肇庆医学高等专科学校就业指导办公室、实习办公室 地址： 广东省肇庆市西江南路6号 （端州校区）、 广东省肇庆市鼎湖区新城北18区团结路1号 （鼎湖校区）、广东省肇庆市鼎湖区莲花镇富廊新村丰乐路12号（新区校区）
肇庆医学高等专科学校校长办公室 地址： 广东省肇庆市西江南路6号 （端州校区）、 广东省肇庆市鼎湖区新城北18区团结路1号 （鼎湖校区）、广东省肇庆市鼎湖区莲花镇富廊新村丰乐路12号（新区校区）
肇庆医学高等专科学校中职部 地址： 广东省肇庆市西江南路6号 （端州校区）、 广东省肇庆市鼎湖区新城北18区团结路1号 （鼎湖校区）、广东省肇庆市鼎湖区莲花镇富廊新村丰乐路12号（新区校区）
肇庆医学高等专科学校武装部 地址： 广东省肇庆市西江南路6号 （端州校区）、 广东省肇庆市鼎湖区新城北18区团结路1号 （鼎湖校区）、广东省肇庆市鼎湖区莲花镇富廊新村丰乐路12号（新区校区）
肇庆医学高等专科学校党委办公室 地址： 广东省肇庆市西江南路6号 （端州校区）、 广东省肇庆市鼎湖区新城北18区团结路1号 （鼎湖校区）、广东省肇庆市鼎湖区莲花镇富廊新村丰乐路12号（新区校区）
肇庆医学高等专科学校纪检监察处 地址： 广东省肇庆市西江南路6号 （端州校区）、 广东省肇庆市鼎湖区新城北18区团结路1号 （鼎湖校区）、广东省肇庆市鼎湖区莲花镇富廊新村丰乐路12号（新区校区）
共青团肇庆医学高等专科学校委员会 地址： 广东省肇庆市西江南路6号 （端州校区）、 广东省肇庆市鼎湖区新城北18区团结路1号 （鼎湖校区）、广东省肇庆市鼎湖区莲花镇富廊新村丰乐路12号（新区校区）
肇庆医学高等专科学校工会 地址： 广东省肇庆市西江南路6号 （端州校区）、 广东省肇庆市鼎湖区新城北18区团结路1号 （鼎湖校区）、广东省肇庆市鼎湖区莲花镇富廊新村丰乐路12号（新区校区）
肇庆医学高等专科学校图书馆 地址： 广东省肇庆市西江南路6号 （端州校区）、 广东省肇庆市鼎湖区新城北18区团结路1号 （鼎湖校区）、广东省肇庆市鼎湖区莲花镇富廊新村丰乐路12号（新区校区）
信息中心由原教务处教育技术中心、公共基础部计算机教研室并入网络教学中心组成的学校二级教辅部门，负责统筹学校信息化建设和管理工作。
肇庆医学高等专科学校实验中心 地址： 广东省肇庆市西江南路6号 （端州校区）、 广东省肇庆市鼎湖区新城北18区团结路1号 （鼎湖校区）、广东省肇庆市鼎湖区莲花镇富廊新村丰乐路12号（新区校区）
肇庆医学高等专科学校继续教育学院 地址： 广东省肇庆市西江南路6号 （端州校区）、 广东省肇庆市鼎湖区新城北18区团结路1号 （鼎湖校区）、广东省肇庆市鼎湖区莲花镇富廊新村丰乐路12号（新区校区）
马克思主义学院是学校成立的直属学校党委领导的二级教学和管理机构。下设“毛泽东思想和中国特色社会主义理论体系概论”、“思想道德与法治”和“军事理论课”三个教研室。
肇庆医学高等专科学校人文学院 地址： 广东省肇庆市西江南路6号 （端州校区）、 广东省肇庆市鼎湖区新城北18区团结路1号 （鼎湖校区）、广东省肇庆市鼎湖区莲花镇富廊新村丰乐路12号（新区校区）
基础医学院下设人体解剖与组织胚胎学、病理学、生理学、药理学、化学以及免疫与病原微生物学等6个教研室，基础医学院现有人体生命科学馆、解剖实验室、生理学实验室、多媒体互动显微教学实验室、微生物实验室、免疫学实验室、组织胚胎学实验室、病理学实验室、药理学实验室、生理学实验室，新建基础医学部独栋建筑面积18800m2，六个教研室对应学科也是肇庆医专校级重点学科，基础医学院参与临床医学院构建国家级临床资源库。基础医学部承担全校所有医学相关专业医学基础课程的理论及实践实训教学。
