我校共青团工作在校党委和上级团组织的领导下，坚持党建带团建、团建抓创新的原则，结合我院工作实际，突出特色，锻造品牌，从加强机制建设和制度建设入手，不断拓展共青团工作的新方法和新途径，加强和改进大学生思想政治教育，繁荣校园文化，树立精品意识，强化服务意识，努力为广大同学的学习生活服务，为学生的素质拓展和择业就业服务，为学生的成长成才服务。

河南中医药大学学科建设办公室是学校学科建设工作领导小组暨重点学科建设工作领导小组的日常办事机构，是主管校长领导下的行政职能部门。目前设有综合科、业务科、规划科，主要负责重点学科建设的规划、管理、协调、服务等工作。

河南中医药大学信息化办公室（网络中心）是负责学校信息化建设、网络运维管理与信息系统建设、网络与信息安全管理、信息化服务等工作的直属单位。中心设有信息部、网络部、服务部、一卡通服务中心，2017年获批的河南省中医药大数据分析技术与服务工程研究中心设在信息化办公室（网络中心）。

河南中医药大学教学评价与教师发展中心前身为高教研究室(1984年成立)，隶属于教务处。2004年5月独立建制为教育研究与教学评价中心，副处级单位；2009年，晋升为正处级单位；2017年，与学校教师发展中心合并，成立教学评价与教师发展中心，设主任一名，副主任两名，下设高教研究科、质量保障科、教学督导科、教师发展科。其主要职能是高等教育研究、教学质量保障、教师职业发展等工作。

中医药科学院成立于2019年，主要承担科学研究、科研服务、科研实验室管理和研究生培养等职能。

河南中医药大学图书馆是全院的文献信息中心，担负着为学院教学、科研与医疗提供文献信息服务的职责，并负责全院读者的信息教育。馆舍面积53178平方米，其中龙子湖新校区48478平方米，老校区4700平方米。

河南中医药大学期刊社为学校直属的二级部门，是学校对外学术交流的重要窗口，主要工作任务是编辑出版《河南中医》 《中医学报》 和创办新的学术期刊。期刊社下设党政办公室、总编室、《河南中医》编辑室、 《中医学报》编辑室、《仲景学报》编辑室。共有员工15人，其中具有高级专业技术职务者5人， 中级专业技术职务者7人，初级专业技术职务者3人，是一个年龄结构和知识结构相对合理的编辑专业人才队伍。

按国家高校后勤改革的要求，2000年，河南中医学院总务基建处分离为后勤管理处与后勤服务中心（2004年 7月 22日改称为后勤集团公司）。后勤管理处作为甲方，对后勤集团公司行使监督和监控工作。后勤集团公司，作为乙方，按照市场化运作、企业化经营和社会化服务模式运行，全方位为学校教学、科研、医疗和师生生活提供服务保障工作。

人才公寓建设与东明校区管理办公室是学校负责人才公寓建设、东明校区管理和综合利用的直属机构，下设综合科、管理保障科、技术科三个科室，党政领导班子由一名直属党支部书记、一名主任和两名副主任组成，在编在岗职工8名。

校产经营管理公司为学校直属二级部门。前身是校办产业管理办公室，当时所管辖中药试验场、制药厂、印刷厂、饮料厂、劳动服务公司、杏林宾馆，并负责东明路校区周边产业的经营开发管理等。

河南中医药大学档案馆成立于2017年12月，为学校直属机构，副处级单位。前身为综合档案室，隶属于党委校长办公室，成立于1984年。作为河南省档案学会常务理事单位，河南省档案学会高校档案分会理事单位。我校档案馆承担着学校文书档案、学籍档案、研究生档案、科技档案、基建档案、财会档案的收集管理、查询、利用等工作。档案馆现有人员5名，具有副高级职称1人，内设综合科、信息科。

机关党委是在学校党委领导下的一级基层党组织，是机关的政治核心机构。以指导、监督、保障、服务为宗旨，围绕学校中心工作，进一步加强和改进学校机关党的建设，通过负责机关各部门的党务工作发挥政治核心作用，兼具联系各有关部门和单位、处理有关行政事务、开展群众工作等综合性职能。

河南中医药大学中医学院（仲景学院）的前身为1958年建校初期唯一的教学单位，后历经中医系、基础部、基础医学院等不同办学阶段，2021年3月更名为河南中医药大学中医学院（仲景学院）。

河南中医药大学医学院前身为中医系，成立于1958年建校之初。2002年更名为基础医学院，2021年3月根据专业发展和学科建设需求分设成立。学院作为以西医基础教学为主的教学科研单位，涵盖了基础医学、临床医学、公共卫生与预防医学三个一级学科，承担全校医学教学、科研、实验、临床实习等任务。学院遵循高等教育发展和医药人才培养规律，在教育教学、专业建设、学科建设、科学研究等方面成绩显著，为社会培养了大批医学人才。

河南中医药大学药学院是一个以培养传承、创新型中医药事业人才为目标的学院。其前身为中药系，始建于1959年，是我国高等中医药院校中兴办最早的两个中药系之一，并于当年开始招收中药学专业（四年制）学生，开创了我国中药学专业本科教育的先河。