肇庆学院教育科学学院前身是原西江大学教育系和肇庆教育学院教育管理系合并而成立的教育学系。1993年西江大学心理系成立，开设幼儿教育、市场心理与营销策划两个专科专业，1999年更名为教育学系；2007年4月学校设立二级学院，教育学系升格为教育学院，2013年更名为教育科学学院。经过30年的发展，学院现有学前教育、小学教育、应用心理学和教育技术学等四个本科专业。
肇庆学院体育与健康学院 地址：肇庆学院体育馆一楼办公室、广东省肇庆市端州区肇庆大道（校本部）、广东省肇庆市端州区星湖大道（星湖校区）
肇庆学院文学院前身是肇庆学院中文系，创办于1970年，自1998年开始与华南师范大学联合招收本科学生，2000年开始独立招收本科学生。文学院设有汉语言文学（师范）、广播电视学、网络与新媒体、书法学（师范）、秘书学共5个本科专业。
外国语学院是肇庆学院规模最大的学院之一，现有全日制在校生1699人。学院设有英语、商务英语、日语三个专业和大学外语教学部，并成立了外国语言学及应用语言学研究所、翻译理论与实践研究所、外语教育教学研究所、外国文学与文化研究所四个研究所。学院现有教职员工103人，其中专任教师85人，教授5人，硕士研究生导师5人，副教授21人，博士22人（含在读博士2人），具有硕士以上学位的教师达90%以上，过半教师有国外留学或访学经历。学院师资队伍是一支老、中、青结合，学历结构、职称结构、学缘结构日趋合理的队伍，是一支拼搏进
数学与统计学院是在原肇庆学院数学系的基础上于2007年7月成立的二级教学单位。学院现有教职工66人，其中教授8人，副教授15人，具有博士学位教师31人。教师中有享受国务院政府特殊津贴人员1人，广东省南粤优秀教师4人，广东省“千百十人才”工程省级培养对象2人，校级培养对象6人，肇庆市劳动模范1人，肇庆市优秀教师3人，肇庆市专业技术拔尖人才4人，肇庆学院教学名师3人。
肇庆学院生命科学学院 地址：广东省肇庆市端州区肇庆大道（校本部）、广东省肇庆市端州区星湖大道（星湖校区）
肇庆学院机械与汽车工程学院成立于2017年6月，由原电子信息与机电工程学院机械工程系和车辆工程系组建，现设有机械设计制造及其自动化、车辆工程两个本科专业。学院的机械工程一级学科是广东省“省市共建”重点学科，广东省教育厅优势重点学科。
电子与电气工程学院成立于2017年7月（前身是肇庆师专物理系、西江大学物理系、肇庆学院电子信息与机电工程学院），学院下设3个系，分别是电子与通信工程系、电气工程系、物理学系；有电子信息类专业（含电子信息科学与技术、通信工程和电子科学与技术）、电气工程及其自动化专业、物理学（师范教育）专业共5个本科学士学位授权专业。电子信息专业已经获得专业硕士学位培养授权。
肇庆学院环境与化学工程学院始建于1972年的肇庆地区师范专科学校化学系，1985年更名为西江大学化学系，2000年升为本科并成为肇庆学院轻工化学系，2007年学院制改革成为肇庆学院化学化工学院，2017年院系调整后成立了环境与化学工程学院。
食品与制药工程学院成立于2017年7月，下设制药工程、食品科学与工程、食品质量与安全、食品营养与健康四个专业，建有“广东省食品农产品安全分析与检测工程技术研究中心”、“广东省食品与药品实验教学示范中心”、“广东高校食品检验新技术科研创新团队”、“广东省高校制药工程专业教学团队”、“肇庆市食品农产品安全分析与检测工程技术研究中心”、“肇庆学院食品工程技术研究所”、“肇庆学院香料研究所”等省、市、校级研究平台和机构。
肇庆学院旅游与历史文化学院成立于2007年,现有教职工65人,教授3人,副教授33人,讲师13人,助教11人。博士37人,正在读博士4人,硕士19人。省级“千百十”工程培养对象1人,校级“千百十”工程培养对象1人,肇庆市高层次人才3人,西江旅游英才2人。
肇庆学院音乐学院创办于1979年，是广东省最早开办的高等音乐教育专业院系。音乐学院办学历史悠长，师资力量雄厚，办学经验丰富，在广东省享有较高的声誉。办学40年来，为社会培养了10000多名中小学音乐教师及文艺骨干，赢得了社会广泛赞誉。
肇庆学院美术学院（肇庆学院黎雄才美术学院）创办于1979年,是中南五省率先开办美术教育专业的院校。经历肇庆师范专科学校、西江大学等办学阶段,于2000年升级本科院校后更名肇庆学院美术学院。现有美术楼和艺术大楼2个教学区,建筑面积1.6万平方米,教职工共89人,其中教授5人,副教授18人,拥有一支学科带头人、学术带头人、教学骨干为重要力量,数量和结构较为合理的师资队伍。
肇庆学院教师教育学院（教师专业能力发展中心、教师教学发展中心）是一个集教学、科研、教师培训、教育实习管理为一体的教学单位，广东省（肇庆学院）中小学教师发展中心和广东省（肇庆学院）普通话测试站挂靠本单位。本单位是在原肇庆学院教育技术与计算机中心基础上整合发展建成的。原教育技术与计算机中心始建于1982年（原称电教中心），2000年在整合原西江大学电教中心和原肇庆教育学院电教中心优势资源的基础上重新组建。2005年将学校网络中心并入，设置现代教育技术与信息中心。
中德设计学院（简称IDI）由肇庆学院和德国富克旺根艺术大学共同组建，拥有一流设施和领先理念。学院与德国富克旺根艺术大学合作举办工业设计专业本科层次教育项目，定位服务于广东实施“中国制造2025”和粤港澳大湾区建设，旨在增强地方高校服务和支撑区域经济产业发展能力，填补广东工业设计领域与外国高水平大学开展合作办学空白。
