管理学院组建于2017年7月，由原药学院、信息管理学院和人文社科学院部分人员与专业组成。学院现有教职工41人，其中教授6人，副教授12人；博士研究生导师2人，硕士研究生导师7人。
山东中医药大学智能与信息工程学院建于2006年，始称理工学院，2020年更名为智能与信息工程学院。学院现由软件工程教研室、数据科学教研室、信息安全教研室、生物医学工程教研室、智能医学工程教研室、物理教研室、数学教研室和计算中心等组成，负责学院硕士点和本科专业建设工作及全校计算机、物理、数学等课程的教学科研任务。
山东中医药大学康复医学院成立于2017年7月,目前全日制在校生1700余人,其中研究生96人。学院成立四年来坚持以习近平新时代中国特色社会主义思想为指导,主动对接国家和社会需求,坚持厚重基础、注重特色,努力培养高素质康复专门人才。
山东中医药大学健康学院成立于2018年7月，是学校为适应新时代“健康中国”发展战略需要设立的二级学院。学院主要在健康管理、保健服务等方面进行人才培养和学术研究。设有心理学教研室、食品卫生与营养学教研室、社会体育指导与管理教研室、健康服务与管理教研室、中医养生学教研室和预防医学教研室共6个教研室。现有教职工50人，其中具有正高级职称5人，副高级职称18人。全日制在校生近1500人，其中研究生30余人。
体育教学部现有教职工22人，其中教授1人，副教授13人;具有硕士以上学位的教师15人。下设办公室、体育场馆管理中心、大学生体质测试中心，有公共体育、竞赛训练、体育艺术3个教研室。
山东中医药大学国际教育学院是学校面向海外及港澳台地区的重要归口单位，负责招收和培养外国留学生、港澳台及华侨学生，开展本科、硕士和博士三个层次的学历教育及各类短期培训项目，开设中医学、中药学、针灸推拿学、护理学等特色优势专业，可以使用英语、日语、韩语等多种语言提供教学服务。
山东中医药大学成人教育始于二十世纪六十年代初。1960年开始举办夜（业）大学，1961年受卫生厅委托创办中医函授大学。经原国家教委批准，于1979年、1985年先后恢复了因“文革”停办的夜（业）大学和函授大学，期间，受国家卫生部、山东省卫生厅委托，连续多年承担全国和全省中医师资培养任务，在十余个学科培养了千余名高水平医教研人才，并于1992年开始举办多规格、多层次的继续教育培训班。
山东中医药大学第二临床医学院(医学院) 地址：山东省济南市长清区大学科技园大学路4655号
眼科与视光医学院与山东中医药大学附属眼科医院、山东中医药大学眼科研究所实行三位一体的管理体制。是国际眼视光高等教育联盟创始成员单位、全国眼视光高等教育协作组副组长单位、中国毕业后医学教育眼科专委会常务副主委单位、教育部教指委委员单位,拥有国家级重点学科、国家级首批临床重点专科、国家级视觉三级实验室,是山东省重点学科、山东省医药卫生重点学科、山东省重点实验室、山东省高校强化建设重点实验室,山东省一流学科、山东省特色专业、山东省一流专业和高水平应用型立项建设专业群核心专业,教学条件优越,师资力量雄厚。
中医文献与文化研究院是全国最早成立的中医文献专门研究机构之一。其建设历程始于1957年成立的中医文献研究组，1976年改称中医文献研究室，1985年经山东省机构编制委员会批准成立处级建制的中医文献研究所。2006年以中医文献研究所为依托成立信息管理学院，成为科研兼教学机构。2017年与信息管理学院分设，更名为中医文献与文化研究院。
山东省中医药博物馆，由山东省中医药管理局于2015年3月批复成立（鲁中医药字〔2015〕2号），坐落于风景秀丽的长清大学科技园山东中医药大学校内，是集中医药历史文化实物、中药材标本和人体科学标本的收藏陈列、教育研究于一体的综合性博物馆。
为推动中医药的科技创新,聚焦中医药与前沿科学技术的交叉融合和协同创新,2019年1月,经省委组织部批准成立了“中医药创新研究院”。中医药创新研究院的设立旨在落实党中央、国务院《关于促进中医药传承创新发展的意见》,“传承精华,守正创新”。
山东中医药大学药学院始建于1976年,始称中药系,1996年更名为中药学院,2004年更名为药学院。
山东中医药大学针灸推拿学院前身为山东中医学院中医系针灸教研室、推拿教研室，1981年起招收中医专业针灸方向硕士研究生，1985 年中医系开始招收针灸学专业本科生，1987 年山东中医学院针灸系正式成立，1989年招收推拿学专业专科生，1998年开始招收推拿学专业本科生，同年针灸系更名为针灸推拿学院。1999年根据国家专业目录针灸学专业、推拿学专业合并调整为针灸推拿学专业。2003 年获博士学位授予权，现为博士后科研流动站设站学科。
山东中医药大学创建于1958年,1978年被确定为全国重点建设的中医院校,1981年成为山东省重点高校,是教育部本科教学工作水平评估优秀学校、山东省人民政府和国家中医药管理局共建中医药院校、山东省应用基础型人才培养特色名校、山东省省级文明校园、山东省一流学科建设单位。学校在省属高校中拥有国家级重点学科最多,首批获得硕士、博士学位授权,首批设立博士后科研流动站,首批成为国家“973”项目首席承担单位,硕士点数量位居全国同类院校前列。
