轨道交通学院是应中国城市轨道交通快速发展而面向行业设立新型工科学院，成立于2008年5月；2012年8月，学院由苏州大学北校区整体迁入苏州大学阳澄湖校区，同时，南京铁道职业技术学院苏州校区城市轨道交通系和建筑环境与设备工程系并入；2017年8月8日，学院名称由“城市轨道交通学院”调整为现名。

医学部现有基础医学与生物科学学院、放射医学与防护学院、公共卫生学院、药学院、护理学院等5个学院、3个临床医学院、9个研究院所和巴斯德学院。现有在校研究生4000余名、全日制本科生5000余名、外国留学生近400名。

苏州大学基础医学与生物科学学院位于苏州工业园区独墅湖畔，2008年初由基础医学系和生命科学学院合并组建而成。学院下设13个系，8个研究院（所）。

放射医学与防护学院前身是创建于1964年隶属于原核工业部的苏州医学院放射医学系。2000年随苏州医学院并入苏州大学成立苏州大学核医学院，2002年更名为放射医学与公共卫生学院，2011年成立放射医学与防护学院。2012年成立放射医学及交叉学科研究院。2018年获批省部共建放射医学与辐射防护国家重点实验室。2019年获批江苏省、苏州市科普基地。

苏州大学公共卫生学院是在原苏州医学院1964年创建的卫生学系基础上发展起来的。1985年筹建预防医学系，1986年经国家教委批准招收第一批五年制预防医学专业学生，1991年正式成立预防医学系，2000年并校，成为苏州大学核医学院预防医学系，2002年更名为放射医学与公共卫生学院预防医学系，2008年更名为医学部放射医学与公共卫生学院预防医学系。为适应公共卫生事业和学科发展的需要，学校于2011年6月成立公共卫生学院。

苏州大学药学教育最早可追溯至原东吴大学1949年创办的药学专修科，1952年全国院系调整并入华东药专。1993年在原苏州医学院药理学学科基础上成立苏州医学院药学系，2000年随苏州医学院并入苏州大学，2005年成立苏州大学药学院。

苏州大学医学部护理学院1985年开始成人护理学专升本科教育，1997年建立护理系，1999年招生本科，2008年成立护理学院，同年起招收硕士研究生，2013年起招收博士研究生。现为一级学科博士、硕士学位授权点，江苏省重点学科，江苏省特色专业，为江苏省护理学会副理事长、苏州市护理学会理事长单位，临床护理为国家级重点专科。

苏州大学附属第一医院始创于1883年（清光绪九年），是卫生部首批三级甲等医院，为江苏省卫健委直属的省级重点医院，苏南地区医疗指导中心。

主办：苏州大学附属第一医院；地址 ：苏州市平海路899号（总院）、苏州市十梓街188号（十梓街院区）

苏州大学第二临床医学院设在苏州大学附二院，该院是创建于1958年的现代化综合性教学医院，又名核工业总医院、中法友好医院。

苏州大学医学部儿科临床医学院成立于2008年，其前身为苏州大学儿科系,成立于1990年。

巴斯德学院是苏州大学与中国科学院上海巴斯德研究所合作共建的苏州大学二级学院，成立于2019年9月。

红十字国际学院由中国红十字会、苏州大学和中国红十字基金会联合创立，是一所专门致力于红十字运动研究、人才培养、文化传播、学术交流等的教学科研机构，是全球首个红十字专门学院。

苏州大学办师范教育的历史悠久。早在1952年，由东吴大学文理学院、苏南文化教育学院和江南大学数理系调整合并，建立苏南师范学院，同年更名为江苏师范学院，原址为苏州天赐庄东吴大学文理学院。江苏师范学院是江苏重点师范学院、江苏省培养中等教育师资的重要基地。

为服务国家和地方重大战略需求，推动未来科技创新，实现人才培养、科学研究和产业孵化“三位一体”发展的目标，苏州大学在谋划和发力“双一流”建设时，结合未来校区建设，于2021年组建了未来科学与工程学院，并于当年招收首届本科生319人。