人文与艺术学院现有艺术学和文学两大学科门类，包括新闻传播学、设计学、音乐与舞蹈学共3个一级学科，已开设环境设计、视觉传达设计、产品设计、数字媒体艺术、广播电视学、编辑出版学、网络与新媒体和音乐学等8个本科专业。拥有校级一流学科培育学科——设计学，建有一个校级科研平台——南昌工程学院工业设计研究中心。
学院成立于2005年7月，现有一支学科领域广泛，治学严谨，教学经验丰富的师资队伍，现有教职工76人，其中专职教师64人，实验教师6人，外籍“瑶湖学者”1人。师资队伍中博士后5人，博士33人，在读博士6人，博士学位教师比例位居学校前列。省“双千计划”人选1人，省金牌青年教师1人，“瑶湖杰青”3人，硕士生导师12人，省级教学团队1个，现有全日制在校生310人，其中本科生278 人，研究生23人。
南昌工程学院外国语学院成立于2013年，前身是外国语言文学系。学院拥有校一流培育学科“外国语言文学”，翻译专业硕士学位授权点；学院设置英语(商务英语)、法语和翻译三个专业，下设英语专业、法语专业、翻译专业、大学英语、专门用途英语、素质拓展等教研室；学院同时拥有校级科研平台“工程翻译研究中心”，另设有外语实验中心、英语语言文学学科发展研究工作室、外国语言文学研究所和翻译实践与教学研究中心等机构。
国际教育学院承担学校的国际合作项目教学和留学生管理任务，是南昌工程学院与国外高等学校和学术机构进行合作办学的部门。本院拥有一支精良的教师队伍，还可依托学校的雄厚师资与教学设备为来自全国各地乃至世界各地的学生提供优质的教学服务与科研环境。
南昌工程学院继续教育学院是学校开展高等学历继续教育、高校教育自学考试、非学历教育的职能部门。
马克思主义学院成立于2013年10月，主要承担全校思想政治理论课教学和马克思主义理论学科建设任务。马克思主义理论学科是学校“十四五”校一流学科，“马克思主义中国化研究”是江西省“十二五”、“十三五”重点建设学科，“水文化研究中心”是江西省高校人文社会科学重点研究基地。学院现设有《原理》教研室、《概论》教研室、《纲要》教研室、《水文化与基础》教研室、《形势与政策》教研室。
南昌工程学院士官学院成立于2017年5月，前身为南昌工程学院军事教学部（成立于2013年3月）。学院主要承担定向培养直招士官生的教学与日常管理、全校军事理论教学和军事训练等工作。2013年起开始招收定向培养直招士官生，为海军、火箭军、武警等部队定向培养初级士官。学院现有应用电子技术、电气自动化技术、通信技术、工程机械运用技术、汽车检测与维修技术、数字媒体技术等6个专业，在校全日制学生1489人。
体育教学部是学校二级教学单位，也是学校体育运动委员会的执行机构。主要承担全校公共体育课教学、阳光体育活动开展、运动训练与竞赛和学生体质健康测试指导等工作。下设党总支（分工会）、综合办公室、教务办公室、三个教研室（大球教研室、小球教研室和综合教研室）和三个中心（场馆中心、大学生体质健康测试中心、大学生素质拓展中心）。现有教职工27人，专任教师23人，其中教授1人、副教授8人，具有博士学位教师1人，硕士学位20人，校级“十佳青年教师”3人，校级教学标兵2人、教学之星2人。
南昌工程学院瑶湖学院成立于2014年8月，校长金志农亲自兼任院长，实行教授治教。瑶湖学院设于教学南大楼五楼，内部环境雅致、温馨，营造出“现代、开放”的浓郁氛围。
南昌工程学院大学科技园依托南昌工程学院创办,先后被认定为“国家大学科技园”、“国家众创空间”、“国家小型微型企业创业创新示范基地”、“国家级科技企业孵化器”、“全省高校大学生创新创业实习基地”、“江西省大学生创业孵化基地”、“南昌市中小微企业公共服务示范平台”。
鄱阳湖流域水工程安全与资源高效利用国家地方联合工程实验室（以下简称“工程实验室”）是2016年1月国家发展和改革委员会正式批准成立的国家级科研平台。
江西省樟树繁育与开发利用工程研究中心（以下简称“工程中心”）成立于2017年12月，是经过经江西省发展与改革委员会批准（赣发改高技[2017]1396号）成立的省级工程研究中心。工程中心以南昌工程学院植物学学科、化学学科、生态学学科、农业机械装备学科为依托，整合植物组培实验室、生物化学实验室、植物学实验室、树木学实验室、天然产物化学实验室、生态学实验室、土壤学实验室、机械设计与制造实验室等组建而成。
实验室以南昌工程学院为依托，针对“鄱阳湖生态经济区”建设过程中的主要“水”问题，以江西“五河一湖”—鄱阳湖流域为主要研究对象，开展水循环与水资源安全、水生态与水环境演变规律、流域水土流失与生态修复等方向的理论、方法与应用研究；以基础研究、应用基础研究与示范推广有机结合为范式，为区域水资源可持续利用和生态环境建设提供技术支撑，已逐步发展成为国内外具有一定影响的开放性、多学科、综合性的学术交流基地、理论与应用人才培养基地、科技创新与成果转化基地。
本研究中心充分发挥水利学科优势，集中联合江西省水利科学研究院、江西省水土保持科学研究院、赣州市水利电力勘测设计研究院等江西省水利行业创新力量，有效整合优质资源，集聚和培养一批拔尖创新人才，开展区域水利发展中水工程安全与河流生态治理技术、农田用水安全技术、水利风景区开发及其对水工程安全影响评价等领域的科技攻关，成为省内有优势的科学研究和成果转化平台，具有区域及行业影响力的创新发展引领阵地。
江西省水利土木特种加固与安全监控工程研究中心是2014年12月江西省发改委正式批准成立的省级重点创新平台，该中心以南昌工程学院为依托，以服务水利水电工程、建筑工程、道路桥梁工程、地铁隧道工程等建（构）筑物的安全监测与加固为目标，为江西省重大水利土木工程提供安全监测和加固技术服务。
