审计处是学校内部审计工作的专职监督部门。在校长的领导下，依据国家法律、法规和政策，以及上级部门和学校的规章制度，对学校及校属各单位的财政财务收支、经济活动、内部控制、风险管理实施独立、客观的监督、评价和建议，以促进校内各单位遵守国家财经法规、规范内部管理、加强廉政建设、维护学校合法权益、防范风险、提高资金使用效益、保障国有资产安全与完整,为学校实现总体事业目标保驾护航。

保卫处是在学校党委和行政的领导下，在公安、国家安全机关及地方政法部门的指导下，坚持“以人为本、服务师生、加强管理、提高效能”的原则，以“维护校园稳定、建设平安校园”为目标，全面承担学校安全管理工作的职能部门，具体负责治安、消防、校园秩序、集体户口、安全宣传教育、信息调研等日常管理工作。

云南中医药大学离退休工作处组建于1984年6月。离退休工作处在学校党委﹑行政的正确领导下，以邓小平理论、“三个代表”重要思想、科学发展观、习近平新时代中国特色社会主义思想为指导，坚决贯彻执行党的路线﹑方针﹑政策，认真做好新时期老干部工作。

云南中医学院基建处 地址: 云南省昆明市呈贡区雨花路1076号

云南中医学院成果转化与社会服务办公室 地址: 云南省昆明市呈贡区雨花路1076号

云南中医学院就业创业指导中心（创新创业学院）、校友会办公室 地址: 云南省昆明市呈贡新城雨花路1076号云南中医学院佩衡馆201

　2011年，学校组建规划评估中心，原教务处教学研究评估科划入该中心，高教研究室与规划评估中心合署；2014年，规划评估中心、高教研究室与党政办公室合署；2015年，高等教育研究评估中心独立设置，承担教学评估、高等教育研究及教学督导委员会日常管理工作；2018年，高等教育研究评估中心加挂“规划发展办公室”。

云南中医药大学图书馆始建于1961年,经过60年的建设与发展,已形成了以中医药文献为主,民族医药文献为特色的云南省最大、最全、最专业的中医药民族医药图书馆。

《云南中医药大学学报》编辑部 地址：云南省昆明市呈贡区雨花路1076号

云南省中医药民族医药博物馆,坐落在昆明市呈贡区雨花路云南中医药大学校园内。

随着我国高校后勤社会化改革的不断发展，我校后勤管理机构几经调整，现学校承担后勤保障服务的管理机构为云南中医药大学后勤服务集团，主要负责白塔、呈贡二个校区的后勤服务与保障工作，属学校的保障性部门。

云南中医药大学校医院，前身为云南中医学院卫生科，2009年随云南中医学院整体搬迁至呈贡新校区。2011年4月，在学校机构设置调整中，正式批准成立“云南中医学院校医院”，为大学生医保及省医保定点医疗单位。

云南省傣医药与彝医药重点实验室于2016年10月经云南省科技厅批准建设,依托单位为云南中医药大学（主管部门为云南省教育厅）。实验室拥有一支高素质的人才队伍，其中高级职称28人，中级职称7人，具有博士研究生学历20人，博士生导师4人，硕士生导师24人。现有实验室面积1033.76平方米，仪器设备总值1378万元，其中20万以上设备27台。

中医西学博物馆”作为目前世界唯一一座的中医西学博物馆,始建于2012年。

基础医学院是学校下设的二级教学科研单位，承担全校各专业中西医基础医学类课程的教学任务，于2020年9月起开始全面承担中西医临床医学专业的建设与管理，自2013年起，学院开设医学实验技术专业并招生。