为进一步做大做强审计专业与学科、凸显审计特色，满足社会各界对社会审计（又称注册会计师审计或CPA审计）类人才的迫切需要，深入推进和践行新文科建设，南京审计大学于2021年4月成立社会审计学院。学院目前设置了审计学（ACCA）、审计学（CPA精英班）、会计学（CPA Canada）、会计学（USCPA）、会计学（CMA方向）、会计学（智能财务）等本科专业及专业方向班。
工程审计学院是国内全日制高等教育唯一的工程审计类人才专业学院，是学校为进一步做大做强审计、凸显审计特色，满足社会各界对工程审计类人才的迫切需要，于2021年4月9日成立的专门学院。
会计学院是南京审计大学最早设置的院系之一，始建于1985年。1993年学院开始招收审计学和会计学专业本科生，1997年开始招收财务管理专业本科生，2009年取得会计学硕士学位授予权，2014年开始招收会计学学术硕士研究生，2015年开始招收会计专业硕士（MPAcc）。
南京审计大学商学院贯彻“特色、质量、国际化”的办学理念，遵循“依靠行业资源、注重学科建设、突出专业特色、拓展校企合作、增进国际交流”的办学定位，努力增强育人与科研竞争力，发展快速，成绩显著。
南京审计大学公共管理学院秉承“诚信、求是、笃学、致公”的校训精神，坚持“特色、质量、国际化”的办学理念，弘扬“忠诚、责任、激情，使命、崇高、奉献，温暖、力量、卓越”的南审精神，正在为把南京审计大学建设成国内外有重要影响的高水平特色大学、享誉海内外的审计大学而努力奋斗。学院设有行政管理系、劳动与社会保障系、PPE（政治学、经济学与哲学）3个教学系部，1个央地共建实践教学中心——智慧政府与公共治理实践教学中心，3个研究机构：国家治理与国家审计研究院、绩效评估研究院、公共政策研究与分析中心。
经济学院坚持“特色、质量、国际化”的办学理念，遵循高等教育发展规律、学科专业建设规律和人才培养规律，以科学研究为龙头，以学术团队建设、打造特色研究方向领域为路径，坚持学科建设与人才培养相结合原则，以提高本科生、研究生培养质量、学术声誉和社会服务能力为核心目标，按照“一切有利于学生成长成才、一切有利于学科专业健康可持续发展、一切有利于全体师生生命共同体的和谐发展和大学文化的传承创新”的宗旨，不断推进人才培养、学科建设、专业建设和学院文化的创新发展。
金融学院承继了原江苏银行学校、南京金融高等专科学校金融人才培养和原南京财贸学院金融人才培养的历史，原江苏银行学校、南京金融高等专科学校金融人才培养可追溯至1951年的中国人民银行苏北银行学校，原南京财贸学院的金融人才培养可追溯至1985年。
南京审计大学经济与金融研究院（Institute of Economics and Finance, IEF）是学校为适应国际化发展趋势，改革经济学与金融学人才培养模式，转换科学研究范式，于2015年10月成立的专门吸收在海外知名院校获得经济、金融与管理学博士学位的高层次人才的教学科研机构（南审校发【2015】49号）。经济与金融研究院（IEF）特聘教授为美国德克萨斯农工大学经济系终身教授甘犁博士。
南京审计大学法学学科开端于1983年，是我校六大支柱学科门类之一。1997年在国家审计署支持下设立经济法学本科专业并成立法学系。1999年按照教育部的统一要求调整为法学专业；2005年3月，在法学系基础上成立法政学院；2008年7月成立法学院。
南京审计大学统计与数据科学学院前身是2003年成立的应用数学系，2008 年原属经济学院的统计教研室并入，成立了数学与统计学院。2014年3月更名为理学院。为适应新时代专业和学科发展需要，2018 年 1 月原理学院更名为统计与数学学院。2016 年成立的校级研究机构-统计科学与大数据研究院挂靠统计与数学学院。2021年4月原统计与数学学院更名为统计与数据科学学院。
文学院的前身是2002年成立的对外汉语系，2003年开始招收对外汉语专业本科生，是江苏省最早设立该专业的高校之一；2008年对外汉语系更名为国际文化交流学院，2013年新增汉语言文学专业。
南京审计大学高度重视学校体育美育工作，把学校体育美育工作作为学校育人工作的重要组成部分，全面贯彻党的教育方针，牢固树立“健康第一”、“以美育人”的指导思想，促进学生德智体美劳全面发展。
为引进国外优质教育资源和一流师资，不断提升我校人才培养国际化水平，提升教学、科研实力，强化服务社会、服务审计事业发展的能力，我校于2018年1月成立国际学院。
南京审计大学是唯一以“审计”命名的全日制普通本科院校，为我国审计高等教育发源地之一，因审而立、为审而存、依审而兴、靠审而强。学校创建于1983年，现有全日制在校本科生、研究生、留学生共1.8万余名；专任教师1100余人，其中，正高职称185人，具有博士学位731人，研究生导师273人；拥有浦口、莫愁两个校区，占地面积123.5公顷。
南京审计大学国际联合审计学院是经中华人民共和国教育部正式批准，由南京审计大学与法国SKEMA商学院联合举办、开展本科学历教育的非独立法人中外合作办学机构，致力于培养具有既有全球视野又有家国情怀，通晓国际审计准则，跨文化交际能力突出，具备创新意识、协作能力和团队精神，具有全球竞争力的新时代国际审计高层次人才。
