教务处是学校普通高等教育本科教学管理工作的主要职能部门，在院长和分管教学副院长领导下，对学校的教学工作进行全面管理。下设综合科、教学管理科、招生与学籍管理科、实验实践教学管理科、教材科、考务科、教师发展中心7个科室。

潍坊医学院科研处 地址： 山东省潍坊市潍城区宝通西街7166号（浮烟山校区）、山东省潍坊市奎文区胜利东街4948号（虞河校区）

研究生教育是潍坊医学院最高层次的学历教育。1986年，学校被国务院学位委员会批准为硕士学位授予单位，2000年被批准为同等学力人员申请硕士学位和临床医学硕士专业学位授予单位，2012年，“公共卫生危机管理人才培养项目”经国务院学位委员会批准为博士研究生培养项目，2013年开始招收博士学位研究生。

潍坊医学院财务处 地址： 山东省潍坊市潍城区宝通西街7166号（浮烟山校区）、山东省潍坊市奎文区胜利东街4948号（虞河校区）

潍坊医学院审计处 地址： 山东省潍坊市潍城区宝通西街7166号（浮烟山校区）、山东省潍坊市奎文区胜利东街4948号（虞河校区）

潍坊医学院资产管理处 地址： 山东省潍坊市潍城区宝通西街7166号（浮烟山校区）、山东省潍坊市奎文区胜利东街4948号（虞河校区）

实践教学管理处是潍坊医学院实践教学管理职能部门，负责全校实践教学工作的统筹与协调。目前担负着学校16个学院34个医学与医学相关本科专业的实践教学管理工作。

教学质量监控与评估处成立于2010年7月，现有教职工7人。

潍坊医学院保卫处在学校党政领导和公安机关的指导下，全面负责维护学校内部安全保卫工作。下设综合科、安全科、治安科，全处现有干部职工12人、保安队员90人、消防维保人员2人。

后勤管理处现有在编职工35人，合同工19人；处级干部4人，科级干部16人。设置综合科、膳食服务中心、总务科、维修中心、基建科、工程材料科、能源管理办公室、校医院共8个科室。服务范围包括：膳食服务、公共设施维护维修、动力运行、校园绿化与卫生保洁、医疗保健、基本建设等方面，为学校教学、科研、管理及广大师生医务员工的工作、学习、生活提供服务保障。

主办：潍坊医学院党委办公室（学院办公室） 地址： 山东省潍坊市潍城区宝通西街7166号（浮烟山校区）、山东省潍坊市奎文区胜利东街4948号（虞河校区）

潍坊医学院党委办公室（学院办公室） 地址： 山东省潍坊市潍城区宝通西街7166号（浮烟山校区）、山东省潍坊市奎文区胜利东街4948号（虞河校区）

党委组织部是学校党委领导下主管组织、干部工作的职能部门，下设组织科、干部科，挂党校、人才工作办公室牌子。

潍坊医学院党委宣传部（教师工作部） 地址： 山东省潍坊市潍城区宝通西街7166号（浮烟山校区）、山东省潍坊市奎文区胜利东街4948号（虞河校区）

党委统战部是学校党委主管统一战线工作的职能部门。高举爱国主义、社会主义旗帜，坚持大团结大联合的主题，在校党委和省委统战部的直接领导下开展工作。工作范围主要包括：各民主党派成员，无党派人士，党外知识分子，少数民族人士，出国和归国留学人员，有宗教信仰的人士，港澳同胞及在学校就读的港澳学生，台湾同胞及其在大陆的亲属（包括在大陆定居的台胞和就读的台湾学生），海外华侨、归侨及侨眷，以及其他需要联系和团结的人员等。