西安交通大学期刊中心成立于2000年，由原西安交通大学、西安医科大学、陕西财经学院的期刊管理部门合并组建而成，是西安交通大学主办期刊的管理部门。目前，西安交通大学主办期刊23种，涵盖理、工、医、文多个学科门类，多年来秉持“出精品、创名牌、办一流期刊；争时效、促交流、举科技人才”理念，获得了“国家期刊奖”“百杰期刊”“教育部名刊名栏”“最具国际影响力学术期刊”等百余项荣誉，享有较高的知名度和影响力。
高端制造装备协同创新中心于2009年开始筹建，2012年9月在中国工程院揭牌，2013年3月首批通过了教育部实地考察，2014年10月正式认定为“2011协同创新中心”。目前作为学校的独立二级单位稳步运行。
西安交通大学实践教学中心（工程坊）成立于2016年12月，是西安交通大学直属单位。实践教学中心前身是工程坊和教务处实践科。负责统筹本科生实践教学和大学生创新创业教育的资源整合、管理和组织实施，建设学科交叉综合实践创新训练平台，培养学生综合实践能力和创新能力。
西安交通大学教师教学发展中心（Teacher’s Teaching Development Center）（以下简称“中心”）成立于2011年7月，是为教师教学发展提供服务的正处级直属机构。中心以培训、研究、评估、咨询为服务宗旨，通过探索具有交大特色、行之有效的五阶段递进式教师教学培养模式，提升广大教师教学能力和水平，培育教学骨干、名师和教学改革成果，营造重视教学、研究教学、潜心教学的教学文化氛围。
西安交通大学分析测试共享中心（简称：中心）成立于2016年5月，是面向学校和社会开放的大型仪器设备共享测试平台，属于学校直属二级单位，正式编制16人，设主任、技术副主任、质量副主任、秘书各1人，技术人员12人。中心位于兴庆校区西门附近，建筑面积3400平米，首期投入设备购置经费7600万元。
体育中心承担全校公共体育教学，其工作体系包括体育教学、群体竞赛、运动训练、体育科研等。现有教职员工87人，其中教授13人、副教授40人、讲师21人、助教3人；博士学位8人、硕士学位45人；国际级裁判员3人，国家级裁判员17人；体育教育训练学硕士点1个；体育场馆总面积15.4万平方米。
西安交通大学金禾经济研究中心(Jinhe Center for Economic Research，简称JCER)创建于1997年6月，是西安交通大学与美籍华人郭誉森教授、台胞胡春田教授等一批来自台湾中研院、台大等经济学知名教授合作创办的经济学教学与科研中心。
校园规划与基本建设管理中心的基本职能：按照学校基本建设总体目标和发展要求，依据批准的校园总体规划，编制基本建设计划并按项目管理模式组织实施。
中心下设统计与综合事务办公室、创新港信息化建设管理办公室、网络运行部、技术研发部、信息管理部、培训服务部共六个部门。此外，中国教育科研计算机网(CERNET)西北中心也设在网络信息中心，主要提供西北高校及科研单位的网络接入等服务。网络信息中心还承担联合国教科文组织国际工程科技知识中心丝路分中心、陕西省高等教育数据中心、陕西省MOOC中心建设等对外信息化服务专项工作。
崇实书院成立于2008年7月，院名取自1921年交通大学首次定名时的老校训“崇德尚实、重文健身、勤俭敬信、完全之人”。现有本科生1800余人，分别来自于管理学院、公管学院、人文学院、人居学院、材料学院、航天航空学院、马克思主义学院、新媒体学院、法学院、能动学院、机械学院、化工学院、金禾研究中心等13个学院和中心。学生涵盖文、工、艺、管等学科，文理兼备、学科交融、思想活跃、环境优美。
热流科学与工程教育部重点实验室是教育部2010年11月下发文（教技函[2010]98号）正式获准立项建设的教育部重点实验室，并与2011年5月11日通过建设计划论证，2013年1月29日通过由教育部组织的专家验收。
电子陶瓷与器件教育部重点实验室始建于1986年，1989年经原国家计委和国家教委批准成为世行贷款专业实验室，是原国家计委和世界银行联合审定的7个全国试点（跟踪）实验室之一。实验室于1992年开始对外开放，1995年通过国家验收，成为国家专业实验室。2000年8月被批准成为教育部重点实验室。实验室下设电子陶瓷与器件、铁电薄膜与器件、纳米复合材料、电解电容器等研究室。支撑学科为微电子学与固体电子学国家重点学科。
物质非平衡合成与调控教育部重点实验室于2009年5月经教育部批准筹建，2016年1月通过教育部验收正式运行，是西安交通大学唯一的理科类重点实验室，现已发展成高水平基础科学研究基地和高层次人才培养基地。
前沿科学技术研究院（简称“前沿院”）是西安交通大学于2010年投资筹建的首个“学术特区”，共设11个研究中心，涵盖物理学、化学、化学工程与技术、材料科学与工程、生物医学工程、生物学等一级学科，实行国际通行的科研管理体制。前沿院的建院目标是通过鲜明的学科交叉特色，发展成为世界一流的大型基础科学研究院，同时作为改革的试点，为我国实现科研体制改革的国家战略提供经验。
为深化学校科研管理体制与用人机制改革，增强学校科研竞争力，并探索和建立吸引优秀人才资源、扩大学校科研队伍体量的新模式，在学校编制外建设一支高水平专职科研人员队伍。
