学校武装部保卫处担负着为我校改革和发展保驾护航的任务和使命，在校党委领导下和上级公安部门的指导下，贯彻“预防为主、确保重点、打击敌人、保障安全”保卫工作方针，以“党委领导下的专门工作与群众路线相结合”为基本原则，负责学校综合治理、治安秩序、消防安全、集体户口管理、大学生军训和国防教育等工作，加强法制教育，提高服务质量。为我校有一个良好的教学、科研、医疗、生活环境提供有力的保障！
人事处： 是校长领导下分管学校教职员工的引进、录用、调配、培养、职称、晋升、工资、保险、福利和奖惩、人才交流等事宜的行政部门。
发展规划处是负责学校改革发展、依法治校、政策研究、医院管理、学校发展规划制定与组织实施的职能部门。下设规划科、法规科、信息科,现有工作人员7名。
教务处为我校教学管理职能部门，具有教学的决策、计划、组织、控制、参谋、服务、研究等七个方面的职能，是实施教学活动的指挥中心。随着学校教学改革的不断深入，作为教学管理的职能部门，教务处立足本职，求真务实，开拓创新，教学管理日趋完善，管理水平不断提高，并已形成了以学分制建设为龙头，集数字信息与科学管理于一体的高效运行机制。在教学管理、课程体系和教学体制改革等方面成效斐然，有力地保障了全院教学秩序稳定和教学过程的有序进行，促进了教学质量和教学水平得到全面提升。
科学技术处、成果推广中心是负责学校科研管理、学术建设、科技成果推广的职能机构。下设综合科、自然科学办公室、社会科学办公室、成果管理科、学术学会部、众创空间管理办公室、科研财务室。
我校是国务院学位委员会首批批准的硕士学位授权单位和教育部批准的联合培养博士研究生单位。1979年开始招收培养硕士研究生，截至2008年有4个硕士学位授权一级学科，23个硕士学位授权学科、专业。1996年被批准为有权开展同等学力人员申请硕士学位教育的工作单位，1997年开始与兄弟单位联合培养博士研究生，2000年被批准为临床医学硕士专业学位试点单位。2003年被教育部批准为联合培养博士研究生单位，2009年被确定为博士学位授权立项建设单位。
招生就业处是学校负责普通本专科学生招生、就业、电子学籍管理、学历证书管理、档案管理等方面工作的职能部门。
河南中医药大学审计处成立于1988年，最初为河南中医学院审计室，正处级建制，向校党委和校长负责并报告工作。1991年，审计室与监察室合并，成立了河南中医学院监察审计室，与纪委合署办公。1995年12月，监察、审计职能分离，撤消监察审计室，分别成立了河南中医学院审计室、河南中医学院监察室，仍与纪委合署办公。2005年4月，审计室独立设置，正式划入行政序列，于2012年12月更名为河南中医学院审计处。2016年8月，随着学校更名大学成功，我处正式更名为河南中医药大学审计处。
计划财务处在校党委和校长的领导下,负责全校财务管理工作,是学校经济管理的业务部门和资金管理的中心。计划财务处严格执行《会计法》的各项规定以及《高校财务制度》与《高校会计制度》，贯彻执行国家的各项财经政策、法令，对校经济活动进行会计核算和监督；负责学校财经政策和财务制度的制订、参与学校事业计划的制定，参与重大项目财务开支的预测和决策，组织指导学校年度预算，负责控制、监督学校综合财务预算的执行，及时提供合法、真实、完整的会计信息。
国际合作处、港澳台办公室职责是负责学校外事工作及相关港澳台事务的职能部门。
河南中医药大学离退休职工工作处，现有工作人员9名，离退休职工601人；离退休职工工作处党委成员9人，设13个党支部，318名党员。工作处设党政办公室、离休科、退休科和活动科。各类协会有：关工委、书画院、老科协、合唱团、门球队、棋牌协会等。每年开展庆三八、春季运动会、旅游、疗养、重阳节登高、迎新年棋牌赛等活动。离退休职工工作处党委2016年被评为“全省先进基层党组织”，工作处2017年被评为“全省老干部工作先进单位”。
我校龙子湖校区占地面积1309亩，规划建筑面积44万平方米，该校区于2004年开工建设，2012年实现办学主体搬迁。截止目前已建成投入使用的36.69万平方米，包括教学实验楼、图书馆、学生综合实训中心、小综合楼、学生食堂2个、学生宿舍10栋和运动场地2块，占规划建筑面积的83%。校区绿化面积34万平方米，建成具有中医药特色的河南中药植物园4万平方米。
国有资产管理处是我校国有资产主管部门，成立于二零零八年十二月，而后几经机构变革，目前国资处设处长1人，副处长3人，科长5人，副科长1人，科员1人。设置科室包括：采购管理科、资产管理科、物资供应科、工程项目科、房地产管理科。
学校心理健康教育与咨询中心创建于1997年，是一个面向全校师生开展心理健康教育与咨询、干预和研究的服务机构。学校按照中医“未病先防，既病防变”的“治未病”理论和“助人、自助、互助”的原则，全面开展心理健康教育工作，提升师生的心理素质。
河南中医药大学工会在河南省教科文卫体工会和学校党委的领导下，围绕学校中心工作，充分履行工会“维护、建设、参与、教育”四项基本职能，及时把党的路线、方针、政策传达到教职工中去，是学校党委联系广大教职工的桥梁和纽带。现有基层工会27个，会员1400余人；专兼职工会干部近120人，其中专职工会干部7人，包括主席1人，副主席1人，女工委副主任1人，办公室主任1人；校工会设有办公室、组织宣传部、文体福利部和学校计划生育办公室、红十字会办公室等职能部门。
