农业与生物学院源于1927年创校时设置的高级农艺科，办学源远流长、与时俱进、耕风炽盛，学院底蕴丰厚、特色鲜明、实力雄厚，学子德才双馨、英才辈出、桃李满园，在行业和社会中享有不俗的口碑和美好的声誉。学院致力于新农科专业建设，设有农学、种子科学与工程、植物保护、生物技术、生物科学、仲华基因科技产业（创新班）、现代农业（国际班）等本科专业。
园艺园林学院现有园艺（含国际班）、园林、草业科学、林学等4个本科专业，林学、园艺学2个一级学科学术型硕士点和风景园林专业硕士点。园艺为国家级特色专业、国家级综合改革试点专业、广东省一流专业；园林为首批国家卓越农林人才培养试点专业、省级特色专业；草业科学为校级特色专业；园林植物与观赏园艺是广东省级重点优势学科和学校第一批珠江学者设岗学科，专业建设特色鲜明，学科发展态势良好。
轻工食品学院组建于1987年，现有食品科学与工程、食品质量与安全、生物工程、包装工程等四个本科专业，其中食品科学与工程是国家级特色专业及广东省一流专业。拥有食品科学与工程一级学科硕士授权点，农产品加工与贮藏、食品科学、粮油与蛋白质工程三个二级学科硕士授权点，并拥有食品加工与安全农业推广专业硕士学位授予权。现有在校本科生、研究生1500多人。
仲恺农业工程学院动物科技学院的历史可追溯到建校之初就设立的蚕桑专业，是我校最早设立的专业之一，培养了以曾溢滔院士为代表的杰出人才。随后设立有牧医专业，培养了大量的优秀行业人才。经过几十年的发展，目前动物科技学院设有动物科学、动物医学、水产养殖学、水生动物医学4个本科专业，拥有畜牧学学术型硕士学位授权点、兽医学专业硕士学位授权点，研究方向涉及畜牧、兽医和水产。
经贸学院，现有农林经济管理、国际经济与贸易、投资学、会展经济与管理四个本科专业，一个农村发展农业硕士点。经相关部门批准，成立粤港澳大湾区农产品流通研究中心、广东省优势农产品对外贸易创新团队及校级创新创业团队。
管理学院现有财务管理、市场营销、工商管理、人力资源管理、会计学5个本科专业，1个农业管理硕士专业学位；下设教学指导委员会、学位委员会、学术委员会，1个创新创业中心，5个专业系，3个职能办公室和实验教学示范中心，以及财务金融研究所、农村人力资源开发研究所、现代会计研究所、农民工研究中心、中小企业法制研究所5个研究机构。
信息科学与技术学院于2012年成立，由原计算机科学与工程学院、信息学院整合而成，位于海珠校区。学院现设食品安全与智能控制学术硕士点1个，计算机科学与技术、网络工程、电子信息工程、通信工程、信息管理与信息系统、物联网工程等6个本科专业，共有全日制在校本科生、研究生2400余人。
外国语学院成立于2002年，2004-2007年为外语系，2008年更名外国语学院。学院设有英语系、商务英语系、日语系、大学英语教学部分别负责英语、商务英语和日语三个专业的本科生的培养工作，同时还负责全校非外语专业本科生和研究生的公共英语课程教学任务，开设的课程语种有英语、日语。
机电工程学院前身为1993年成立的“制冷与冷藏技术专业”（专科）。根据仲恺农业工程学院的发展需要，2006年1月成立了机电工程系。2008年4月更名为机电工程学院，2009年获得农业机械化专业专业硕士点，2011年增设设施农业专业硕士点。2013年1月，因学校机构与专业调整，自动化专业（工业自动化）从机电工程学院分出。2019年机电工程学院设置三个系：机械设计系、机械电子系、能源系。2020年成功申报农业工程专业，将于2021年开始招生。学院目前拥有2个校级研究所：人工环境与控制研究所、现代农业工程研究所
仲恺农业工程学院前身为仲恺农工学校，建立于1927年，何香凝先生首任校长15年。1984年学校升格为本科院校，现是一所农、工、理、经济、管理、文学、艺术和法学等多学科协调发展的广东省属大学，坐落在中国历史文化名城——广州市。何香凝艺术设计学院为仲恺农业工程学院的二级学院，设计教学始于上世纪80年代，有30余年的教学历史，2004年正式成立艺术设计学院。
仲恺农业工程学院化学化工学院成立于2004年4月。学院现由应用化学系、化工系、材料系三个教学系和实验中心(省级实验教学示范中心)及绿色化工研究所（校级研究所）等组成。
资源与环境学院（原环境科学与工程学院）成立于2005年，目前设有环境工程系、环境科学系、资源环境科学系和广东省农业产地环境污染防控工程技术研究中心、广东高校农业产地环境污染综合防治工程技术研究中心；拥有环境工程、环境科学、资源环境科学三个本科专业和环境科学与工程一级学科硕士点、环境化工二级学科硕士点和资源利用与植物保护领域农业硕士专业学位点，环境科学是广东省珠江学者设岗学科。
计算科学学院设置3个系：应用数学系、信息与计算科学系、统计学系。学院建有“数学建模”“ACM程序设计竞赛”“数据挖掘”三个创新实践基地、应用数学研究所等机构。
城乡建设学院是仲恺农业工程学院于2005年6月创办的二级学院。学院自成立以来，始终坚持以人才培养为根本，以教学工作为中心，以学科建设为龙头，以队伍建设为核心，开拓创新、锐意进取，扎实推进各项工作的全面、协调、可持续发展，使学院的办学水平和办学质量不断得到提升，为学院全面发展奠定了坚实的基础，成为我校“乡村振兴”和“粤港澳大湾区建设”人才培育重要基地。
仲恺农业工程学院是一所以农、工学科为优势，农、工、理、经、管、文、艺、法等多学科协调发展的省属本科大学。学校坐落在历史文化名城广州，有海珠、白云两个校区，校园总面积2000余亩。校园集云山之神秀，汇珠水之灵气，是读书治学的理想园地。
