南开大学滨海开发研究院成立于2008年，是从事国家和区域经济社会发展的重大战略、政策和理论问题研究的实体性学术研究机构，是南开大学服务滨海新区开发和区域发展的学术智库。
南开大学金融发展研究院，是一所以海外归国学者为主体、从事金融前沿问题研究以及培养高端金融人才的学术机构。其目标是聚集海内外优秀的金融学和经济学高级科研人才，努力打造一个国际认可、国内领先的金融发展研究中心和人才培养基地，推动中国金融研究和实践的规范化、现代化和国际化。
南开大学APEC研究中心是为落实“APEC领导人教育倡议”，由中国外交部、商务部、教育部和南开大学共建的国家级智库机构，于1995年正式成立。1999年，南开大学APEC研究中心被列为教育部首批人文社会科学重点研究基地之一。
经济与社会发展研究院成立于1998年，是南开大学顺应经济和社会发展对高等教育的需求，积极谋求高等教育体制改革的重要成果。经过二十年的快速发展，已建成国内领先的应用经济研究平台，颇具影响力的人才培养基地，是南开大学科研、教学、管理体制机制创新的试验区及高水平国际学术交流窗口。
南开大学日本研究院是现今全国高等院校中唯一的院级综合日本研究和高层次人才培养实体机构，被称为中国日本研究的重镇。日本研究院是在1964年吴廷璆先生创建的历史系日本史研究室、1988年成立的日本研究中心的基础上发展起来的。研究院现有专职研究人员14人。其中教授6人、副教授6人、讲师2人，全员具有博士学位。另有图书资料和管理人员5人。研究院采取以专职研究人员为主、以校内外兼职研究人员为辅，两者有机结合的科研及教学体制。行政上为直属学校的中层科研机构。现任院长刘岳兵教授。
1926年，著名经济学家、统计学家何廉由耶鲁大学博士毕业后，回国任南开大学商科财政和统计学教授，开设多门统计课程，并建立我国第一个物价指数-南开指数。1931年，南开大学成立我国第一个统计学系；1932年，创建我国第一本统计期刊-经济统计季刊；1958年，南开大学统计学系整建制移出，参与组建河北财经学院（现天津财经大学）。
主办： 南开大学组合数学中心； 地址：天津市南开区卫津路94号（八里台校区）、天津海河教育园区同砚路38号（津南校区）、天津经济开发区宏达（泰达校区）
陈省身数学研究所（原南开数学研究所）成立于 1985 年，由数学大师陈省身教授创建，并亲自担任第一任所长直至1992年，诺贝尔奖获得者杨振宁教授于1986年在所内建立了理论物理研究室。
南开大学人权研究中心成立于2005年4月8日。几年来，在中国人权研究会的指导和帮助下，中心研究人员共同努力，在学术研究、知识普及、咨询服务、人权交流、人权教育和对外宣传等方面做了大量工作，取得了一定的成绩。尤其是出版了系列《中国人权在行动》丛书、出版了有关中国人权事业发展的第一本蓝皮书、参与了多项国家人权政策的咨询和服务，以严谨的学风、高质量的研究和咨询成果，赢得了来自政府和学界的好评。 2011年，中心被天津市教育委员会批准为天津市普通高等学校人文社会科学重点研究基地
南开大学中国公司治理研究院是1997年11月在南开大学国际商学院现代管理研究所的公司治理研究室的基础上与国家审计署共建成立的，2004年正式成为教育部人文社科百所重点研究基地，同年通过教育部国家级人文社科创新基地的专家评审，成为“中国企业管理与制度创新研究基地”。
南开大学跨国公司研究中心成立于1992年8月，2000年9月被教育部批准为普通高等学校人文社会科学国家重点研究基地，是我国最有影响的跨国公司研究基地之一。目前中心有专职教授13人，副教授7，讲师4人，全部具有博士学位，此外还聘请了40余名兼职或客座教授。
南开大学政治经济学研究中心成立于2000年12月，是教育部与南开大学共建、面向全国的人文社会科学重点研究基地。该基地是以政治经济学、国际金融两个国家重点学科为依托，以西方经济学、区域经济学、产业经济学、经济史、人口资源与环境经济学、经济思想史及管理学等多个博士点为支撑组建的研究实体。
南开大学世界近现代史研究中心成立于1999年，2004年获批教育部普通高校人文社会科学重点研究基地。本中心成立前已有雄厚发展基础。1964年，根据中央关于加强外国问题研究的指示精神和高教部要求，南开大学建立了分别由著名学者杨生茂、吴廷璆和梁卓生领衔的美国史研究室、日本史研究室、拉丁美洲史研究室。
南开大学中国社会史研究中心，发端于1986年成立的南开大学历史系中国社会史研究室。根据教育部深化科研体制改革的精神和建设一流的人文社会科学重点科研基地的要求，南开大学以中国古代史和中国近现代史两个国家级重点学科为依托，以“211工程”建设项目“中国社会历史”为基础，于1999年12月重新组建，并于2000年9月通过教育部审批，成为“普通高等学校人文社会科学重点研究基地建设计划”的入选机构。
“中国特色社会主义经济建设协同创新中心”（培育启动初期名称为“中国特色社会主义经济协同创新中心”，以下简称“中心”）自2012年4月酝酿筹备，9月15日召开培育启动仪式，挂牌成立。2013年2月，中心第一次参加答辩，初评成绩位列第一。
