体育部承担着全校体育教学、竞赛、群众性体育活动和体育科研等工作，下设4个教研室、运动健康研究与传播中心、太极拳文化研究所以及体质健康测试中心等机构，并有女子篮球和健美操两项高水平运动队。2019年“宋江阵”项目获批福建省高校中华优秀传统文化传承基地。
经济与管理学院源于学校（鹭江大学）最早设立的经济系，经济系于1981年设立，先后开办了经济管理、计划统计、对外贸易、会计学、国际经济与贸易、工商企业管理、国际金融、海关等多个专业，为厦门培养了大量的应用型人才。
学院定位：培养学生数学素质，提高学生应用数学能力，支撑学校“强工科、厚经管、大文化”发展战略。
马克思主义学院是在原厦门理工学院思想政治理论课教研部基础上于2016年12月22日更名成立，是直属学校领导的独立的二级教学科研机构，主要承担全校学生的思想政治理论课等教学与研究任务。
外国语学院的前身外语系成立于1981年10月，是厦门理工学院最早创建的教学机构之一。学院现有专职教师106人（包含柔性聘任教师和外籍教师计12人），其中教授6人，副教授40人，博士22人， 40余人曾在海外高校和研究机构接受学历教育或研修。学院目前设有英语、日语和汉语国际教育三个本科专业，共有学生954人；此外，学院还承担全校本科生、研究生的公共外语教学。
环境科学与工程学院成立于2007年，现有环境工程、水务工程和环境工程（中加班）专业，在校生 600人。2012年开始招收车辆工程领域机动车污染控制与防治技术方向、电气工程领域电力环保和能源电力系统规划方向的专业硕士研究生，与华北电力大学、桂林理工大学、浙江工业大学等高校联合培养研究生30余人，2019年在光学工程领域环境光学方向招收专业硕士研究生。
计算机与信息工程学院成立于2012年12月，由原计算机科学与技术系和空间信息科学与工程系两系合并组建而成。学院秉持“和谐、严谨、务实、创新”的院风，倾力培养具有较强创新能力、掌握扎实专业技能的应用型人才。
闽南师范大学是福建省重点建设高校、福建省“双一流”建设高校，成立于1958年春。1963年，在周恩来总理亲自倡导和关怀下，国务院批准成立福建第二师范学院，由此开启我校本科教育之扉。1986年经原国家教委批准复办福建第二师范学院，并更名为漳州师范学院。
闽南师范大学文学院，前身为漳州师范学院中国语言文学系，是闽南师范大学历史最悠久、办学实力最雄厚的院系之一。其历史可追溯到1958年创建的龙溪师范学校大专班中文科。其后历经变迁，1963年改建为福建第二师范学院中文系，1986年复建为漳州师范学院中文系。2013年6月成立闽南师范大学文学院。
外国语学院是闽南师范大学最早成立、也是招生最热门的院系之一。外语学科经历了60年的积淀和发展，从最初的英语大专班到目前的4个专业、2个硕士点、本硕学生1300余人，从最早的几位教师到如今的150余名教职员工，其中教授7人、副教授41人、博士19人。无论是教育部的多轮评估还是专业认证，均获得专家的高度评价。
法学院其前身是创办于1958年福建第二师范学院的政治教育系，2002年5月成立政治法律系，2014年1月改为法学院。2015年12月，社会工作和劳动与社会保障专业并入法学院，并更名为法学与公共管理学院。2020年6月更名回法学院。目前，学院设有法学、政治学与行政学、社会工作3个本科专业，1个马克思主义法学硕士研究方向，1个社会工作专业硕士点，现有本科生1100多人，研究生42人，留学生1人。
数学与统计学院伴随学校的发展走过了六十余年的历程，是学校办学历史最长、综合实力最强的学院之一。学院现有教职工84人，其中专任教师69人中，具有博士学位的教师53人；有教授28人，副教授21人，博士生导师7人，福建省教学名师2人;国家有突出贡献的中青年专家1人、国务院政府特殊津贴专家4人、教育部高等学校数学类专业教指委委员1人，省重点学科带头人1人、闽江学者特聘教授2人、省杰青1人、省“雏鹰计划”青年拔尖人才1人。先后聘请中国工程院院士1人为学院讲座教授，7位国内知名教授、4位外籍教授为我院闽江学者讲座教授
闽南师范大学是福建省重点建设高校，成立于1958年春。1963年，在周恩来总理亲自倡导和关怀下，国务院批准成立福建第二师范学院，由此开启我校本科教育之扉。1986年经原国家教委批准复办福建第二师范学院，并更名为漳州师范学院。物理与信息工程学院物理专业是1958年创校首批招生的专业之一，1988年招收首届物理学(师范)专业本科生，2001年招收首届电子信息科学与技术专业本科生。
化学化工与环境学院原名化学系，创办于1977年，1989年招收首届本科生，拥有1个一级学科硕士学位授予点（化学）、2个二级教育硕士培养方向（学科教学化学、科学与技术教育）和资源与环境专业硕士点。2017年化学与环境学科群获批福建省高原学科立项建设，同时获批成为福建省一级学科博士点建设培育单位。拥有化学、科学教育、应用化学、环境科学、环境工程、环境科学与工程、化学工程与工业生物工程七个专业。化学专业荣获国家级一流专业（原为国家级特色专业），应用化学专业和科学教育专业荣获省级一流专业。
闽南师范大学历史地理学院是福建省省属重点高校闽南师范大学下属二级学院，1996年创建历史系，设有历史学本科和专科专业各1个。2018年4月更名为历史地理学院。先后创办了旅游高职专业、旅游管理本科专业、社会工作本科专业、人文教育本科专业（师范类）、劳动与社会保障专业、文化产业管理专业等专业，为学校的专业建设做出了突出贡献。
