北京交通大学科学技术研究院（简称科研院），主要职能是负责学校各类科研项目、平台、人才、团队、奖励、学术交流、知识产权、成果转化、国防科研以及学术期刊等的政策制定、筹划组织和管理服务等工作。

北京交通大学理学院设有5个本科专业，光电信息科学与工程、信息与计算科学、统计学、材料化学、纳米材料与技术（与加拿大滑铁卢大学合作的中外合作办学）；以及招收理科试验班类（简称思源班）、理科试验班（基础学科试点班，简称知行班）。

北京交通大学档案馆既是学校档案工作管理部门，又是保存和提供利用本校档案的专门机构。档案工作始于建校初期，与学校发展同步。1999年3月学校将原校办综合档案室、人事处人事档案室和学校史志办公室合并建立档案馆。1999年12月经专家组评审，北京交通大学档案馆被认定为档案工作目标管理国家二级单位。2003年9月10日，档案馆被列为学校直属单位。

北京交通大学图书馆创建于1909年，随着历史的变迁，馆舍已有三代。第一代馆舍位于市内李阁老胡同，面积小存书少，称图书室。后来在校门东侧盖了一座两层小楼，书籍有所增加，改称图书馆。抗日时期，学校南迁，图书馆藏书有较大散失。抗战胜利后，学校迁回北平，图书馆也相继恢复。解放后，铁道部调拨平津铁路局、华北交通公司交通学院及关庚麟办私立铁路大学藏书若干册，规模有所扩大。

中心地处海淀区西直门外上园村3号—北京交通大学校园内，隶属于北京交通大学。中心占地面积1500平方米，建筑总面积4300平方米。设有全科诊室（内科、外科）、五官科、妇科、健康管理中心、预防保健科、中医科、口腔科、护理部、药房、东校区门诊部和B超心电、化验室、放射科等医技科室，为患者提供全科诊疗、急诊、巡诊、家庭病床等服务。

北京交通大学出版社（原北方交通大学出版社）座落在北京交通大学国家大学科技园内，毗邻西直门交通枢纽，这里交通便利，四通八达；这里有钻河如玉带环绕，自南绕东静静流淌；这里是百年老校园，处处散发着浓厚的文化气息。

北京交通大学后勤服务产业集团于2000年6月30日正式成立，集团以建设与一流研究型大学相适应的后勤保障体系为目标，坚持“三服务两育人”的宗旨，坚持社会效益与经济效益并重的方针，以社会效益优先为工作原则，把“师生为本、服务第一”的工作方针贯穿于后勤工作始终。后勤集团是学校的重要组成部门，主要负责餐饮、公寓、物业和接待等后勤服务工作和水电暖保障等基础性工作，集团下设十个中心，现有职工1100多人。

实验室依托交通运输工程和信息与通信工程这两个一级学科国家重点学科，和在学科评估中连续四次蝉联全国第一的系统科学学科。

为深入贯彻中央和北京市委、市政府关于加强和改进大学生思想政治教育的有关精神，统筹整合首都大学生思想政治教育研究力量，加强理论研究，2007年12月，中共北京市委教育工委、北京市教委依托北京交通大学，成立了全国首个专门研究大学生思想政治教育的机构----首都大学生思想政治教育研究中心（简称思政中心）。

川藏铁路研究院，负责组织开展与川藏铁路建设和运营相关的研究工作。

国家经济安全研究院的中文简称为“国经院”，英文名称为National Academy of Economic Security，英文简称“NAES”。

北京交通大学是教育部直属，教育部、交通运输部、北京市人民政府和中国国家铁路集团有限公司共建的全国重点大学，“211工程”“985工程优势学科创新平台”项目建设高校和具有研究生院的全国首批博士、硕士学位授予高校。学校牵头的“2011计划”“轨道交通安全协同创新中心”是国家首批14个认定的协同创新中心之一。2017年，学校正式进入国家“双一流”建设行列，将围绕优势特色学科，重点构建“智慧交通”世界一流学科领域。

北京交通大学具有重视马克思主义理论教学和研究的光荣传统。1949年2月学校决定开设马克思主义政治理论课，当年11月学校成立了政治理论课教学委员会。1952年成立马列主义教研室。1964年教研室直属学校领导。

北京交通大学国际教育学院是学校的直属单位，统筹管理学校来华留学及涉外培训工作，负责学校计划外出国（境）留学及相关培训项目。

北京交通大学远程与继续教育学院是学校的二级学院之一，是一个办学实体。归口管理全校普通全日制以外的成人教育、网络教育、高等教育自学考试等各类本、专科高等学历教育，承担各种非学历教育培训和国际合作项目。学院设有办公室、招生办、教务部、教学服务中心、考务部、自考部、技术部、财务部、研发部、培训中心、留学服务中心、校本部学习中心等部门。