经济作物研究所主要针对江苏省乃至全国棉花、油菜、豆类、药食同源类和特种经济作物产业发展中的重大科学技术问题，在遗传育种、栽培生理和种质资源等领域开展成果转化和应用基础研究。全所现有在编职工64人，博士后2人，其中研究员18人，副研究员27人。具有博士学位45人（含博后），硕士学位19人。国家百千万人工程“有突出贡献中青年专家”1人，国务院特贴专家2人，江苏省突出贡献专家4人，江苏省"333高层次人才培养工程"第二层次3人、第三层次7人，江苏省"六大人才高峰"培养对象1人。
粮食作物研究所始建于1931年，其前身为中央农业实验所植物生产科农艺系和全国稻麦改进所，新中国建立后，历经华东农业科学研究所食用作物系、中国农业科学院江苏分院粮食作物系等，1978年更名为粮食作物研究所。建所以来，粮作所秉承先辈精神，矢志不渝，以提高粮食生产水平为己任，在农业科研中取得了丰硕的科技成果，培养了一大批国内外知名专家学者，为江苏乃至全国的农业发展和科技进步做出了卓越贡献。在农业部“七五”、“八五”、“十五”和“十一五”科研综合实力评估中，均被评为全国“百强研究所”。
2002年全院改革，园艺所定位为非营利性研究所，2017年2月，根据院部分内设研究机构调整的通知，园艺研究所更名为果树研究所，主要从事桃、草莓、梨、葡萄、薄壳山核桃、猕猴桃等果树种质资源的收集、保存、鉴定评价与利用以及新品种选育研究；果树栽培新技术、新模式研究。建有国家果树种质南京桃、草莓资源圃，江苏省高效园艺作物遗传改良重点实验室，江苏省果树种质圃，江苏省农业科学院薄壳山核桃种质资源库等省级以上平台。
江苏省农业科学院种质资源与生物技术研究所始建于1979年，其前身为农业部首批建立的9个农业应用基础研究中心之一――江苏省农业科学院农业生物遗传生理研究所，2017年更名为江苏省农业科学院种质资源与生物技术研究所。建有江苏省农业生物学重点实验室、农业部植物品种测试（南京）分中心、江苏省农业种质资源中期库、作物基因资源与种质创制江苏科学观测实验站。
江苏省农业科学院植物保护研究所坐落在风景秀丽、人文荟萃的历史名城-南京，其前身是创建于1931年的中央农业实验所植物病虫害系，1950年更名为华东农业科学研究所植物病虫害系，1960年更名为中国农业科学院江苏分院植物保护系，1971年更名为江苏农业科学研究所植物保护室，1978年起启用现名。是我国植物病理学、昆虫学及植物保护事业的发祥地之一。
江苏省农业科学院畜牧研究所前身为1935年设立的中央农业实验所畜牧兽医系，1949年更名为华东农业科学研究所畜牧兽医系，1958年改称中国农业科学院江苏分院畜牧兽医系，1978年改名为江苏省农业科学院畜牧兽医所。2001年8月与兽医研究所分设、整合成立畜牧研究所。
江苏省农业科学院兽医研究所的前身是1931年创建的原中央农业实验所畜牧兽医系，后曾易名为中央畜牧实验所（1941年）、华东农业科学研究所畜牧兽医系（1950年）、中国农业科学院江苏分院畜牧兽医研究所（1958年），1978年更名为江苏省农业科学院畜牧兽医研究所，2001年分设为兽医研究所和畜牧研究所，2017年2月分设为兽医研究所和动物免疫工程研究所。
江苏省农业科学院动物免疫工程研究所（简称“免疫所”）成立于2017年3月，由原兽医研究所分设、以国家兽用生物制品工程技术研究中心（以下简称“工程中心”）公共研发团队为基础组建，主要从事动物疫苗领域关键技术集成、共性技术攻关和重大产品创制，服务国家战略需求和产业发展。
农业资源与环境研究所（简称资环所）成立于2002年4月，由原土壤肥料研究所与农业现代化研究所合并而成。2017年部分研究室从资环所划出成立循环农业研究中心，2020年，根据全院机构设计调整布局，循环农业研究中心重新划入资环所。
《江苏农业科学》（半月刊）是由江苏省农业科学院主管并主办的综合性农业科技期刊，每月5日和20日出版，大16开铜版纸印刷，国内外公开发行（ISSN 1002－1302/CN 32－1214/S）。
农产品质量安全与营养研究所是江苏省农业科学院整合全院农产品质量安全研究和检测资源在2003年组建的公益性科研机构，原名食品质量安全与检测研究所，2017年改为现名。内设农产品质量安全规范与控制研究室、粮油风险因子评估与安全体系研究室、产地环境危害鉴定与干预研究室、畜产品污染监测与预防研究室。
成立于2005年，是专业从事农产品加工研究的省级研究机构。现有在职职工65人，具有博士学位37人，研究生学历17人；其中国家现代农业产业技术体系岗位专家1人、省“333高层次人才培养工程”培养对象3人、省级有突出贡献中青年专家1人、省现代农业产业技术体系岗位专家1人、江苏省六大高峰人才4人。具有高级技术职称人员36人，博士后指导教师8人，研究生导师30人。
江苏省农业科学院农业设施与装备研究所主要针对我省现代农业发展的战略需求和设施农业生产中存在的突出问题，围绕农机与农艺技术融合，重点开展设施结构及智能管控技术、设施种植机械化技术及装备、果园管理技术与装备、养殖设施环境管控技术及装备、农用功能膜材料及核技术农业应用、农产品贮藏与冷链物流保鲜技术、农产品采后衰老生物学机理、农产品采后病害控制技术等方面的研究。
江苏省农业科学院农业信息研究所坐落在风景秀丽、人文荟萃的历史名城南京，是江苏省农业科学院下设的公益性科研机构之一，主要从事农业信息科学研究和农业科技信息服务。
休闲农业研究所（简称“休闲所”）是江苏省农科院的公益性科研机构之一，主要针对江苏省现代农业发展的战略要求和休闲农业产业发展中存在的突出问题，在休闲农业种质资源的创新利用、农业景观的创意设计、农业文化遗产的传承保护、休闲农业结构理论与规划，以及休闲食品、饮品、产品设计开发等领域重点开展科技创新、科技、文化与艺术的融合研究。
