深圳大学外国语学院成立于2006年，其前身为1983年由北京大学援建的外语系，已故外国文学大师李赋宁先生出任首届系主任。学院目前设有英语、日语、法语、德语、西班牙语五个本科专业，创办高级口译和国际新闻与外事两个微专业，以及英语戏剧、日英、英德、英西等特色班。

数学与统计学院现设5个教学单位（数学系、应用数学系、信息与计算科学系、 统计学系和大学数学教学部）、一个省级科研平台（广东高校高清视频智能分析与处理工程技术中心）、一个市级重点实验室（深圳市现代机器学习与应用重点实验室）、一个校级科研平台（深圳大学刘纪明数学中心）、一个校企共建实验室（国泰安保险精算实验室）。

深圳大学物理与光电工程学院是2019年1月根据学校学科调整，由原光电工程学院、原物理与能源学院及原电子科学与技术学院（光电相关部分）合并组建。其办学历史可以追溯到1985年建立的应用物理系。

深圳大学生命与海洋科学学院源起1989年张小云教授创建的生命科学研究室，2002年组建由中国科学院倪嘉缵院士任首任院长的生命科学学院，2015年改为现名。

深圳大学机电与控制工程学院可以追溯到1984年成立的、由清华大学对口援建的深圳大学精密仪器系。学院现有专任教师80人，其中教授17人（特聘教授3人）、副教授21人，74人具有博士学位，45人具有海外学习或工作经历。

深圳大学材料学院前身为1998年设立的材料科学与工程系，于2006年独立成院。学院的材料科学与工程学科为广东省优势重点学科，现有材料科学与工程和高分子材料与工程两个本科专业，其中材料科学与工程专业是广东省一流本科专业建设点；拥有材料科学与工程学术型硕士、材料与化工专业型硕士学位授权点；设有土木功能材料二级学科博士点，并与港澳高校联合培养博士。

深圳大学信息工程学院成立于1997年，前身为电子系，首任系主任童诗白教授是我国著名电子学家、中国电子技术学科和课程建设的主要奠基人。

深圳大学计算机学科由清华大学于1983年建校时援建，清华大学童诗白教授担任系主任，苗永蔚、朱鸣学、黄顺珍、黄云森等一大批来自清华大学的优秀教师为本学科的发展奠定了坚实基础。深圳大学计算机与软件学院成立于2008年底，其前身是1983年深圳大学建校时创建的电子工程系计算机教研室和2006年成立的深圳大学软件学院。学院由中国科学院院士、全国首届高等学校教学名师陈国良教授担任首任院长。

深圳大学建筑与城市规划学院源于1983年成立的建筑系，并与深圳特区、深圳大学同步成长与建设。经过近40年的发展，学院已成为国内具有较强影响力的建筑院校。

深圳大学高等研究院是深圳大学于2014年成立的一个包含本科与研究生培养、侧重跨学科教学与学术研究的校内综合办学单位。作为深圳大学内部探索全面改革创新的学术特区，高等研究院与香港和海外著名高校合作，借鉴国内外研究型大学通行的管理模式，引进具有一流视野的资深教授和发展潜力的青年教师，营造与国际接轨的学术氛围和培养环境，开展卓越的教学、研究和管理工作。

深圳商学院（SABS）是一所由国内知名学府深圳大学与法国南特高等商学院合作建立的以深圳为标识、按照国际精英商学院模式办学的国际化研究型商学院。

深圳大学体育部于2006年建立体育人文社会学硕士点，2011年体育学硕士一级学科顺利通过国家教育部的审批，标志着研究生培养工作又迈上新的台阶。

深圳大学微纳光电子学研究院成立于2019年5月，是在“二维材料光电科技协同创新中心”，“微结构光电材料与器件实验室”，“纳米光子学研究中心”等基础上建立的深圳大学直属科研机构。

深圳大学档案馆是本校档案利用中心、电子文件中心、档案安全保管基地和校情教育基地，对全校档案信息资源进行优化整合，实现档案信息资源集中管理、实时共享和开发利用。本馆正式成立于2016年5月，挂靠党政办公室，原为综合档案室。