党委办公室是学校综合协调部门和日常办事机构，围绕学校党委中心工作开展调查研究、督察督办、办文办会、信息综合、信访接待等工作，协调学校各单位各方面工作，是连接学校党委和各职能部门、二级学院和师生的桥梁纽带。同时，负责机要、保密、610工作及维护学校稳定的组织协调工作。

纪委办公室是学校纪委的日常办事机构,在校党委和校纪委的领导下工作,根据上级工作部署和学校纪委工作安排,办理纪委日常工作、履行纪委工作职能。

校党委组织部、统战部、党校合署办公，是学校党委的重要组成部门。下设组织科、干部科、统战工作办公室、党校办公室、干部人事档案室等职能科室。

云南中医学院党委宣传部、新闻中心（云南中医药宣传教育中心、社科联办公室） 地址: 云南省昆明市呈贡区雨花路1076号

党委统战部是学校党委主管统一战线工作的职能部门，是党委在统一战线工作方面的参谋机构、组织协调机构、具体执行机构、督促检查机构，承担了解情况、掌握政策、协调关系、增进共识、加强团结等职责。

云南中医药大学工会筹建于1985年11月。同年，中华人民共和国教育部、全国教育工会颁布《高等学校教职工代表大会暂行条例》，1986年6月我院召开了首届工会会员代表大会。至今已召开第六届工代会暨第五届教代会第一次会议。

共青团云南中医药大学委员会(简称校团委)，是全校团员代表大会选举产生的常设机构，是学校共青团的领导机关。校团委在团省委、院党委领导下工作，对全校团员代表大会负责。

云南中医学院校长办公室 地址: 云南省昆明市呈贡区雨花路1076号

云南中医学院人事处、职改办（合署） 地址: 云南省昆明市呈贡区雨花路1076号

学工部、学生处、武装部、校友会办公室（合署）是在学校党委和行政领导下负责全校学生思想政治教育、日常事务管理、奖助贷、心理健康教育、就业创业工作、公寓管理、国防教育及校友会日常工作的职能部门。

党委研究生工作部、研究生处（合署） 地址: 云南省昆明市呈贡区雨花路1076号

云南中医学院教务处、教师发展中心（合署） 地址: 云南省昆明市呈贡区雨花路1076号

云南中医药大学科技处是学校行使科技管理的行政机构，是学校负责科学研究、科技服务、科技交流的主管职能部门，科技处下设科研项目管理办公室、科研团队与平台管理办公室、科研成果管理办公室、社会科学项目管理办公室、学术委员会办公室、科研实验管理办公室及动物实验公共平台实验室7个科室。

财务处是学校的一级财务机构，内设会计科、预算科、基建财务科、收费管理科和薪酬与税金管理科五个科室。

资产处主要职能是代表学院统一管理全院的以实物表现的国有资产，对学院的国有资产管理进行统一协调和监督；在分级分类管理的基础上，加强监督，确保国有资产的安全；承担学院房改领导小组办公室的工作职责。