临床医学院是学校历史最为悠久、本科生人数最多的学院。自1958年建校以来，临床医学专业在较长一段历史时期内为学校唯一开设的专业；1987年，根据学校发展需要成立医学系；2007年，更名为医学一系；2013年，更名为临床医学院。

在百舸争流的长江南岸，在皖之中坚的安徽芜湖，在精医、尚德、求实、自强的皖南医学院，麻醉学院蓬勃发展、历久弥新，在中国麻醉医学的发展进程中闪烁着璀璨的光芒。

医学影像学院前身医学影像与检验学院，2017年6月，学校进行办学机构调整，更名为医学影像学院。

皖南医学院法医学系于1986年成立，1987年开始招收五年制法医学本科生，同年开办全国法医进修班，招收法医进修生。1999年获批硕士学位授予权，招收硕士研究生。2013年7月成立法医学院。

皖南医学院口腔医学院成立于2013年，其前身为皖南医学院口腔系。学院秉承“精医、尚德、求实、自强”的校训精神，以人才培养服务社会为己任，经历多年的发展与沉淀，口腔医学的学科体系日臻完善，专业师资力量不断加强，人才培养和科研成果成绩斐然，具有一定的影响力。

护理学院创建至今，已有90多年的办学历史。1926年9月，美国教会在我校附属弋矶山医院前身——芜湖医院创办“芜湖医院护士学校”，开创了安徽西医护理教育的先河。1936年为纪念医院的创办人——第一、第二任院长赫怀仁和包让，改名为“芜湖医院怀让高级护士职业学校”，学校强调对病人“仁慈、爱心、精心护理”，教学管理极为严格和规范，业界时有“北协和、南怀让”之美誉。

我校于1958年建校，即成立药理学教研室。在原国家新药研究与开发常务专家委员会委员、中国药典委员会委员、中国药理学会定量药理学专业委员会创始人孙瑞元教授的带领下，1981年药理学成为国家首批硕士学位授权点，2005年成立药学系，后更名为药学院，拥有药学、制药工程、药物制剂、中药学及临床药学等5个专业。自成立以来，随着不断发展，药学已成为我校的优势学科之一，目前为药学一级学科硕士专业学位和学术学位授权点。

人文与管理学院是皖南医学院融医学和人文为一体的学院，现有理学、管理学、法学和经济学四大学科门类，拥有公共事业管理、法学、应用心理学和保险学四个本科专业，拥有生物学一级学科硕士点和应用心理学、生理学、神经生物学、生物物理学四个二级学科硕士点和应用心理专业学位硕士点，设有管理学、法学、心理学、生理学与神经生物学和医疗保险5个教研室。

我校1958年办学伊始即创立卫生学教研室，八十年代更名为预防医学教研室，2010年成立预防医学系，2013年成立公共卫生学院。学院党群机构设有党支部、工会、团委、关工委等；教学科研机构设有4个教研室（预防医学教研室、流行病与卫生统计学教研室、职业卫生与环境卫生学教研室、营养与食品卫生学教研室）、1个实验实训中心（预防医学实验实训中心）和1个研究所（慢性病防制研究所）。

检验学院成立于2017年7月，学院现设有临床检验、临床输血与血液学、临床微生物与免疫学、临床生物化学、卫生检验与检疫学、微生物与理化检验学等6个教研室和检验医学实验实训中心，医学检验技术与卫生检验与检疫两个本科专业，其中医学检验技术专业2012年招生，卫生检验与检疫专业2014年招生，医学检验技术专升本2020年招生，2015年医学检验技术专业获批省级特色专业,两个专业自招生以来，先后获得：医学检验技术专业为省级特色专业（2015年），医学检验技术专业为“六卓越一拔尖”项目-卓越检验师培养专业（2018年

医学信息学院成立于2017年5月，由公共基础学院原计算机教研室、人文与管理学院原文献检索教研室合并而成。学院现有3个教研室（计算机教研室、医学信息工程教研室、医学信息检索教研室）、1个校级示范实验实训中心（医学信息实验实训中心）、1个市级培训基地（芜湖市卫生健康信息化培训基地）和1个校级科研机构（皖南医学院健康大数据挖掘与应用研究中心）。

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党委组织部（校党校）是学校党委主管组织工作和干部工作的职能部门。

党委宣传部（统战部）是学校党委主管宣传思想文化工作和统一战线工作的职能部门。担负举旗帜、聚民心、育新人、兴文化、展形象的使命任务，围绕统一思想、凝聚力量的中心环节。

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