2011年，学校组建规划评估中心，原教务处教学研究评估科划入该中心，高教研究室与规划评估中心合署；2014年，规划评估中心、高教研究室与党政办公室合署；2015年，高等教育研究评估中心独立设置，承担教学评估、高等教育研究及教学督导委员会日常管理工作；2018年，高等教育研究评估中心加挂“规划发展办公室”。

云南中医药大学图书馆始建于1961年,经过60年的建设与发展,已形成了以中医药文献为主,民族医药文献为特色的云南省最大、最全、最专业的中医药民族医药图书馆。

《云南中医药大学学报》编辑部 地址：云南省昆明市呈贡区雨花路1076号

云南省中医药民族医药博物馆,坐落在昆明市呈贡区雨花路云南中医药大学校园内。

随着我国高校后勤社会化改革的不断发展，我校后勤管理机构几经调整，现学校承担后勤保障服务的管理机构为云南中医药大学后勤服务集团，主要负责白塔、呈贡二个校区的后勤服务与保障工作，属学校的保障性部门。

云南中医药大学校医院，前身为云南中医学院卫生科，2009年随云南中医学院整体搬迁至呈贡新校区。2011年4月，在学校机构设置调整中，正式批准成立“云南中医学院校医院”，为大学生医保及省医保定点医疗单位。

云南省傣医药与彝医药重点实验室于2016年10月经云南省科技厅批准建设,依托单位为云南中医药大学（主管部门为云南省教育厅）。实验室拥有一支高素质的人才队伍，其中高级职称28人，中级职称7人，具有博士研究生学历20人，博士生导师4人，硕士生导师24人。现有实验室面积1033.76平方米，仪器设备总值1378万元，其中20万以上设备27台。

中医西学博物馆”作为目前世界唯一一座的中医西学博物馆,始建于2012年。

基础医学院是学校下设的二级教学科研单位，承担全校各专业中西医基础医学类课程的教学任务，于2020年9月起开始全面承担中西医临床医学专业的建设与管理，自2013年起，学院开设医学实验技术专业并招生。

　中药学院沿革于1977年成立的中药系，是云南省内最早开展中药学本科和硕士研究生教育的院系，办学43年来共培养了9500余名医药专业技术人才。经过建设发展，目前是我校规模最大的二级学院，目前设4个职能科室、12个教研室。主要承办中药类、药学类、制药工程类四年制本科专业和中药学类、药学类硕士研究生教育。

云南中医药大学护理学专业是云南护理学唯一的国家级一流本科专业建设点。创建于2002年3月，同年7月开始招收五年制本科护理学专业学生，2009年7月本科护理学专业改为四年制，2011年6月护理学院正式成立，2014年成功申报护理专业硕士学位授权点，2015年首次招收护理学专业硕士研究生，2018年7月圆满完成护理专业学位授权点专项评估，2019年与泰国宋卡王子大学建立合作科研关系，2020年1月学院护理学本科专业被教育部认定为首批国家级一流本科专业建设点（教高厅函﹝2019﹞46号），2020年9月学院党委

云南中医药大学人文与管理学院，成立于2011年。建院以来，学院秉承“崇德和合、博学敦行”校训，依托云南中医药大学专业学科优势，坚持“医学与人文相通、教学与科研相长、理论与实践并重”的办学理念，坚持“以学科为引领、以质量为导向、以特色求生存、以发展求地位”的发展思路，以培养并支撑云南中医药产业发展所急需的，既掌握医药知识，又掌握管理知识的高层次、复合型医药管理人才为目标，不断改革创新、加快发展。现开办有公共事业管理、应用心理学、健康服务与管理、市场营销、物流管理等5个本科专业，设置了“社会与管理药学”硕士点

云南中医药大学信息学院 网络信息中心（合署）成立于2011年3月,是学校下设的一个集教学与管理于一体的二级部门。下设党政办公室﹑学生工作办公室、教学科研管理办公室、团总支、网络与信息中心、教育技术保障部（含教室管理）、信息技术教学实验室、医学计算机基础教研室﹑医学信息与计算机专业教研室、数理教研室十个科级建制的机构。

民族医药学院成立于2011年5月，以民族医药学科群为优势，以民族医药教育和科学研究为重点的二级学院，是云南省民族医药高级人才的培养基地。民族医药学院共有教职工26人，正高4人，副高8人，具有博士学位16人。拥有云南省名中医2人，全国老中医经验传承工作指导教师3人，享受云南省政府津贴专家1人，科技部重大项目专家1人，云南省中青年学术和技术带头人2人，省万人计划青年拔尖人才1人，云南省优秀青年中医1人。学院在校学生201名，其中傣医学本科生165名，硕士研究生34名，博士研究生2名。

云南中医药大学马克思主义学院是学校独立设置的二级教学科研机构,其前身是1962年建立的马列主义教研组,后更名为马列主义教研室、马列主义教研部、社会科学部,2003年组建为社科及公共课程部,2011年更名为思想政治理论课教学研究部,2017年4月27日成立马克思主义学院。