本科生院是校长和分管教学副校长领导下的负责全校本科教学工作的职能机构.

同济大学早在20世纪50年代初即在部分专业招收培养研究生。1978年学校恢复招收硕士研究生，1981年起招收博士研究生，同年被国务院学位委员会批准为首批有权授予博士、硕士学位的单位。1986年经国务院批准成立研究生院，国家培养博士和硕士的重要基地之一。2018年4月，国务院学位委员会批准我校为首批20个学位授权自主审核单位之一。

同济大学在构建本科教学质量保证体系的同时，于2005年专门成立独立的教学质量管理办公室（简称“质管办”）。目前，专职人员编制11名，分设督导中心、评价中心和监测中心。

科研管理部（简称科管部），是负责全校科学技术研究工作的职能部门。

同济大学文科办公室 地址：上海市杨浦区四平路1239号、上海市嘉定区曹安公路4800号(嘉定校区)、上海市普陀区真南路500号(沪西校区)、上海市静安区共和新路1238号(沪北校区)、上海市杨浦区彰武路100号学生公寓8号楼(彰武路校区)、上海市杨浦区彰武路8号楼(铁岭校区)

同济大学人事处是在学校党委和校长领导下分管全校教职员工的引进、录用、调配、培养、职务晋升、考核、工资、社保、奖惩等事宜的行政职能部门。

人才中心是为了深化学校人事制度改革，疏通人才流动渠道，构筑人才高地，建立充满生机和活力的用人制度，适应新形势的要求而建立的机构。

同济大学外事办公室、港澳台办公室 地址：同济大学综合楼702、703、706室

同济大学留学生办公室 地址：上海市杨浦区四平路1239号、上海市嘉定区曹安公路4800号(嘉定校区)、上海市普陀区真南路500号(沪西校区)、上海市静安区共和新路1238号(沪北校区)、上海市杨浦区彰武路100号学生公寓8号楼(彰武路校区)、上海市杨浦区彰武路8号楼(铁岭校区)

财务处是学校一级财务机构，在校长和分管财务工作校领导的领导下，统一管理学校财务工作，是负责会计核算、会计监督和财务管理的职能部门。

审计处成立于1985年9月，1987年12月撤销审计处，成立监察审计处，1990年4月撤销监察审计处，恢复审计处建制至今。审计处目前共有专职审计人员10人，其中，中级及以上专业技术职称7人。

基建处是学校领导下，负责基本建设项目规划与实施、修缮任务实施的主要管理机构，下设行政管理科、技术管理科、修缮管理科和工程管理科。

同济大学资产与实验室安全管理办公室下设一个科室：嘉定校区办公室。能源管理中心挂靠在资产与实验室管理处，为副处级机构。办公地点：行政南楼三楼

能源管理中心成立于2002年1月18日，行政上挂靠资产处，行政分支机构为同济大学节能委员会办公室。一套班子，两种机构。

信息化办公室的主要职责是作为学校的行政管理部门，协调和管理教育技术与计算中心、网络管理中心、大数据和网络安全研究中心等单位，规划并管理各部门的项目立项工作。