资产管理处下设资产管理科、设备科、实验保障科三个科室，编制人员10人，其中处长1人，副处长1人，资产管理科3人，设备科2人，实验保障科3人。

财务处是学校的一级财务机构、财务管理的职能部门，在校党委、校行政和主管校长的领导下，统一管理学校的各项财务工作。

吉林医药学院审计处 地址：吉林省吉林市丰满区吉林大街5号

总务处是组织承担学校后勤工作的职能机构，其管理工作主要是为保证教学和科研工作所需的物质和生活条件，主要负责能源管理、房产管理、基建管理、基础设施维修、校园绿化与保洁等方面工作。

吉林医药学院采购与招投标管理中心 地址：吉林省吉林市丰满区吉林大街5号

吉林医药学院乡村振兴办公室 地址：吉林省吉林市丰满区吉林大街5号

中国教育工会吉林医药学院委员会于2007年4月正式成立，2019年更名为吉林医药学院工会委员会，是学校党委领导下的群众组织，是校党委联系广大教职工的桥梁和纽带。

共青团吉林医药学院委员会是吉林医药学院先进青年的群众性组织。

吉林医药学院后勤服务中心为学校直属单位。设有学生、教工和留学生餐饮办公室。主要负责全校餐饮经营管理和服务保障，承担着全校教职员工近1万人的日常餐饮服务工作。

吉林医药学院图书馆创建于1975年，前身为中国人民解放军第四军医大学吉林军医学院图书馆，2004年随学校由军队整体移交吉林省，更名为吉林医药学院图书馆。经过几十年的发展建设，图书馆现已发展成为文献信息资源丰富、自动化程度较高、服务方式多样的大学图书馆。

吉林医药学院档案馆于2019年12月正式成立，是在原学校综合档案室基础上组建的副处级建制职能部门，下设综合档案室、信息技术室。现有在职人员3人。

吉林医药学院校医院 地址：吉林省吉林市丰满区吉林大街5号

现代教育技术中心主要任务是及时了解和掌握现代教育技术的前沿现状,运用现代教育技术，开发利用教学资源，优化教学过程，促进教育教学改革，建设现代化教学模式，为学校的教育信息化、课堂教学、实验教学、科研学术以及党建工作、校园文化建设提供技术支撑和保障。

“吉林省抗体工程科技协同创新中心”（简称抗体中心）成立于2015年，2018年通过吉林省科技厅批准立项建设。中心以吉林医药学院临床医学重点学科为依托，重点围绕诊断抗体、治疗抗体、医药原料、生物医用材料四个研究方向开展相关基础研究和应用研究工作。

吉林医药学院成人教育起始于上世纪80年代，隶属军队办学时期主要开展成人脱产学历教育；移交吉林省办学后，学校于2009年设立继续教育中心；2018年，正式成立继续教育学院，与教务处合署办公；2019年12月，继续教育学院（全科医学院）成为独立的正处级单位。2021年7月更名为全科医学与继续教育学院。