标管理中心,根据国家有关法律法规,对学校限额以上工程、货物及服务类项目以及政府集中采购工作实行统一集中管理,采购与招标管理中心（以下简称“采招中心”）为学校统一采购的业务主管部门,负责学校统一采购工作的组织和管理

基本建设处是在校长领导下负责管理学校基本建设的行政职能部门,负责组织修编校园建设总体规划,代表学校负责建设项目的手续办理、设计管理、招标管理、施工管理和质量保修等工作,确保建设项目的顺利实施。

主办：复旦大学非学历教育管理办公室（全国干部教育培训复旦大学基地办公室） ；地址： 上海市杨浦区邯郸路220号(邯郸校区) 复旦大学文科楼102室

主办：复旦大学张江校区 ；地址： 上海市浦东新区张江高科技园区张衡路825号(张江校区)、 华佗路653号、 蔡伦路1159号、张衡路826号

主办：复旦大学枫林校区管理委员会 ；地址： 上海市徐汇区东安路130号(枫林校区) 、东安路131号治道楼207室

主办：复旦大学妇女委员会 ；地址： 上海市杨浦区国年路275弄7号

主办：复旦大学工会 ；地址： 上海市杨浦区国年路275弄7号

主办：复旦大学江湾校区 ；地址： 上海市杨浦区淞沪路2005号(江湾校区)

主办：共青团复旦大学委员会 ；地址： 上海市杨浦区邯郸路220号(邯郸校区)复旦大学叶耀珍楼

主办：复旦大学信息化办公室 ；地址： 上海市杨浦区邯郸路220号(邯郸校区)光华楼东主楼一楼信息办服务台、上海市徐汇区东安路130号(枫林校区)康泉图书馆八楼、上海市浦东新区张江高科技园区张衡路825号(张江校区)一号机房、上海市杨浦区淞沪路2005号(江湾新校区)廖凯原法学楼一楼信息办