2016年学校实施后勤管理体制改革，原后勤保障部、后勤集团合署办公，设后勤管理处、后勤集团。主要职责是：为学校教学科研和师生员工提供优质服务，以做好保障服务和实现安全稳定为根本目标任务。按照学校后勤社会化改革的指导思想、目标任务、管理体制，全面负责学校后勤管理、后勤保障、后勤监控。负责学校饮食服务、水电管理、修缮管理，公共用房、学生宿舍、公共教室、教职工住房管理和调配，通勤用车，校园绿化，校园保洁等工作。
湖北中医药大学基本建设处（原新校区建设指挥部）是对学校土地资源和基本建设进行管理的行政职能部门，肩负着规划校园、建设校园和美化校园的重任。基本建设处下设综合办公室、工程管理科、预算决算科三个科室，分别承担建设工作综合协调、工程建设管理、工程预决算的职责。基本建设处将在校党委、校行政的领导下保持廉洁、高效、务实、勤政的工作作风，以饱满的工作热情全面细致的为学校教育事业的可持续发展提供强有力的保障。
2016年元月学校成立了教师发展中心（高教所）。教师发展中心的服务宗旨是面向全体教师“推广先进的教育理念、探究科学的教学规律，搭建温馨的交流平台，促进教学的改革创新”。中心将通过制定教师培训制度，整合学校优势资源，实施“分学科、分阶段、分专题”培训项目，建设教师在线学习平台，组织开展教育教学研究，不断提升教师教学能力、科研能力、学术能力。
信息化建设办公室(网络与教育技术中心)是在学校领导下全面负责学校信息化建设工作的职能部门，统筹学校的信息化建设与管理，履行学校信息化建设、网络运行管理和教育技术研究及应用三方面的职能，统筹全校信息化基础设施，信息系统和信息资源的建设和共享。
湖北中医药大学档案馆于2016年1月13日经学校机构改革由原档案室直接升格为直属单位建制，现有正式在编人员7人。其中，馆长1人，副高级职称2人、中级职称4人。各二级单位档案工作负责人45人，配置兼职档案员45人。机构设置有：馆长办公室（档案工作委员会、档案馆党支部）、信息技术部、监督指导部、编研整理部、档案利用部（信息查询台）、人事档案部。
黄家湖图书馆楼高九层，面积3.2万㎡，为学校标志性建筑，借鉴大拱门建筑设计理念，注入中国传统文化天圆地方的概念，设计出基座四方、顶部圆空、中间通透、外形如门之九层建筑，有知识之门、智慧之门、求索之门、开放之门的寓义。
主管：湖北省教育厅；主办：湖北中医药大学；地址：湖北省武汉市洪山区黄家湖西路1号《湖北中医杂志》编辑部
主管：湖北省教育厅 ；主办：湖北中医药大学 ； 地址：湖北省武汉市洪山区黄家湖西路1号《湖北中医药大学学报》编辑部
《湖北中医杂志》编辑部成立于1979年，负责编辑出版《湖北中医杂志》（月刊），《湖北中医药大学学报》（原名《湖北中医学院学报》）编辑部成立于1999年，负责编辑出版《湖北中医药大学学报》（双月刊），还承担中医文献研究室部分教学工作（硕士研究生教学）和相关的科研工作（承担两项省级科研项目）。为便于两刊的管理工作，2008年组建期刊社。
湖北中医药大学国医堂创建于1988年，起初为湖北中医学院疑难杂病专家门诊部，1992年经批准更名为“湖北中医学院附属专家门诊部”，1993年与学校保健科合并更名为“湖北中医学院附属门诊部”，2006年学校保健科剥离出去，2011年更名为“湖北中医药大学国医堂”。
湖北中医药大学中医药实验中心是一所集科研、教学、开发、技术服务为一体的综合性机构。1997年以来，我中心以中医基础理论、中医临床基础、针灸推拿学、中医内科学等省级重点学科为依托，进一步加强实验室的建设，大范围地更新了仪器设备，不断深化实验教学改革，规范实验室管理，完善和健全实验室及设备管理的规章制度。2002年，中药药理实验室被批准为国家中医药管理局中医科研三级实验室。2004年，在学校领导的重视和关心下，在原有实验室的基础上组建了中医实验中心，实行学校统一领导下的主任负责制。
湖北中医药大学中医虚拟仿真实验教学中心（以下简称“中心”），紧紧依托中药资源与中药复方省部共建教育部重点实验室发展，按照“中医临床技能实验教学大平台”建设的思路，发扬国家级肝病临床建设基地和针灸学精品课程学科优势，采用多媒体、网络化、虚拟仿真实验等现代教育技术，实行“开放式”实验教学，根据实现真实实验不具备或难以完成的教学功能的基本建设任务
湖北中医药大学黄家湖医院位于洪山区黄家湖西路，毗临美丽的黄家湖畔和武汉南大门，交通便利。2009年成功申办为一级医院， 2015年被评为二级中医院，是一所集医疗、教学、科研、预防于一体的具体浓厚中医特色的中医医院。目前是湖北中医药大学临床教学医院，武汉市城镇基本医疗保险定点医疗机构。
中药资源与中药复方教育部重点实验室是国家教育部2010年11月批准建设的教育部重点实验室，依托单位为湖北中医药大学，实验室的方针是“立足湖北、服务全国、传承创新、做出特色”。
党的十八大以来，党中央国务院高度重视中医药“走出去”工作，为了推动中医药传承创新事业发展，服务国家总体外交，国家中医药管理局支持行业内具有技术领先优势的国内中医药机构通过与国外机构开展交流与合作，建设中医药国际合作基地，搭建面向中医药国际医疗、教育、科研、文化、产业、服务贸易、旅游等的交流合作平台，发挥平台在特定领域的示范引领作用，形成内外辐射效应。
