党政办公室是学校党委和行政事务的综合办事机构，下设行政管理科和文秘管理科两个科室。

党委统战部是学校党委主管统一战线工作的职能部门，承担了解情况、掌握政策、协调关系、安排人事、增进共识、加强团结等工作。

锦州医科大学人事处（党委教师工作部、党委人才工作办公室） 地址:辽宁省锦州市凌河区松坡路三段40号

锦州医科大学党委学生工作部（学生处） 地址:辽宁省锦州市凌河区松坡路三段40号

锦州医科大学纪委（监察专员办公室） 地址:辽宁省锦州市凌河区松坡路三段40号

锦州医科大学离退休工作处 地址:辽宁省锦州市凌河区松坡路三段40号

发展改革规划处（绩效管理办公室）是负责学校发展改革规划顶层设计、学科建设发展规划、学科建设管理、辽宁省绩效考核及学校竞争性绩效考核等工作的职能部门。

教务处是承担学校本科生教学的组织、管理和服务工作的职能部门,下设教务科、教学质量建设科、考试管理科、实践教学管理科4个科室,共10人。

锦州医科大学科技处 地址:辽宁省锦州市凌河区松坡路三段40号

锦州医科大学于2001年3月成立国际文化交流中心，承担学校外事交流工作。2004年12月，国际文化交流中心更名为国际文化交流学院。2007年1月，国际文化交流学院正式更名为国际教育学院，并成立外事处；同年6月，外事处更名为国际交流处。2015年，锦州医科大学被教育部批准为“招收港澳台地区学生资格院校”；同年7月，学校成立港澳台事务办公室（正处级管理机构），与国际交流处合署办公；同年12月，国际交流处更名为国际交流与合作处。

财务处是学院唯一的一级财务机构，是管理全院财会工作的职能部门，在院长的领导下，统一组织和管理学院的经济活动。

审计处是学校内部审计的行政职能部门之一，依照国家法律、法规和政策以及学校的规章制度，对学校及其所属单位财政财务收支、经济活动、内部控制、风险管理等实施独立、客观的监督、评价和建议

锦州医科大学国有资产管理处（招标采购中心） 地址:辽宁省锦州市凌河区松坡路三段40号

现代教育技术与信息管理中心（以下简称中心）前身为2002年成立的网络信息中心，2021年12月合并教师教学发展中心部分职能，成立现代教育技术与信息管理中心。中心下设综合办公室、运维部、网管部、数据部、资源技术部5个科室，现有教职工35人，其中正式职工18人。

安全保卫处是在学校党、政领导下和上级公安机关等部门的指导下负责全校的安全稳定工作的职能部门。