学校共青团是一个具有光荣传统的组织，在团省委和学校党委的领导下，各项工作特色较为鲜明。组织架构上共包含14个学院团委、1个社区团工委、1个青创团工委、1个学生团工委、1个学生社团团工委。截止目前，全校现有团支部481个，团员15030名，学校团青比例为87.3%。校团委目前编制9个，下设四个科室，分别是办公室、组织宣传部、素质拓展中心、场地管理中心。
南昌工程学院党委（校长）办公室 地址：江西省南昌市高新技术开发区天祥大道289号（瑶湖校区） 、北京东路59号（彭家桥校区）
南昌工程学院教务处 地址：江西省南昌市高新技术开发区天祥大道289号（瑶湖校区） 、北京东路59号（彭家桥校区）
南昌工程学院人事处 地址：江西省南昌市高新技术开发区天祥大道289号（瑶湖校区） 、北京东路59号（彭家桥校区）
南昌工程学院科学研究处 地址：江西省南昌市高新技术开发区天祥大道289号（瑶湖校区） 、北京东路59号（彭家桥校区）
南昌工程学院计划财务处 地址：江西省南昌市高新技术开发区天祥大道289号（瑶湖校区） 、北京东路59号（彭家桥校区）
学生工作部（处）是在校党委、行政的领导下，全面负责全校学生的思想政治教育、学生日常管理与服务、辅导员与班主任工作、学生公寓、学生资助以及心理健康教育等工作的学生管理职能部门。
南昌工程学院招生就业处 地址：江西省南昌市高新技术开发区天祥大道289号（瑶湖校区） 、北京东路59号（彭家桥校区）
南昌工程学院资产与实验室管理处 地址：江西省南昌市高新技术开发区天祥大道289号（瑶湖校区） 、北京东路59号（彭家桥校区）
南昌工程学院后勤保障处属院行政职能部门，设处长（兼党支部书记）1人，副处长2人，下设六科一室：处综合办公室、维修管理科、经营管理科、园林管理科、物业管理科、能源管理科、车队。
南昌工程学院基本建设处 地址：江西省南昌市高新技术开发区天祥大道289号（瑶湖校区） 、北京东路59号（彭家桥校区）
南昌工程学院保卫处（保卫部） 地址：江西省南昌市高新技术开发区天祥大道289号（瑶湖校区） 、北京东路59号（彭家桥校区）
南昌工程学院拥有瑶湖和彭桥两个校区。彭桥校区始建于1958年，位于南昌市青山湖区江大南路58号，校区占地面积约123亩。其中，生活区占地面积约50亩，教学区占地面积约73亩；总建筑面积约85000㎡，教学用房建筑面积约60000㎡，教工住宅建筑面积约25000㎡。2015年彭桥校区恢复办学规划启动，2018年8月校区改造完成，8月25日校区顺利完成了士官学院从瑶湖校区到彭桥校区的整体搬迁，9月新招士官生正式入学。
南昌工程学院审计处是对学校所属部门、单位财务收支及其有关经济活动的真实、合法及效益情况，依法实施内部审计监督的专门机构，在学校纪委书记的领导下，独立行使内部审计监督权，对学校领导负责并报告工作。
南昌工程学院国际交流与合作处 地址：江西省南昌市高新技术开发区天祥大道289号（瑶湖校区） 、北京东路59号（彭家桥校区）
