基础医学院的前身是1954年9月14日成立的北京医学院基础医学部（简称基础部）。1960年2月改称基础医学系。1985年5月成立北京医科大学后，正式更名为基础医学院。2000年4月北京大学与北京医科大学合并后，更名为北京大学基础医学院至今。

北京大学公共卫生学院始建于1931年，其前身为国立北平大学医学院卫生学教研室。1952年，全国高校院系调整，北京大学医学院脱离北京大学独立建院，1956年更名为北京医学院公共卫生学系。

北京大学医学部（简称“北医”）地处北京市海淀区中关村科技园区，是中国政府创办的第一所西医院校，是国家“211工程”首批建设的高等学校之一，具有百年历史，集教学、科研、医疗为一体，学科覆盖医学门类中的基础医学、临床医学、口腔医学、药学、公共卫生和预防医学、护理学、医学技术、中西医结合以及理学、工学、教育学、哲学、文学等门类的部分学科。教学贯穿了本科、研究生及继续教育全过程。现有88个博士学位授权点（12个一级学科点，76个二级学科点），93个硕士学位授权点（14个一级学科点，79个二级学科点），9个博士后流

北京大学医学人文学院自成立以来，致力于医学生的思想政治、社会科学、人文科学、理学等教育教学，在人才培养、科学研究、学科建设、推进医学生综合素质、“全人”培养方面始终走在全国前列。

北京大学医学继续教育学院组建于2017年5月，由原北京大学医学网络教育学院和原北京大学医学部在职教育培训中心整合而成。学院以“服务医学终身教育”为使命，是北京大学医学部内设的专门开展继续医学教育与培训的二级实体单位。

主办：北京大学第一医院（第一临床医学院） ；地址： 北京市西城区西什库大街8号

主办：北京大学人民医院（第二临床医学院） ；地址： 北京市西城区西直门南大街11号（西直门院区）

主办：北京大学深圳医院（深圳临床医学院） ；地址： 广东省深圳市福田区莲花路1120号

主办：北京大学第三医院（第三临床医学院） ；地址：北京市海淀区花园北路49号

主办：北京大学肿瘤医院（北京肿瘤医院、北京大学临床肿瘤学院、北京市肿瘤防治研究所） ；地址：：北京市海淀区阜成路52号

主办：北京大学第六医院（北京大学精神卫生研究所） ；地址： 北京市海淀区花园北路51号 、北京市昌平区科学园路2号 (北院)

主办：北京大学首钢医院 ；地址： 北京市石景山区晋元庄路9号

主办：北京大学国际医院（第八临床医学院） ；地址：北京市昌平区中关村生命科学园生命园路1号

主办：天津市第五中心医院（北京大学滨海医院） ；地址：天津市滨海新区塘沽浙江路41号

主办：北京大学生物医学前沿创新中心 ；地址： 北京市海淀区颐和园路5号 北京大学生物医学前沿创新中心