河南中医药大学教学评价与教师发展中心前身为高教研究室(1984年成立)，隶属于教务处。2004年5月独立建制为教育研究与教学评价中心，副处级单位；2009年，晋升为正处级单位；2017年，与学校教师发展中心合并，成立教学评价与教师发展中心，设主任一名，副主任两名，下设高教研究科、质量保障科、教学督导科、教师发展科。其主要职能是高等教育研究、教学质量保障、教师职业发展等工作。
中医药科学院成立于2019年，主要承担科学研究、科研服务、科研实验室管理和研究生培养等职能。
河南中医药大学图书馆是全院的文献信息中心，担负着为学院教学、科研与医疗提供文献信息服务的职责，并负责全院读者的信息教育。馆舍面积53178平方米，其中龙子湖新校区48478平方米，老校区4700平方米。
河南中医药大学期刊社为学校直属的二级部门，是学校对外学术交流的重要窗口，主要工作任务是编辑出版《河南中医》 《中医学报》 和创办新的学术期刊。期刊社下设党政办公室、总编室、《河南中医》编辑室、 《中医学报》编辑室、《仲景学报》编辑室。共有员工15人，其中具有高级专业技术职务者5人， 中级专业技术职务者7人，初级专业技术职务者3人，是一个年龄结构和知识结构相对合理的编辑专业人才队伍。
按国家高校后勤改革的要求，2000年，河南中医学院总务基建处分离为后勤管理处与后勤服务中心（2004年 7月 22日改称为后勤集团公司）。后勤管理处作为甲方，对后勤集团公司行使监督和监控工作。后勤集团公司，作为乙方，按照市场化运作、企业化经营和社会化服务模式运行，全方位为学校教学、科研、医疗和师生生活提供服务保障工作。
人才公寓建设与东明校区管理办公室是学校负责人才公寓建设、东明校区管理和综合利用的直属机构，下设综合科、管理保障科、技术科三个科室，党政领导班子由一名直属党支部书记、一名主任和两名副主任组成，在编在岗职工8名。
校产经营管理公司为学校直属二级部门。前身是校办产业管理办公室，当时所管辖中药试验场、制药厂、印刷厂、饮料厂、劳动服务公司、杏林宾馆，并负责东明路校区周边产业的经营开发管理等。
河南中医药大学档案馆成立于2017年12月，为学校直属机构，副处级单位。前身为综合档案室，隶属于党委校长办公室，成立于1984年。作为河南省档案学会常务理事单位，河南省档案学会高校档案分会理事单位。我校档案馆承担着学校文书档案、学籍档案、研究生档案、科技档案、基建档案、财会档案的收集管理、查询、利用等工作。档案馆现有人员5名，具有副高级职称1人，内设综合科、信息科。
机关党委是在学校党委领导下的一级基层党组织，是机关的政治核心机构。以指导、监督、保障、服务为宗旨，围绕学校中心工作，进一步加强和改进学校机关党的建设，通过负责机关各部门的党务工作发挥政治核心作用，兼具联系各有关部门和单位、处理有关行政事务、开展群众工作等综合性职能。
河南中医药大学中医学院（仲景学院）的前身为1958年建校初期唯一的教学单位，后历经中医系、基础部、基础医学院等不同办学阶段，2021年3月更名为河南中医药大学中医学院（仲景学院）。
河南中医药大学医学院前身为中医系，成立于1958年建校之初。2002年更名为基础医学院，2021年3月根据专业发展和学科建设需求分设成立。学院作为以西医基础教学为主的教学科研单位，涵盖了基础医学、临床医学、公共卫生与预防医学三个一级学科，承担全校医学教学、科研、实验、临床实习等任务。学院遵循高等教育发展和医药人才培养规律，在教育教学、专业建设、学科建设、科学研究等方面成绩显著，为社会培养了大批医学人才。
河南中医药大学药学院是一个以培养传承、创新型中医药事业人才为目标的学院。其前身为中药系，始建于1959年，是我国高等中医药院校中兴办最早的两个中药系之一，并于当年开始招收中药学专业（四年制）学生，开创了我国中药学专业本科教育的先河。
管理学院前身为人文学院，成立于2003年4月，2017年10月更名为管理学院。学院秉承“医学与人文融通、教学与科研共荣、理论与实践并重”的办学理念，以“强学科、上层次、重特色、拓空间”为发展思路，以培养优秀的医药管理人才为目标，团结奋进，开拓进取，实现了跨越式发展。
外语学院成立于2004年，设英语、汉语国际教育、公共外语、翻译4个基层教研室和1个外语实训中心，有13个语言实验室、1个同声传译室和一个笔译训练室。学院始终坚持“面向市场，准确定位，办出特色”的办学指导思想，秉承“助我中医，走向世界”的办学宗旨，不断汇聚队伍，凝练方向，科学管理，发展创新。2004年以来陆续开办有英语、汉语国际教育两个本科专业和一个翻译硕士专业（MTI）学位点。目前在校本科生、研究生近600人。在完成外语专业教学工作的同时，承担着全校本、专科生、硕、博研究生的公共外语教学、ESP英语教学和
信息技术学院成立于2004年，承担着全校计算机公共基础课及专业课的教学工作。2009年，依托信息技术学院成立了软件职业技术学院。学院的办学思路是：“以市场需求为导向，以教学质量为基础，以能力素质为核心，以学生就业为目标”。把培养医药信息化复合型、应用型人才作为专业人才培养的总体目标，重点培养学生的实践动手能力和创新能力。
