共青团云南中医药大学委员会(简称校团委)，是全校团员代表大会选举产生的常设机构，是学校共青团的领导机关。校团委在团省委、院党委领导下工作，对全校团员代表大会负责。

云南中医学院校长办公室 地址: 云南省昆明市呈贡区雨花路1076号

云南中医学院人事处、职改办（合署） 地址: 云南省昆明市呈贡区雨花路1076号

学工部、学生处、武装部、校友会办公室（合署）是在学校党委和行政领导下负责全校学生思想政治教育、日常事务管理、奖助贷、心理健康教育、就业创业工作、公寓管理、国防教育及校友会日常工作的职能部门。

党委研究生工作部、研究生处（合署） 地址: 云南省昆明市呈贡区雨花路1076号

云南中医学院教务处、教师发展中心（合署） 地址: 云南省昆明市呈贡区雨花路1076号

云南中医药大学科技处是学校行使科技管理的行政机构，是学校负责科学研究、科技服务、科技交流的主管职能部门，科技处下设科研项目管理办公室、科研团队与平台管理办公室、科研成果管理办公室、社会科学项目管理办公室、学术委员会办公室、科研实验管理办公室及动物实验公共平台实验室7个科室。

财务处是学校的一级财务机构，内设会计科、预算科、基建财务科、收费管理科和薪酬与税金管理科五个科室。

资产处主要职能是代表学院统一管理全院的以实物表现的国有资产，对学院的国有资产管理进行统一协调和监督；在分级分类管理的基础上，加强监督，确保国有资产的安全；承担学院房改领导小组办公室的工作职责。

审计处是学校内部审计工作的专职监督部门。在校长的领导下，依据国家法律、法规和政策，以及上级部门和学校的规章制度，对学校及校属各单位的财政财务收支、经济活动、内部控制、风险管理实施独立、客观的监督、评价和建议，以促进校内各单位遵守国家财经法规、规范内部管理、加强廉政建设、维护学校合法权益、防范风险、提高资金使用效益、保障国有资产安全与完整,为学校实现总体事业目标保驾护航。

保卫处是在学校党委和行政的领导下，在公安、国家安全机关及地方政法部门的指导下，坚持“以人为本、服务师生、加强管理、提高效能”的原则，以“维护校园稳定、建设平安校园”为目标，全面承担学校安全管理工作的职能部门，具体负责治安、消防、校园秩序、集体户口、安全宣传教育、信息调研等日常管理工作。

云南中医药大学离退休工作处组建于1984年6月。离退休工作处在学校党委﹑行政的正确领导下，以邓小平理论、“三个代表”重要思想、科学发展观、习近平新时代中国特色社会主义思想为指导，坚决贯彻执行党的路线﹑方针﹑政策，认真做好新时期老干部工作。

云南中医学院基建处 地址: 云南省昆明市呈贡区雨花路1076号

云南中医学院成果转化与社会服务办公室 地址: 云南省昆明市呈贡区雨花路1076号

云南中医学院就业创业指导中心（创新创业学院）、校友会办公室 地址: 云南省昆明市呈贡新城雨花路1076号云南中医学院佩衡馆201