中共云南农业大学委员会组织部是在校党委领导下负责全校党的组织建设和干部队伍建设的职能部门。

云南农业大学党委统战部 地址：云南省昆明市盘龙区金黑公路95号（东区）、云南省昆明市盘龙区沣源路452号（西区）

机关党委是学校在机关设置的二级党委,是联系机关各部门及其挂靠单位的桥梁和纽带,主要负责机关党的思想建设、组织建设、作风建设和精神文明建设等各项工作,为机关各部门开展日常业务提供组织保障。

云南农业大学党委研究生工作部、研究生处是学校学位与研究生教育及管理的职能部门。党委研究生工作部与研究生处合署办公。主要职责是根据国家方针政策、云南省地方经济发展需求,研究制订学校学位与研究生教育工作计划；负责研究生教育改革；组织开展各类型、层次研究生的招生、培养、学科建设、学位授予及学位授权点申报等具体事务工作；负责研究生思想政治教育、研究生事务管理等工作,服务研究生全面发展。下设处办公室、招生科、培养科、学位与学科建设办公室、思想政治教育科5个科室。

云南农业大学学生工作部（学生处）、武装部、学生中心、心理健康教育与咨询中心 地址：云南省昆明市盘龙区金黑公路95号（东区）、云南省昆明市盘龙区沣源路452号（西区）

云南农业大学党委教师工作部（人事处） 地址：云南省昆明市盘龙区金黑公路95号（东区）、云南省昆明市盘龙区沣源路452号（西区）

云南农业大学工会,其前身是中国教育工会昆明农学院基层委员会,成立于1961年5月12日,1979年召开了学校首次会员代表大会。随着学校的建设发展,到2016年全校建立以院、处级为单位的基层工会委员会31个,全校在职会员达1800多人。

共青团云南农业大学委员会是云南农业大学先进青年的群众性组织，是学校共青团的领导机关。做作为党的助手和后备军，共青团组织肩负着加强广大学生的思想政治道德教育、素质拓展、校园科技文化建设、指导青年志愿者服务、指导校学生会和学生社团联合会的职能。目前，共青团云南农业大学委员会下设组织宣传部、科技实践部、文体社团部三个部室，下辖21个学院分团委。

云南农业大学图书馆始建于1958年,现为中国农学会图书馆分会理事馆、云南省高校图工委现代信息技术专业委员馆、云南省图书馆学会常务理事馆,云南省高校先进图书馆、云南省教育农学文献中心,教育部科技查新工作站。

云南农业大学档案馆自学校成立以来,直属学校党校办主管,随着学校办学规模的扩大,2017年6月档案馆成为学校处级建制单位,馆舍位于云南农业大学东苑校区耕读楼四楼。现档案馆内设综合科、综合档案科,有工作人员4名,其中硕士学历1名、本科学历2名。

云南农业大学学报编辑部 地址：云南省昆明市盘龙区金黑公路95号（东区）、云南省昆明市盘龙区沣源路452号（西区）

2012年12月,云南农业大学新农村发展研究院成立；2021年7月,依托云南农业大学成立云南省乡村振兴研究院,秘书处/办公室设在云南农业大学新农村发展研究院。本文对两院分别进行介绍。

云南省滇台特色农业产业化工程研究中心（简称“滇台中心”）成立于2012年9月,是经云南省发展与改革委员会批准的省级工程研究中心。2016年1月,与云南省科学技术院共建“滇台农业技术转移及产业化示范中心”。

云南省高原特色农业产业研究院成立于2014年4月,是依托云南农业大学管理的正厅级事业单位。核定事业编制28名,其中院长1名（正厅级,由云南农业大学校长兼任）、副院长3名（副厅级）,内设5个处室：综合办公室、财务处、项目管理处、产业发展处、专家服务处。

云南农业大学后勤集团有限公司 地址：云南省昆明市盘龙区沣源路452号云南农业大学西区逸夫楼A区101室