南京财经大学金融学院目前设有金融学（含保险精算）学术硕士点、金融硕士和保险硕士两个专业硕士点，金融学、金融工程、保险学、信用管理、投资学等五个本科专业。
国际经贸学院成立于2003年，全院现有全日制本科生1645人，硕士研究生145人。学院具有国家级和省级一流专业和与之配套的教学与科研力量，拥有江苏省产业发展研究基地、江苏现代服务业新型智库、是江苏高校现代服务业协同创新中心和江苏高校优势学科（应用经济学）的召集单位、应用经济学博士后流动站的承办单位。
南京财经大学会计学院在江苏省最早开设会计学本科专业，是江苏省乃至长三角地区中高级会计、财务管理、审计、资产评估专业人才的重要培养基地。 学院拥有会计学、财务管理、审计学、资产评估四个本科专业，拥有会计学学术型硕士、会计专业硕士（MPAcc）、资产评估专业硕士（MV）等三个硕士学位授权点。
工商管理学院前身为南京经济学院工商管理系，成立于1993年6月，2003年更名为工商管理学院。学院下设工商管理、旅游管理、人力资源管理三个系和一个综合实验教学中心，现有全日制本科生1229人。
南京财经大学公共管理学院现设有劳动与社会保障、公共事业管理和房地产开发与管理3个教学系。开办劳动与社会保障、公共事业管理和房地产开发与管理3个本科专业。学院现有硕士学位授权一级学科（公共管理）1个，硕士专业学位授权点（MPA）1个，同时在应用经济学（劳动经济学方向）和工商管理学（房地产管理学方向）两个学科方向招收学术型硕士研究生。
南京财经大学马克思主义学院是江苏省最早成立的马克思主义学院，是承担全校本科生和研究生公共政治理论课的教学研究机构，也是马克思主义理论一级重点学科硕士点培养机构。2011年获批马克思主义理论一级学科，2015年获批江苏省重点学科和江苏省中国特色社会主义理论体系研究基地，2018年获批江苏省示范马克思主义学院。
南京财经大学法学院成系于1997年，建院于2003年。法学院现有三个系：法律系、经济法系、社会工作系。现有教职工总数69人，其中教师59人，包括教授14名、副教授22名。
南京财经大学是江苏省人民政府和国家粮食和物资储备局共建高校，食品科学与工程学院渊源于1956年国家粮食部隶属的南京粮食学校，是我校重点建设的优势学院，粮食学科历史悠久，特色鲜明。目前，拥有食品科学与工程一级硕士学位授权点和生物与医药专业硕士授权点。
信息工程学院2003年成立以来，全体师生在校部处各级领导关心支持下，锐意进取，不断前行。学院现有计算机科学与技术、软件工程（嵌入式培养）、大数据管理与应用、物联网工程四个本科专业和基础教学部，其中计算机科学与技术和信息管理与信息系统皆为校级特色专业建设点；有“计算机科学与技术”、“软件工程”两个一级学科硕士学位授权点，皆为省级重点建设学科；学院拥有国家级电子商务信息处理国际联合研究中心、江苏省电子商务重点实验室、江苏省商务软件工程技术研究中心、江苏省粮食物联网工程技术研究中心等一批国家、省级科研平台。
外国语学院成立于2000年5月，承担全校大学英语本科、英语和商务英语专业本科、研究生、非英语专业研究生、法语本科生等各级各类英语与法语门类课程的日常教学任务。
艺术设计学院成立于1999年（时称艺术设计系），现有在校本科生、硕士生近800人，设有环境设计、视觉传达设计、动画三个本科专业和文化创意产业一个二级学科硕士点，有艺术基础教学部、环境设计系、传媒与动画系、艺术设计综合实验中心（省级示范传媒实验教学中心）等4个教学机构，以及中国书画艺术研究所（校级）、动漫艺术研究所及CI设计研究中心3个科研机构，系全国高校美育教学指导委员会委员单位，教育部全国高校中华优秀传统文化传承基地和江苏省科普产品研发基地建设单位。
南京财经大学管理科学与工程学院成立于2007年5月，是在后工业时代面临自动化、信息化和标准化管理的新形势下，快速集聚一批国内外管理科学与工程专业的专家学者组建而成。学院现拥有管理科学与工程一级学科硕士点一个，工程管理专业硕士点一个，管理科学、工业工程（工业智能管理与优化）和质量管理工程三个本科专业，建有“工业工程实验室”、“质量工程实验室”等国家和省部级实验教学平台。学院坚持“以人为本、质量立院”的办学方针，目前在校生600余人。
南京财经大学应用数学学院成立于2002年，其前身是1981年成立的原南京粮食经济学院基础部数学教研室，2002年原南京经济学院（南京财经大学〈筹〉）设立应用数学系，2008年更为现名。
为了培养国内紧缺的经济新闻与传媒经营管理人才，依托学校经济管理学科优势，2006年3月，南京财经大学成立新闻学系。2008年12月，学校党委研究决定，新闻学系更名为新闻学院。南京财经大学新闻学院与中央财经大学、上海财经大学等兄弟院校在专业设置上保持同步发展，目前是国内财经院校中唯一的一级新闻学院。
京财经大学体育部正式成立于2000年。在校党委、行政领导下，体育部全体教职工通力协作，努力拼搏，坚持贯彻党的教育方针、认真实施《学校体育工作条例》、《全国普通高等学校体育课程教学指导纲要》、《学生体质健康标准》等文件要求，积极进取，锐意改革，规范管理，提高质量，推进学校体育工作持续而稳步的发展，取得了显著成绩。
