组织部是校党委领导下负责全校党的组织建设、干部队伍建设的职能部门。

山东中医药大学党委宣传部 地址：山东省济南市长清区大学科技园大学路4655号

山东中医药大学教师工作部 地址：山东省济南市长清区大学科技园大学路4655号

山东中医药大学党委统战部是山东中医药大学党委主管统一战线工作的职能部门。统一战线是中国共产党凝聚人心、汇聚力量的政治优势和战略方针，是夺取革命、建设、改革事业胜利的重要法宝，是增强党的阶级基础、扩大党的群众基础、巩固党的执政地位的重要法宝，是全面建成小康社会、加快推进社会主义现代化、实现中华民族伟大复兴中国梦的重要法宝。

中共山东中医药大学纪律检查委员会是在学校党委和上级纪检机关的领导下，负责全校党的纪律检查工作的机构。2019年7月，省纪委省监委批复设置“省监委驻山东中医药大学监察专员办公室”，与纪委合署办公。

山东中医药大学学生工作处(武装部) 地址：山东省济南市长清区大学科技园大学路4655号

山东中医药大学工会（妇委会） 地址：山东省济南市长清区大学科技园大学路4655号

山东中医药大学保卫处是学校主管安全保卫工作的职能部门。保卫处坚持“以防为主，打防结合”的工作方针，建立健全各项安全保卫工作制度和责任制，落实人防、物防、技防等安全防范措施，保持学校内部的安全稳定，建设平安和谐校园。

山东中医药大学机关党委 地址：山东省济南市长清区大学科技园大学路4655号

离退休工作处负责离休和退休职工管理服务工作，设有办公室、离退休一科、离退休二科，建有老干部活动中心。是校离退休干部工作领导小组和关心下一代工作委员会日常办事机构，也是校老教育工作者协会、老教授协会、老科技工作者协会依托单位，为山东省老教授协会常务副会长和山东高校老干部志愿团秘书长单位。

山东中医药大学人事处（人才工作办公室） 地址：山东省济南市长清区大学科技园大学路4655号

为主动适应高等教育综合改革需要，着力推进一流学科和高水平中医药大学建设，学校于2019年3月设立发展规划处。发展规划处是主要负责学校发展战略规划、学科建设与评估、信息统计与管理、高教研究等职能的机构。

山东中医药大学教务处 地址：山东省济南市长清区大学科技园大学路4655号

山东中医药大学教师发展中心成立于2015年，以“服务教学科研，促进教师发展”为宗旨，是集学校教师培训、教师发展、教学研究、教学测评、质量监控、教学服务于一体的学校二级单位。

山东中医药大学招生就业处(大学生就业指导中心) 地址：山东省济南市长清区大学科技园大学路4655号