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中央研究院農業生物科技研究中心（簡稱農生中心）的前身為生物農業科學研究所籌備處。經過吳瑞院士、 李遠哲前院長長期的努力，此一研究所 / 中心籌備處成立於 1998 年元月，由楊寧蓀教授擔任籌備處創所主任。 2006 年 8 月依原宗旨轉化成立為農業生物科技研究中心 (Agricultural Biotechnology Research Center)，並由林納生教 授擔任代理主任。

本中心目前主要的研究方向可分為綠色科技、生醫科學應用、量子光電、量子電腦四大主題。本中心有28位研究人員，包括特聘研究員4名，研究員14名，副研究員4名，助研究員4名，研究技師1名，研究助技師1名。同時本中心有訪問學人、博士後研究人員、專任助理和兼任助理、研究生等共約200名從事研究工作。

有鑑於地球整體的環境變遷已為人類社會永續發展不得不面臨的挑戰，人類唯有用科學的方法來清楚了解環境變遷的來龍去脈，才能從而制定出有效的對策與治理方法，基於這個領域的研究關鍵性，中央研究院於1999年啟動環境變遷研究計畫，展開中心的籌備工作，籌備期間的研究團隊隸屬於地球科學研究所。

「資訊科技創新研究中心」(Research Center for Information Technology Innovation, 簡稱 CITI) 的設立在於推展資訊科技的創新及應用，著重於關鍵性的資訊通訊技術之研發，以及跨領域的資訊科技之整合、未來資通訊科技技術及政策的研究，以求對現今知識經濟及服務經濟體系裡的發展有進一步提升的作用，同時也致力於創意發展，為人力資源儲備能量，維繫並提升我國總體的國際競爭力。

中央研究院基因體研究中心於2003年元月正式成立，翁啟惠院士應聘回國擔任首屆中心主任，積極規劃研究方向、人才延攬以及進行研究大樓興建。2006年10月翁院士接任院長，主任一職由陳仲瑄院士代理，次年7月正式授任為中心主任，至2016年7月卸任；目前中心主任一職由洪上程特聘研究員擔任。本中心的任務為「進行基因體、蛋白質體、與醣質體之科學研究，以致力於找尋與確認人類疾病之標的物，發展新穎的治療方式來消弭與克服疾病」，期待將所研發的重要成果技術轉移給新創科技公司，予以產業化，帶動台灣生技產業之發展。